| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 849,263 | C→A | 34.2% | A130E (GCA→GAA) | USA300HOU_RS04145 → | Nucleotide‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 849,263 | 0 | C | A | 34.2% | 52.9 / 39.7 | 41 | A130E (GCA→GAA) | USA300HOU_RS04145 | Nucleotide‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (15/12); new base A (8/6); total (23/18) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.03e-01 | |||||||||||
GTGAAAGTGACGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTGAAACTTT > USA300TCH1516_ALE/849137‑849398 | gtgaaagtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGc > 2:12714/1‑141 (MQ=255) gaaagtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCga > 2:318283/1‑141 (MQ=255) aaagtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCgag < 1:67006/141‑1 (MQ=255) aagtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCgaga > 2:269375/1‑141 (MQ=255) aCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCAtt < 2:83401/141‑1 (MQ=255) cGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCAttt < 1:209631/141‑1 (MQ=255) tGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAAt < 2:105264/141‑1 (MQ=255) atgttatgttTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTa > 1:127298/1‑141 (MQ=255) tttttAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATCAGAAGtata < 1:332609/141‑1 (MQ=255) gAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAATGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAAt < 1:76194/141‑1 (MQ=255) gAAACAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAGGGAAACGCGCCGTGCACATCCGTGGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAAt < 1:265453/141‑1 (MQ=255) aCTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATTGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTtata > 2:309743/1‑141 (MQ=255) attaattTCAAGATATACGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGAAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGAtactac > 2:354184/1‑141 (MQ=255) aattTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACaaa < 1:39702/141‑1 (MQ=255) aattTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACaaa > 2:322123/1‑141 (MQ=255) attTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACACAg > 2:181218/1‑141 (MQ=255) tttCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGt > 1:150026/1‑141 (MQ=255) aGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCa > 1:347065/1‑141 (MQ=255) tataAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCt < 1:56488/141‑1 (MQ=255) taAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATTGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTaa > 1:285861/1‑141 (MQ=255) gcgTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTaaa > 2:261873/1‑141 (MQ=255) tcgtGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGa > 2:330954/1‑141 (MQ=255) gCACATCCTTTGAGTGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGc < 2:287072/141‑1 (MQ=255) caTCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCAtt < 1:197871/141‑1 (MQ=255) cTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATtcgtc < 2:26784/141‑1 (MQ=255) cTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATtcgtc < 2:269646/141‑1 (MQ=255) atGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAAAGCATTCGTCGa > 2:303681/2‑141 (MQ=255) tGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACt > 1:315874/1‑141 (MQ=255) aCAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatga > 2:255573/1‑141 (MQ=255) aCAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatga < 1:319658/141‑1 (MQ=255) gTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatgaagatg < 1:251225/141‑1 (MQ=255) aaaaGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATCCGTCGATACTatgaagatgaa > 1:117600/1‑141 (MQ=255) aaaGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatgaagatgaag > 1:263213/1‑141 (MQ=255) aaaGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatgaagatgaag > 1:103580/1‑141 (MQ=255) aGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAagag > 1:65385/1‑141 (MQ=255) aTCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGtt < 2:5375/141‑1 (MQ=255) tCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGttt > 1:132062/1‑141 (MQ=255) cGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTg > 1:58986/1‑141 (MQ=255) cGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTg > 1:335563/1‑141 (MQ=255) aTCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTGAAACt < 2:285924/141‑1 (MQ=255) cAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTGGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTGAAACttt < 1:283567/141‑1 (MQ=255) | GTGAAAGTGACGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTGAAACTTT > USA300TCH1516_ALE/849137‑849398 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |