| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | G→C | 100% | R7G (CGC→GGC) | phoR ← | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | 0 | G | C | 100.0% | 99.2 / NA | 30 | R7G (CGC→GGC) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (16/14); total (16/14) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
TGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAAT > USA300TCH1516_ALE/1797644‑1797906 | tGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACtt > 1:24103/1‑141 (MQ=255) gATCTTGCATCTGTTGCTCGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATGCTGCTTGTAAATAACATTCGGCCTTGGTGGAGCTtc > 1:74601/1‑141 (MQ=255) tCTTGCATCTGTTTCTATACACTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAAAAACATTAAGCCGTGGTGAAACTtcat < 1:174541/141‑1 (MQ=255) gCATCTTTTGCTAGAGCTTGTTAGTGTTTTTCTGATAAATCATATGCGGTGGAAGCGTGATTAAGAATGCCTAATGTAACAAAACTAGTCGTTGATATATTTCTTATCAATAACATTAAGGCGTGGTGAACTTTCAGCAtt > 2:134009/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) tatGTGATGGAAGCCTAAATAATAAGGCTCAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTTCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAg < 2:42360/141‑1 (MQ=255) atGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGt > 1:75495/1‑141 (MQ=255) tgATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGtttt > 1:13672/1‑141 (MQ=255) gCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGtt > 1:102325/1‑141 (MQ=255) cGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTtg < 1:7322/141‑1 (MQ=255) tGAAAAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGCTAATTAATATAGTGCTTAACAAGAACAATAAGCCGAGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTCGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGGCACGCCCAGTTTTAATAAGTtgtt > 2:209526/1‑140 (MQ=255) atGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCAGAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAg < 2:214440/141‑1 (MQ=255) atGCCAAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCAGAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAg < 2:214493/141‑1 (MQ=255) aaCTAATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCCATTTATAGCCTAAGCCACGCACACTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGTTTTTCTTCTAAttt > 1:243978/1‑141 (MQ=255) aattaatATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCtt > 1:217531/1‑141 (MQ=255) ttaatATACTGCTTATCAATAACATGAAGCCGTGGGGACACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTGATAGCCTCAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCGTATGATTATCTTCTAATTTATCTCTCaa < 2:151882/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATc > 2:108050/1‑141 (MQ=255) aCATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATcaac < 2:174726/141‑1 (MQ=255) ttAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAAt > 2:59557/1‑141 (MQ=255) | TGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAAT > USA300TCH1516_ALE/1797644‑1797906 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |