| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| MC JC | USA300TCH1516_ALE | 1,302,967 | Δ4 bp | 100% | coding (325‑328/714 nt) | phnF → | putative transcriptional regulator PhnF |
| Missing coverage evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | start | end | size | ←reads | reads→ | gene | description | |||
| * | * | ÷ | USA300TCH1516_ALE | 1302967 | 1302970 | 4 | 73 [0] | [1] 74 | phnF | putative transcriptional regulator PhnF |
| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | = 1302966 | 0 (0.000) | 69 (1.120) | 49/256 | NT | 100% | coding (324/714 nt) | phnF | putative transcriptional regulator PhnF |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1302971 = | 0 (0.000) | coding (329/714 nt) | phnF | putative transcriptional regulator PhnF | |||||
AAGAGGGCACAAGTGTTAAGTCACTGCCCCCTTTCTTTTATCCATTGAATGAACTTATAAGTATTGGGCAAATGATTAAAAATGCAGGATTTGAATGCGGAACTGAATACTTAAATTTTGATGAGCAACCAGCAACTATGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTAAAAAAGAATTAACATGTACAGAGTAT > USA300TCH1516_ALE/1302833‑1303107 | tttgaagagggcacaagtgttaagtcactgccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaataattaaaaaaacaggatttaaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccatcaTg > 1:59031‑M2/139‑140 (MQ=255) agagggcacaagtgttaagtcactgccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGa < 1:67608‑M2/7‑1 (MQ=255) gggcacaagtgttaagtcactgccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGc < 1:638443‑M2/10‑1 (MQ=255) gggcacaagtgttaagtcacagccccctttcttttatccattgaatgaacttataagtcttgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaaccgaatacttaaatttagatgagcaaccagcaTGTtagaaac > 1:443354‑M2/131‑137 (MQ=255) 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1:131648‑M2/54‑1 (MQ=255) aacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAAc > 1:490771‑M2/84‑140 (MQ=255) aacttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAAc > 1:273809‑M2/84‑140 (MQ=255) aacttataagtattgggaaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaacggaatacttaaattttgatgagcaaccatcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAAc < 2:684927‑M2/57‑1 (MQ=255) acttataagtattgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACg > 1:273202‑M2/83‑140 (MQ=255) ttgggcaaatgattaaaaatgcaggatttgaatgcggaactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTCTAGAACGATTACGAACTg > 2:47637‑M2/72‑140 (MQ=255) 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1:376834‑M2/98‑1 (MQ=255) atgcggaactgaatacttntattttgatgagcaacctgcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAGTCATTCGAAAACTATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGa < 1:646078‑M2/100‑1 (MQ=255) cggaattgaatagttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATCATAGAACGATTACGAACTGCCGAGGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTATATaa < 2:443354‑M2/103‑1 (MQ=255) aactgaatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAAt < 2:577508‑M2/106‑1 (MQ=255) gaattcttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCt < 1:101218‑M2/110‑1 (MQ=255) aatacttaaattttgatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTa > 2:393485‑M2/30‑140 (MQ=255) 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2:545689‑M2/125‑1 (MQ=255) gatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTAAAACAGAATTAACa > 2:428784‑M2/16‑140 (MQ=255) gatgagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTAAAAAAGAATTAACa < 2:345778‑M2/125‑1 (MQ=255) gatgagcaaacagcaTGTCAGATGCGAAGTGTTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTAAAAAAGAATTAACa < 2:74862‑M2/125‑1 (MQ=255) aagcagcaaccagcaTGTTAGATGCAAATTTGTTGAGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTGAGCTATATTTAAAATTGATATAAAAGAATTAACa < 2:666148‑M2/125‑1 (MQ=255) accagcaTGTTCGATGCACATTTGTTGCGCGTTGAAGAAGGATATCCAGTAACCATTATAGAACGATTACGAACTGCCGATGGAGAACCGGTCGTCTATTGTTTAGATAAAATTGCTAAAAAAGAATTAACATGTAcagg > 1:661033‑M2/8‑139 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |