| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 880,093 | G→T | intergenic (+271/‑70) | emp → / → nuc | Extracellular matrix protein‑binding protein emp/Thermonuclease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 880,093 | 0 | G | T | 96.4% | 181.4 / 0.6 | 57 | intergenic (+271/‑70) | emp/nuc | Extracellular matrix protein‑binding protein emp/Thermonuclease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (19/35); total (20/37) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.00e-01 | |||||||||||
AACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTATA > USA300TCH1516_ALE/879959‑880222 | aaCGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTaaaaa > 1:451882/1‑141 (MQ=255) cGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTtaaaaat > 3:228559/1‑139 (MQ=255) gATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGt < 1:92915/141‑1 (MQ=255) aTGTTGTATACTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTTGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAAt < 4:63042/141‑1 (MQ=255) tgttgtAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAAtt < 1:170438/141‑1 (MQ=255) tgttgtAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAAtt > 2:613165/1‑141 (MQ=255) aGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTAtaatt < 1:199053/141‑1 (MQ=255) ttttAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTATAAAAATGTAGAATTATAattaatta < 2:56404/141‑1 (MQ=255) tAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCAACTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACg > 1:372714/1‑141 (MQ=255) ttttACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGttt < 2:408649/141‑1 (MQ=255) tACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTGTAATTAATTAACGTTTAat < 2:73234/141‑1 (MQ=255) tACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAat < 2:271478/141‑1 (MQ=255) aGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAAt > 3:236142/1‑141 (MQ=255) taAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAaaaga > 3:46684/1‑141 (MQ=255) taAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAaaaga > 3:46686/1‑141 (MQ=255) taAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAATAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAAAAAAAAAAaaaga < 2:611102/141‑1 (MQ=255) aaGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATAAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAaaagaa > 1:15295/1‑141 (MQ=255) ttCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAATTTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAaaagaaag < 4:228559/141‑1 (MQ=255) tCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAagag < 2:483141/141‑1 (MQ=255) gCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGgtgt < 1:29672/141‑1 (MQ=255) gCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGgtgt < 1:465901/141‑1 (MQ=255) gCAACTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGgtgt < 4:219247/141‑1 (MQ=255) cTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTgttagt < 3:155516/141‑1 (MQ=255) aaaaaTATAGAAAATACATAAAAGTAGGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTgttagtt < 2:556893/140‑1 (MQ=255) aaaTATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTAt > 4:222418/1‑141 (MQ=255) aaaTATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTAt < 4:169444/141‑1 (MQ=255) aaTATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATg < 3:279064/141‑1 (MQ=255) aaTATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATg < 3:299196/141‑1 (MQ=255) atatAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGa < 4:268463/141‑1 (MQ=255) aGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGa > 1:179158/1‑141 (MQ=255) aGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGa < 3:262552/141‑1 (MQ=255) aGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAAGTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGa < 3:83290/141‑1 (MQ=255) gAAAATACATAAAAGTACGCATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGaa < 2:140536/141‑1 (MQ=255) gAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAATAGAATGTGGTGTTAGTTATGACAGaa < 2:451882/141‑1 (MQ=255) aaaaTACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAAt < 3:100087/141‑1 (MQ=255) aaTACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTTTTTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAACAGGTGTTAGTTATGAAAGAATaa > 2:224204/1‑140 (MQ=255) cATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACttat < 1:178026/141‑1 (MQ=255) aaaaGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTaa > 1:144363/1‑141 (MQ=255) taagtaTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCt < 1:376463/141‑1 (MQ=255) agtaTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTCAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTgg > 3:252660/1‑141 (MQ=255) gtaTAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTGA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGc > 2:606169/1‑141 (MQ=255) ttattaTAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGc < 2:182/141‑1 (MQ=255) ttattaTAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATGAACTAAAAGGAGAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGc < 2:241883/141‑1 (MQ=255) ttattaTAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGc < 2:55967/141‑1 (MQ=255) ttatAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTACAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAAAGGAGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAATTGCTGGCATATGTATGGCaaa > 2:591519/1‑140 (MQ=255) ttatAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAAt > 1:322720/1‑141 (MQ=255) taATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGt < 1:64020/141‑1 (MQ=255) attattAAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGttt > 2:401425/1‑141 (MQ=255) taAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGATGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAata < 3:155659/141‑1 (MQ=255) taAATTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAata < 1:19771/141‑1 (MQ=255) aTTTTTATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGTTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTa < 2:446908/141‑1 (MQ=255) tttttATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTAc > 2:508114/1‑141 (MQ=255) ttttATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACt < 3:222418/141‑1 (MQ=255) tttATTAATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACtt < 2:35579/141‑1 (MQ=255) ttattaATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATCGTCATCGCTTCAATATTACTta < 2:179158/141‑1 (MQ=255) tattaATTAA‑TTTTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTtat > 3:104334/1‑141 (MQ=255) attaattaA‑TTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTtata > 1:510911/1‑141 (MQ=255) | AACGATTCATGTTGTAGGCTTTTTAATTTTACAAATAAGGCTAAATATATAAGTTCTGGCACCTAAAATATAGAAAATACATAAAAGTAAGTATAGTTATTTTATTATAATTATTAAATTTTTATTAATTAA‑TTGTAAAAATGTAGAATTATAATTAATTAACGTTTAATATTAAAATTAACTAAAAAGAAAGAGGTGTTAGTTATGACAGAATACTTATTAAGTGCTGGCATATGTATGGCAATCGTTTCAATATTACTTATA > USA300TCH1516_ALE/879959‑880222 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |