Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,026,655 | C→T | 12.9% | E87K (GAA→AAA) | vraR ← | Response regulator protein VraR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,026,655 | 0 | C | T | 12.9% | 83.0 / 5.7 | 31 | E87K (GAA→AAA) | vraR | Response regulator protein VraR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (14/13); new base T (2/2); total (16/15) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.42e-01 |
CACTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGGCAA > USA300TCH1516_ALE/2026518‑2026792 | cACTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAAt < 1:39918/141‑1 (MQ=255) cTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTtaataa < 1:179026/141‑1 (MQ=255) cTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATaa > 1:297337/1‑141 (MQ=255) aaaCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAAc < 1:356846/141‑1 (MQ=255) cTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAg > 2:64759/1‑141 (MQ=255) cGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTaa > 1:195643/1‑141 (MQ=255) cGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTaa > 2:78474/1‑141 (MQ=255) aaaaaCAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTaa > 2:343912/1‑141 (MQ=255) aaCAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTTTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATAc < 2:171041/141‑1 (MQ=255) aaCAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATAc < 2:239013/141‑1 (MQ=255) tatAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCgg < 1:362087/139‑1 (MQ=255) aGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTaa > 2:257737/1‑141 (MQ=255) gTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCt > 2:301520/1‑141 (MQ=255) gTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCt < 2:267219/141‑1 (MQ=255) tACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCttttt > 1:156112/1‑141 (MQ=255) tACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATACCCGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTATTTAACATAAATACCTTAATTTGCGGTAAATCttttt > 1:354710/1‑141 (MQ=255) aTCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgt > 2:192548/1‑141 (MQ=255) gATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGc > 1:84944/1‑141 (MQ=255) cTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACAccatcc < 2:69528/141‑1 (MQ=255) ttgttgTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACAccatcca < 1:178538/141‑1 (MQ=255) tgttgtTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGGATCTATTGCACGATATCCCTCTTTATCTTCAATAACACTAGTTAACAGTCATACTTTCTGTTGCTGTTATTCTTTGTTAAGCTGACTCCCCGCTTCTACAccatccat < 2:99125/141‑1 (MQ=255) ttttAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATc > 1:280420/1‑141 (MQ=255) aaaTGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGCCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATaa > 1:290012/1‑141 (MQ=255) aaTGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCTCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAg < 2:297337/141‑1 (MQ=255) tGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTa > 2:266236/1‑141 (MQ=255) tAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTaaa < 1:38451/141‑1 (MQ=255) gCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTc < 1:279823/141‑1 (MQ=255) cACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCa < 1:277837/141‑1 (MQ=255) aCGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCaa < 1:257737/141‑1 (MQ=255) atatACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTc < 2:271669/141‑1 (MQ=255) tCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGGCa > 2:8108/1‑141 (MQ=255) cTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGGCaa > 1:62928/1‑141 (MQ=255) | CACTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGGCAA > USA300TCH1516_ALE/2026518‑2026792 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |