New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 1708636 = | 69 (0.770) | 4 (0.050) | 3/244 | 14.9 | 6.0% | intergenic (+81/+121) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A |
? | USA300TCH1516_ALE | 1708685 = | 64 (0.790) | intergenic (+130/+72) | USA300HOU_RS08530/entA_3 | hypothetical protein/Enterotoxin type A | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
TACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGTTTTATTATCAGCATACAT > USA300TCH1516_ALE/1708548‑1708825 | tACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTAAACACTGAATTATATTTGTTTCTTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTAtt < 1:489622/141‑1 (MQ=255) aCTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTAttt < 1:205338/141‑1 (MQ=255) cTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTg > 3:45928/1‑141 (MQ=255) cTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTg > 1:649950/1‑141 (MQ=255) agtagtTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTaac > 1:550240/1‑141 (MQ=255) ttttGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGa > 3:101503/1‑141 (MQ=255) tttGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGAc < 4:201318/141‑1 (MQ=255) aaTTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTa < 1:588835/141‑1 (MQ=255) aTTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTAc < 2:133017/141‑1 (MQ=255) cacaGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTta < 2:123899/141‑1 (MQ=255) acaGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGCGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTtat > 4:32516/1‑141 (MQ=255) gTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATAtt < 4:45458/141‑1 (MQ=255) ttAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTTTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATAttt < 3:144347/141‑1 (MQ=255) cATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTg < 1:407346/141‑1 (MQ=255) ttGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCaaa < 3:118821/141‑1 (MQ=255) tGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAg < 3:278511/141‑1 (MQ=255) tttCGTATCGAATTCTTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTTTAACAACATAATAACAGATACTTTATATTTTAATGTCAAatat > 4:208441/1‑141 (MQ=255) cGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATACTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGATAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGattat > 3:135897/1‑141 (MQ=255) gTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGattatt < 1:408567/141‑1 (MQ=255) tATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGAttatta > 1:309925/1‑141 (MQ=255) cGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATg < 3:134055/141‑1 (MQ=255) gAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGa < 1:267421/141‑1 (MQ=255) aaTTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGAt < 2:307725/141‑1 (MQ=255) aTTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGAtt > 2:234285/1‑141 (MQ=255) ccTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAAc < 2:591119/141‑1 (MQ=255) ccTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAAc > 1:685649/1‑141 (MQ=255) ccTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAAc > 1:357404/1‑141 (MQ=255) tttGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGTATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACtt > 2:300626/1‑141 (MQ=255) tgtgCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACttaa > 1:574760/1‑141 (MQ=255) cATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACttaattaa < 2:309925/141‑1 (MQ=255) aTTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTaattaaa < 1:204607/141‑1 (MQ=255) tAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTaattaaatt < 4:101503/141‑1 (MQ=255) aaaGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTaattaaatta < 4:45928/141‑1 (MQ=255) aaTTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGAttt > 4:128447/1‑141 (MQ=255) aTTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTg < 2:415310/141‑1 (MQ=255) tCTAATATAAAACAGCAGGAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGTCAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTAGTAATGATTAACTTAATTAAATTATTATTTGaa < 4:119140/141‑1 (MQ=255) aaaCAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGat > 1:72528/1‑141 (MQ=255) aaCAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGata < 2:649950/141‑1 (MQ=255) agcagTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCt < 4:151337/141‑1 (MQ=255) gcagTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTa > 1:254184/1‑141 (MQ=255) gcagTAAGACTTTTCTAAGTGCAAACATCCTAACTGCTGTGTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTa > 2:205914/1‑141 (MQ=255) agTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTaaa > 1:59185/1‑141 (MQ=255) agTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTaaa > 3:161969/1‑141 (MQ=255) aaGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGc > 1:480585/1‑141 (MQ=255) aaGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGc < 3:192252/141‑1 (MQ=255) aGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCa > 1:698930/1‑141 (MQ=255) aGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCa > 3:204877/1‑141 (MQ=255) gACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAAAAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCaa < 2:323148/141‑1 (MQ=255) aCTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATATAAATGCAAt > 4:297129/1‑141 (MQ=255) cTTTTCTAAGTGTTAGCATCATTCATGCTGTTTTTATTTGTAACAACATCATGACAGGTACATTATATTTCACTGACAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAAtt < 2:558288/141‑1 (MQ=255) ttCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGt > 3:74475/1‑141 (MQ=255) aaGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAAtt < 2:119591/134‑1 (MQ=255) aaGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAAtt > 1:119591/1‑134 (MQ=255) aGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTa > 2:301041/1‑141 (MQ=255) tgtTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTAtt > 2:625899/1‑141 (MQ=255) tAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGAt < 2:447460/141‑1 (MQ=255) gCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATaa > 4:187296/1‑140 (MQ=255) gCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAg > 1:308075/1‑141 (MQ=255) cATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGt > 4:232626/1‑141 (MQ=255) aTCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGtt < 2:401811/141‑1 (MQ=255) aTCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGtt > 2:219432/1‑141 (MQ=255) tCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGttt > 4:103318/1‑141 (MQ=255) ccTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGtttt > 3:264268/1‑141 (MQ=255) ccTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGtttt < 1:212063/141‑1 (MQ=255) tgctgTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGTTTTATTATc < 1:654933/141‑1 (MQ=255) gctgTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGTTTTATTATCa < 2:137762/141‑1 (MQ=255) tATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGTTTTATTATCAGCATACAt > 2:40609/1‑141 (MQ=255) | TACTATAGTAGTTTTATTTTGTAATTACACAGTTAATCATATTTGTTTCGTATCGAATTCCTTTGTGCATTAAAGATAATTCTAATAGAAAACAGCAGTAAGACTTTTCTAAGTGTTAGCATCCTTACTGCTGTTTTTATTTGTAACAACATAATGACAGGTACTTTATATTTCACTGTCAAAGATTATTAATGATTAACTTAATTAAATTATGATTTGAATAAATAGATATCTAAATGCAATTTGTCACTATTGATAGTTTTATTATCAGCATACAT > USA300TCH1516_ALE/1708548‑1708825 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |