New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 298069 = | 115 (1.280) | 4 (0.050) | 4/252 | 14.4 | 3.6% | intergenic (+208/‑220) | tarK/tarF_1 | Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase |
? | USA300TCH1516_ALE | 298125 = | 110 (1.320) | intergenic (+264/‑164) | tarK/tarF_1 | Teichoic acid ribitol‑phosphate polymerase TarK/Teichoic acid glycerol‑phosphate transferase | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TGAAGTGAGCAACATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTAT > USA300TCH1516_ALE/297929‑298205 | tGAAGTGAGCAACATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCa > 1:450043/1‑141 (MQ=255) gTGAGCAACATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCg < 2:129611/141‑1 (MQ=255) tGAGCAACATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGt > 3:7409/1‑141 (MQ=255) tGAGCAACATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGt > 1:375173/1‑141 (MQ=255) tGAGCAACATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGt < 1:573743/141‑1 (MQ=255) gAGCAACATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGtt < 2:429446/141‑1 (MQ=255) aCATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTa > 1:97982/1‑141 (MQ=255) aCATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTa > 4:259807/1‑141 (MQ=255) cATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTaa < 1:545255/141‑1 (MQ=255) tGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAAtt < 1:71475/141‑1 (MQ=255) gatgaGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATaaa < 2:375173/141‑1 (MQ=255) gagaAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGGTATCTAATTCATAAAtgt > 2:245360/1‑141 (MQ=255) ggACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAacac > 2:644102/1‑141 (MQ=255) cTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATa < 2:382877/141‑1 (MQ=255) ataCAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACg > 1:285998/1‑141 (MQ=255) ataCAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACg > 1:152833/1‑141 (MQ=255) taCAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGt > 2:505539/1‑141 (MQ=255) taCAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCAACTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGt < 1:421957/141‑1 (MQ=255) cAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTa > 2:134077/1‑141 (MQ=255) aTGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGGAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATg < 4:39147/141‑1 (MQ=255) aTGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAAACAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATg < 3:2733/141‑1 (MQ=255) gagaATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGaa < 1:65169/141‑1 (MQ=255) agaATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGaaa > 1:244827/1‑140 (MQ=255) aaTAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATgg > 3:120071/1‑141 (MQ=255) aaCCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATGGTCATTTGGGAAAAAAAAATAATCGATCCAAGCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACAAAAGTTATGAATGGATa > 1:456994/1‑141 (MQ=255) aCCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATaa > 1:274464/1‑141 (MQ=255) ccTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATaaa > 4:88126/1‑140 (MQ=255) ttttGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGa < 1:162649/141‑1 (MQ=255) ttGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtt > 1:310268/1‑141 (MQ=255) ttGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGAtt < 2:152833/141‑1 (MQ=255) ttttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtg > 2:146075/1‑141 (MQ=255) tttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgt > 2:17107/1‑141 (MQ=255) tttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgt > 2:501245/1‑141 (MQ=255) ttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtt > 3:267867/1‑141 (MQ=255) ttCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtt > 2:114567/1‑141 (MQ=255) tcattcatAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtta > 4:121920/1‑141 (MQ=255) tCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgtta < 3:84614/141‑1 (MQ=255) tCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATATGTAAACACATACGTTATGAATGCATAACGCTTTTTtgtta > 1:403041/1‑141 (MQ=255) aTGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatg < 1:110043/141‑1 (MQ=255) aTGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatg < 1:151425/141‑1 (MQ=255) tGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgt < 4:250531/141‑1 (MQ=255) gcgtAAGGCGATTCAATCAAAAGCGATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAAGCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGGAAACACAGACGTTATGAATGGATAACGATGTGTtgttatgtt > 4:309/4‑141 (MQ=255) gCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgtt > 4:198536/1‑141 (MQ=255) gCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgtt > 2:407073/1‑141 (MQ=255) gCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTtgttatgtt < 2:545472/141‑1 (MQ=255) aTAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTATAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaa < 3:87372/141‑1 (MQ=255) aTAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaa < 1:30695/141‑1 (MQ=255) tAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTaaa < 1:361144/141‑1 (MQ=255) aaGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAg < 3:130982/141‑1 (MQ=255) cGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGt < 3:262088/141‑1 (MQ=255) ttCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACa > 2:209801/1‑141 (MQ=255) aaaatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAt < 2:385417/139‑1 (MQ=255) caatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACAtt > 3:195956/1‑141 (MQ=255) caatcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGAGAACGATTTGTTGTTATGTTAAAGTGGTACAtt > 4:73951/1‑141 (MQ=255) atcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATa > 1:487330/1‑93 (MQ=255) atcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGCTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTaa > 1:676849/1‑141 (MQ=255) tcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt > 1:387072/1‑141 (MQ=255) tcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt > 2:275151/1‑141 (MQ=255) tcaaAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAAt > 3:104124/1‑141 (MQ=255) aaGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTAAATTAATAATg > 1:225949/1‑141 (MQ=255) cAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAt > 2:678278/1‑141 (MQ=255) aaTCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAtt > 1:308150/1‑141 (MQ=255) aaTCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAtt > 1:361080/1‑141 (MQ=255) aaTCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAtt > 2:573029/1‑141 (MQ=255) aTCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAttt > 2:627228/1‑141 (MQ=255) aTCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTAttt > 1:44206/1‑141 (MQ=255) tCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTc < 3:177776/141‑1 (MQ=255) aCCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGt > 1:125871/1‑141 (MQ=255) cTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTAt < 1:46533/141‑1 (MQ=255) cTTCCAACTGAATTGTCAATTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTAt < 3:2611/141‑1 (MQ=255) ttCCAATTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGCTCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATg < 2:582639/141‑1 (MQ=255) ttCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCTTGTATTTCGTATg < 2:591900/141‑1 (MQ=255) ttCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATg < 4:160648/141‑1 (MQ=255) ccAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGAt > 1:378862/1‑141 (MQ=255) ccAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGAt < 2:154568/141‑1 (MQ=255) aCTGAATTGTCATTTTTTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAAt < 3:170362/141‑1 (MQ=255) aCTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAAt < 2:511047/141‑1 (MQ=255) aCTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAAt > 3:267880/1‑141 (MQ=255) aCTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAAt < 2:446525/141‑1 (MQ=255) gAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTaa < 1:505539/141‑1 (MQ=255) ttGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGa < 4:143292/141‑1 (MQ=255) ttGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGa < 1:77491/141‑1 (MQ=255) tCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTTTTATGTTAAATTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACaa > 4:88404/1‑141 (MQ=255) tCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACaa < 1:146075/141‑1 (MQ=255) cATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAg < 1:581188/141‑1 (MQ=255) tttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAgtgt > 1:43481/1‑141 (MQ=255) ttGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTa < 4:126355/141‑1 (MQ=255) tGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTaa < 1:134077/141‑1 (MQ=255) aaaataaaatAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTa > 4:20853/1‑125 (MQ=255) aaaataaaatAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTa < 3:20853/125‑1 (MQ=255) aaataaaataATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGt < 4:195956/141‑1 (MQ=255) ttaaaataaTCGTTCCATTCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTTCATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTa < 1:577891/140‑1 (MQ=255) ataaaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTa > 4:234265/1‑141 (MQ=255) ataaaataaTCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTa < 2:308150/141‑1 (MQ=255) ataatCGATCCAATCGTTATTTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATGATGTATTTCATATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGt > 4:226411/1‑141 (MQ=255) ataatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGt > 4:39823/1‑141 (MQ=255) aatCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTAt < 3:206835/141‑1 (MQ=255) cGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAANGTAtttt > 2:526739/1‑141 (MQ=255) gATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTa > 3:250143/1‑141 (MQ=255) aTCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTat > 3:188239/1‑141 (MQ=255) | TGAAGTGAGCAACATGTCATGATGAGAAGCAGGACTATACAATGAGAATAACCTTTTGATTTTTCATGCATAAGGCGATTCAATCAAAAGCAATCACCTTCCAACTGAATTGTCATTTTGTAAAATAAAATAATCGATCCAATCGTTATCTAATTCATAAATGTGTAAACACATACGTTATGAATGGATAACGATTTTTTGTTATGTTAAAGTGGTACATTAATCATGTATTTCGTATGATAATTAACGACAAGTGTAATGGTTAAATGTATTTTAT > USA300TCH1516_ALE/297929‑298205 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |