Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 1,944,670 G→A 12.8% intergenic (‑251/‑713) splA ← / → USA300HOU_RS09665 Serine protease SplA/hypothetical protein

Read alignment evidence...
  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE1,944,6700GA12.8% 132.2 / 10.6 47intergenic (‑251/‑713)splA/USA300HOU_RS09665Serine protease SplA/hypothetical protein
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base G (8/33);  new base A (3/3);  total (11/36)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.31e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.71e-01

ATTAAATTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGCAGTCAATCA  >  USA300TCH1516_ALE/1944535‑1944809
                                                                                                                                       |                                                                                                                                           
attaAATTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAAt                                                                                                                                        <  1:157217/141‑1 (MQ=255)
   aaaTTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAg                                                                                                                                     <  2:133356/141‑1 (MQ=255)
    aaTTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAgg                                                                                                                                    <  2:290052/141‑1 (MQ=255)
    aaTTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAga                                                                                                                                    <  2:367300/141‑2 (MQ=255)
       tattTTAAATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCGATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGa                                                                                                                                 <  2:163214/141‑1 (MQ=255)
          tttACATGAATTTACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTg                                                                                                                              <  2:3165/141‑1 (MQ=255)
           ttACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGa                                                                                                                             <  1:33097/141‑1 (MQ=255)
                tGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAata                                                                                                                        <  2:32281/141‑1 (MQ=255)
                   aTTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAatatat                                                                                                                     >  2:255830/1‑141 (MQ=255)
                     tGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGACATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATgg                                                                                                                   <  1:193939/141‑1 (MQ=255)
                        cTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCgg                                                                                                                <  1:214377/141‑1 (MQ=255)
                        cTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCgg                                                                                                                <  1:261933/141‑1 (MQ=255)
                              tatttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGt                                                                                                          <  1:186882/141‑1 (MQ=255)
                               atttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTg                                                                                                         <  1:10702/141‑1 (MQ=255)
                                tttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGa                                                                                                        >  1:74413/1‑141 (MQ=255)
                                 ttaAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGaa                                                                                                       <  2:367064/141‑1 (MQ=255)
                                 ttaAATATGCTTAAAACTAAATATCACGAAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGTATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGAGGAATGGTgta                                                                                                       <  2:171120/141‑3 (MQ=255)
                                    aaTATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACaa                                                                                                    >  2:72846/1‑141 (MQ=255)
                                     atatGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAAt                                                                                                   >  1:114661/1‑141 (MQ=255)
                                        tGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCa                                                                                                <  2:148792/141‑1 (MQ=255)
                                             aaagCTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATGAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTAt                                                                                           <  1:365/141‑1 (MQ=255)
                                             aaaaCTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTAt                                                                                           <  1:369/141‑1 (MQ=255)
                                                aCTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTta                                                                                        >  2:312683/1‑141 (MQ=255)
                                                 cTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTtat                                                                                       <  1:364317/141‑1 (MQ=255)
                                                      tatCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCt                                                                                  <  2:52526/141‑1 (MQ=255)
                                                       atCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCtt                                                                                 <  1:351580/141‑1 (MQ=255)
                                                        tCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCttt                                                                                <  2:368648/141‑1 (MQ=255)
                                                        tCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCttt                                                                                <  2:368650/141‑1 (MQ=255)
                                                           cGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTCATTATTGTCTTAAAATTGTAACATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCAc                                                                             <  1:35813/141‑1 (MQ=255)
                                                             cAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACtt                                                                           >  1:108262/1‑141 (MQ=255)
                                                                    aaTTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATg                                                                    >  2:238260/1‑141 (MQ=255)
                                                                    aaTTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATg                                                                    <  2:126973/141‑1 (MQ=255)
                                                                      tttaCTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTa                                                                  <  2:177967/138‑1 (MQ=255)
                                                                      ttGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTa                                                                  <  2:323715/141‑1 (MQ=255)
                                                                               tAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTa                                                         <  2:134622/141‑1 (MQ=255)
                                                                                            gTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAg                                            <  2:262715/141‑1 (MQ=255)
                                                                                             tCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGc                                           <  2:57815/141‑1 (MQ=255)
                                                                                              cTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCg                                          <  2:104600/141‑1 (MQ=255)
                                                                                               ttAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGa                                         <  2:114661/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                tAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGAt                                        <  2:291704/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                tAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGCGAACAAGTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGAt                                        <  2:189207/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                  aaTATCAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTa                                      >  1:373788/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          ttattGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCt                              >  1:326098/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                          ttattGAATTAAAATTGTAATATTTATTCAGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCt                              <  1:72846/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                      aaTTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGAc                  >  1:333311/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                  tattCAGAAATTAGGTGATTCACATTATATGGCGTAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGCAGtca      >  2:95617/1‑141 (MQ=255)
                                                                                                                                      cGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGCAGtcaatca  <  1:242284/141‑1 (MQ=255)
                                                                                                                                       |                                                                                                                                           
ATTAAATTATTTTACATGAATTGACTCATTTATTTAAATATGCTTAAAACTCAATATCACGCAATTAAAATTGACTTTTTAGGATTATTTTGGTCTTAAATATTAATTATTGAATTAAAATTGTAATATTTATTCGGAAATTAGGTGATTGAAAATATATGGCGGAATGGTGAACAATTCATGTATTTATAATCTTTCACTTTACTATGTATTGTGTTTAACAACATTATTAGCGATTAGTTCCCCTATTATTTATGACAATATGCAGTCAATCA  >  USA300TCH1516_ALE/1944535‑1944809

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑