| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 849,263 | C→A | A130E (GCA→GAA) | USA300HOU_RS04145 → | Nucleotide‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 849,263 | 0 | C | A | 98.4% | 202.8 / ‑4.1 | 61 | A130E (GCA→GAA) | USA300HOU_RS04145 | Nucleotide‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base A (33/27); total (33/28) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.59e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.24e-01 | |||||||||||
CAAAAGTGAAAGTGACGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTGAAACTTTT > USA300TCH1516_ALE/849132‑849399 | cAAAAGTGAAAGTGACGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTTATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAatga > 2:194777/1‑141 (MQ=255)cAAAAGTGAAAGTGACGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAatga > 4:199575/1‑141 (MQ=255) aaaaGTGAAAGTGACGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAatgat > 2:445625/1‑141 (MQ=255) tgaaagtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCg < 1:336812/141‑1 (MQ=255) tgaaagtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGCGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAatga < 4:115441/135‑1 (MQ=255) tgaaagtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGCGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAatga > 3:115441/1‑135 (MQ=255) aaagtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCgag > 1:558238/1‑141 (MQ=255) agtgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGagag < 2:454422/141‑1 (MQ=255) tgaCGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCa > 2:52264/1‑141 (MQ=255) gTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTg < 2:660010/141‑1 (MQ=255) tcatTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGtctc < 3:296783/141‑1 (MQ=255) catTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCa > 3:232128/1‑141 (MQ=255) atTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCaa < 2:417621/141‑1 (MQ=255) tGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAAt < 1:530202/141‑1 (MQ=255) tGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACAGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCATTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAAt < 2:494651/141‑1 (MQ=255) tatgttTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAg > 1:364171/1‑141 (MQ=255) atgttTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGt > 4:226934/1‑141 (MQ=255) atgttTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGt > 2:516682/1‑141 (MQ=255) tttttAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGtata > 4:236355/1‑141 (MQ=255) tttttAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGtata > 3:176011/1‑141 (MQ=255) ttttAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAAGTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAg > 4:228873/1‑141 (MQ=255) ttAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCt < 3:236355/141‑1 (MQ=255) ttAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCt < 4:191271/141‑1 (MQ=255) gAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAAt > 1:481166/1‑141 (MQ=255) aGCAAGGACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTGTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTCATCAATGAAATTAATGATGGTCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCGAAttt < 2:3364/141‑1 (MQ=255) gCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAAtttt < 2:27563/141‑1 (MQ=255) aaGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGt < 3:58105/141‑1 (MQ=255) cTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAg > 1:323438/1‑141 (MQ=255) tGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGa < 2:58502/141‑1 (MQ=255) aaaaTTAATTTCAAGATATAAGGAAACGTGTTGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAATTTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGAtaa > 4:208748/1‑140 (MQ=255) attgattTTAATATTTAAGAAAACACGTAGTCCACATCCGTTGATGCAACAAGCTAAAAGATTGTTAATCAACGAAATTAATGAGGTGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGAtactac > 4:42411/1‑141 (MQ=255) ttaattTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACa < 1:462324/141‑1 (MQ=255) aattTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACaaa > 3:121769/1‑141 (MQ=255) tttCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGt > 2:651400/1‑141 (MQ=255) tttCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGt > 2:310656/1‑141 (MQ=255) tCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTa < 2:214106/141‑1 (MQ=255) aGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCa > 4:260570/1‑141 (MQ=255) aaaCGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAAt > 4:207829/1‑141 (MQ=255) aaaCGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAAt < 2:155320/141‑1 (MQ=255) cgtcgtGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAAGTAAGTATGAGCGTGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTaaaa > 1:69801/1‑141 (MQ=255) gtcgtGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAg > 2:9392/1‑141 (MQ=255) cgtGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGaa > 4:139958/1‑141 (MQ=255) gtGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAAc < 1:9392/141‑1 (MQ=255) acaTCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCAt > 2:155980/1‑141 (MQ=255) ccTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATtcgt < 3:124887/141‑1 (MQ=255) ttGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGa > 2:77026/1‑141 (MQ=255) aTGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATAc < 1:52264/141‑1 (MQ=255) aTGGAACAAGGTAAAAGATCGCTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATAc > 4:211063/1‑141 (MQ=255) aCAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatga < 3:138666/141‑1 (MQ=255) aGGTAAAAGAACGTTACCAAAAGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAAGTAAAAGAACGCATTCGTCGAAACTatgaaga > 2:703580/1‑141 (MQ=255) tAAAAGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatgaagatga > 2:567136/1‑141 (MQ=255) aaaaGATCGATAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatgaagatgaa < 1:194777/141‑1 (MQ=255) aaaGATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTatgaagatgaag > 2:596910/1‑141 (MQ=255) aaaGACCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTaagaagatgaag > 4:18602/1‑141 (MQ=255) gATCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGt < 1:58353/141‑1 (MQ=255) aTCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATATATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGtt < 2:62205/141‑1 (MQ=255) aTCGTTAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGtt < 2:481166/141‑1 (MQ=255) ttAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTGaa < 1:325419/141‑1 (MQ=255) tAATCAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTGaaa > 1:646984/1‑141 (MQ=255) cAATGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTGAAACttt < 4:232128/141‑1 (MQ=255) aaTGAAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTGAAACtttt < 1:264989/141‑1 (MQ=255) | CAAAAGTGAAAGTGACGTCATCATTGATGTTATGTTTTTAGAAGCAAGTACTGAAAAATTAATTTCAAGATATAAGGAAACGCGTCGTGCACATCCTTTGATGGAACAAGGTAAAAGATCGTTAATCAATGCAATTAATGATGAGCGAGAGCATTTGTCTCAAATTAGAAGTATAGCTAATTTTGTTATAGATACTACAAAGTTATCACCTAAAGAATTAAAAGAACGCATTCGTCGATACTATGAAGATGAAGAGTTTGAAACTTTT > USA300TCH1516_ALE/849132‑849399 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |