| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,775,439 | C→T | G362D (GGT→GAT) | clpX ← | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,775,439 | 0 | C | T | 95.2% | 272.1 / 2.9 | 83 | G362D (GGT→GAT) | clpX | ATP‑dependent Clp protease ATP‑binding subunit ClpX |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (2/2); new base T (36/43); total (38/45) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.63e-01 | |||||||||||
TCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGTTTT > USA300TCH1516_ALE/1775304‑1775574 | tcgtATAGTTCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGtt < 1:697156/141‑1 (MQ=255) taGTTCTGGTTCATTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTGTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTtttct < 3:160303/141‑1 (MQ=255) ttCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTtttctttc < 2:29528/141‑1 (MQ=255) ttCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTtttctttc > 1:240598/1‑141 (MQ=255) cTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCaa < 1:189362/141‑1 (MQ=255) ggTTCAGTTTCTTCATTTATTGTTTGTGCTGTTATAATGTCCTTTGTTACTTTCGCGTTACAATTCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAAtt < 1:103377/141‑1 (MQ=255) gTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTg > 2:672092/1‑141 (MQ=255) tCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCt < 2:228827/141‑1 (MQ=255) cAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAATGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCtt < 1:243921/141‑1 (MQ=255) cAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGTCACATCAAACATAATATCGATAAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCtt > 1:386559/1‑141 (MQ=255) cttcATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCAc < 3:90856/141‑1 (MQ=255) cttcATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCAc > 1:502132/1‑141 (MQ=255) ttcATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACt > 1:467298/1‑141 (MQ=255) ttAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAGACCACGCGCATCTGTTTTGCTTTCAATTGCTTTTTCACTAAtt < 1:516580/141‑1 (MQ=255) ttAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAAtt < 1:391251/141‑1 (MQ=255) tAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTg < 2:33559/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGc < 1:284278/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGc < 4:23997/141‑1 (MQ=255) aaTTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGc < 4:24023/141‑1 (MQ=255) gtgCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAg > 1:655726/1‑141 (MQ=255) tgCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGc > 3:169212/1‑141 (MQ=255) tGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGcttc < 4:219210/141‑1 (MQ=255) taataaCTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGcttctt > 1:330193/1‑141 (MQ=255) aataaCTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCttcttc < 2:533448/141‑1 (MQ=255) aataaCTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCttcttc < 1:449462/141‑1 (MQ=255) ataaCTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCa < 1:110968/141‑1 (MQ=255) ataaCTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCa > 2:558217/1‑141 (MQ=255) aCTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTg > 2:6368/1‑141 (MQ=255) cTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGa < 1:355383/141‑1 (MQ=255) cTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGa > 4:209757/1‑141 (MQ=255) tACCTTCGTTACCTTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAATCCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGaa < 1:460286/141‑1 (MQ=255) aCCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAAc > 2:512183/1‑141 (MQ=255) aCCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAAc > 2:169350/1‑141 (MQ=255) aCCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAAc < 1:672092/141‑1 (MQ=255) ccTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAAct > 3:120088/1‑141 (MQ=255) cTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAActc > 2:200480/1‑141 (MQ=255) tACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATc < 2:482295/141‑1 (MQ=255) tACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATc > 3:206520/1‑141 (MQ=255) 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2:483405/141‑1 (MQ=255) cATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGt < 1:690093/141‑1 (MQ=255) ataataTCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGta < 4:251935/141‑1 (MQ=255) ataataTCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGta < 2:566045/141‑1 (MQ=255) ataataTCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGta > 3:166890/1‑141 (MQ=255) aataTCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGtata > 1:168982/1‑141 (MQ=255) aataTCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGtata > 1:168969/1‑141 (MQ=255) aataTCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGtata < 2:642959/141‑1 (MQ=255) atatCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTatat > 3:95081/1‑141 (MQ=255) atatCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTatat > 1:465390/1‑141 (MQ=255) tatCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATaaa > 1:387737/1‑86 (MQ=255) tatCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATaaa < 2:387737/86‑1 (MQ=255) tatCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATAtt < 1:233256/141‑1 (MQ=255) tatCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATAtt < 1:157616/141‑1 (MQ=255) tAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTcac > 1:178695/1‑141 (MQ=255) aaCGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTcaca < 2:144828/141‑1 (MQ=255) aCGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACaa < 1:684199/141‑1 (MQ=255) cGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAg < 1:503968/141‑1 (MQ=255) aTTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTg < 2:330193/141‑1 (MQ=255) ttcttcTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGc < 2:382120/141‑1 (MQ=255) ttcttcTATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGc < 3:91912/141‑1 (MQ=255) tctATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCAttt > 1:468369/1‑141 (MQ=255) tATGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCAttttt < 1:169350/141‑1 (MQ=255) aTGATTGAACGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTa < 1:541617/141‑1 (MQ=255) aCGTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGt > 1:329965/1‑141 (MQ=255) gTAAACCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTa < 3:22538/141‑1 (MQ=255) aaaCCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAg > 1:277897/1‑141 (MQ=255) aaaCCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAg > 4:153/1‑141 (MQ=255) aaaCCACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCAGTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAg > 1:553343/1‑141 (MQ=255) cACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGt < 4:206520/141‑1 (MQ=255) cACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGt > 1:438149/1‑141 (MQ=255) cACGCGCATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGt < 4:95081/141‑1 (MQ=255) gcgcATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGAATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGAGGCGTTAAGATGtttt > 1:379354/1‑141 (MQ=255) gcATCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCAt < 3:89553/89‑1 (MQ=255) | TCGTATAGTTCTGGTTCAGTTTCTTCATTAATTGTTTGTGCTGTAATAACTACCTTCGTTACATTTTCGTTAGAAGGCACATCAAACATAATATCGATTAACGATTCTTCTATGATTGAACGTAAACCACGCGCACCTGTTTTTCTTTCAATTGCTTTTTCACTAATTGCTGATAAAGCTTCTTCAGTGAACTCTAAATCCACATCATCTAATTCCAGCATTTTAGTATATTGTTTCACAAGTGCATTTTTAGGTTGCGTTAAGATGTTTT > USA300TCH1516_ALE/1775304‑1775574 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |