| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,232,465 | G→C | 100% | A124P (GCG→CCG) | prkC → | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,232,465 | 0 | G | C | 100.0% | 236.6 / ‑6.5 | 76 | A124P (GCG→CCG) | prkC | Serine/threonine‑protein kinase PrkC |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); major base C (36/38); minor base T (1/0); total (37/39) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAT > USA300TCH1516_ALE/1232330‑1232599 | gaaaaTGACGCTTACTACTCAATAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTGTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCa < 2:294356/140‑1 (MQ=255) gACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTCTATTAAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGAATGGCATTTAACATTCGCATGatat > 1:421584/1‑140 (MQ=255) gACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTTGATGGAATTAAACTTCCGCATGataa > 1:211761/1‑139 (MQ=255) aCTGTTACTACTTAGTAATGGCATACATCAAAGGTCCGACTTTGTCAGAGTATATTCAAGGTCATGGGCCATTAATTTTTGACACATCGATTAATTTGACTAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATg < 2:242872/140‑1 (MQ=255) aCTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATg > 1:279095/1‑140 (MQ=255) tactacTTAGTAATGGAATATATCGAAGCTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAATGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTAt > 1:469932/1‑140 (MQ=255) tactacTTAGTAAAGGAATATATCGAAGGAAAGACTTTACAAGCCAACAATAAAAGTCAGGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTAt > 2:512718/1‑140 (MQ=255) ctactTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTg < 2:573974/140‑1 (MQ=255) ctactTAGAAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTg < 1:695855/140‑1 (MQ=255) atttAGTAATGGAATATATCGAAAGTCCGACTTAGTCTGAGTATATTGGAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTa < 1:380261/138‑1 (MQ=255) actTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTa < 2:67385/140‑1 (MQ=255) aGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTGCaga > 2:576305/1‑138 (MQ=255) aGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATa > 1:570747/1‑140 (MQ=255) ggaaTGGAATATATCGAAAGTCCCACTTTGTCTAAGTATATGGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTGTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATag < 2:173653/138‑1 (MQ=255) gTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATag < 1:609257/140‑1 (MQ=255) gTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATag < 1:418322/140‑1 (MQ=255) tAATGGAAGATATCGAAGGTCCTACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTCGATGGCATTAAACATCCGCATTATATGCGTATTGTACATaga < 2:107910/140‑1 (MQ=255) aTGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAgaga < 1:599612/140‑1 (MQ=255) tatatCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCACATGATAATCGTAAGGGACATAGAGATATTaa > 1:674360/1‑140 (MQ=255) tatatCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTGCACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTaa > 1:358047/1‑140 (MQ=255) atatCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAg > 2:63831/1‑140 (MQ=255) tCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCca > 2:714976/1‑140 (MQ=255) tCGAAGGTCCCACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCca < 1:295142/140‑1 (MQ=255) gAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGGGATATTAAGCcaca > 2:19383/1‑140 (MQ=255) gAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCcaca > 1:321497/1‑140 (MQ=255) gAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCcaca > 1:321412/1‑140 (MQ=255) aaGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACaa > 2:32224/1‑140 (MQ=255) aGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATAAATTGGTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACaaa > 2:477427/1‑140 (MQ=255) ggTCCGACTTTGTCTGAGTGCAGTGAAAGTCAGGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACaaaa < 2:507226/140‑1 (MQ=255) gTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAATGTCATGGGCCGTTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCTTGATATGCGTTTTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAat < 1:282917/140‑1 (MQ=255) gTCCGACTTAGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATGAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAat < 1:310292/140‑1 (MQ=255) ccGACTTTGTCTGGGAATATTGAAAGGCGTGGGCCATGAAGTATTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatat > 2:425407/1‑140 (MQ=255) ccGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatat > 1:178021/1‑140 (MQ=255) ccGACTTGGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCAATTAAGTGTTGACAGAGAGATAAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAatat < 1:20276/140‑1 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(MQ=255) tatTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATa > 1:344643/1‑140 (MQ=255) atTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATAGGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCCATaa > 2:324561/1‑140 (MQ=255) ttGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGAAGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATAAATTAATTGACAGCAATaaa > 2:233338/1‑140 (MQ=255) aTGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGaaa > 1:3876/1‑140 (MQ=255) aTGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAAAAATAATAAGCAAAAAAATAAATAAAAAAACAGCAATAAAACGATGaaa > 1:286956/1‑140 (MQ=255) ggCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTGCTCGACAAAGAGATCTTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAAAGTTGAAAata > 1:346668/1‑140 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1:166255/140‑1 (MQ=255) aTTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGc > 1:623105/1‑140 (MQ=255) aaTTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCttt < 2:623347/140‑1 (MQ=255) aaTTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCACGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCttt > 2:124701/1‑140 (MQ=255) tACGAATCAAATATTGGATGGCATAAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTg < 1:183470/140‑1 (MQ=255) cGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTgag < 1:63831/140‑1 (MQ=255) aaTCAAATATTGGAAGGAAATAAATACCCGAATGATATGCGTATTAGACATAGAGATAGTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAGACGTTGTAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGAc < 1:233338/140‑1 (MQ=255) tCAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTGTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGt > 1:222077/1‑140 (MQ=255) cAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTc < 1:721499/140‑1 (MQ=255) cAAATATTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTc > 1:325681/1‑140 (MQ=255) aaTATTGGATGGCATTAAATATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCtt < 1:337845/140‑1 (MQ=255) atatTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATAGCTAAAGCATAAAGTGAGACGTCttt > 1:80365/1‑140 (MQ=255) atatTGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGAGTAGTGTACGTCGAGATATTAAGCCACAACATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAAGATTTGATATTGGAATTGCAACAGCTTTAAGTGAGACGTCtct > 1:283358/1‑138 (MQ=255) tGGATGGCATTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGCCGTCTTTAACt > 2:104125/1‑140 (MQ=255) aTTAAACATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACCAAATATGTTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTaa > 1:21404/1‑140 (MQ=255) aaaCTTCCGCATGATATGCATAATGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGAAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCa < 1:6022/140‑1 (MQ=255) aaCATCCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTAAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGGCTTTAACTCAGACGAATCAt > 2:545297/1‑140 (MQ=255) aaCATCCGCATGATATGCGTATTGTAAATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGAAAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAt < 1:185821/140‑1 (MQ=255) aaCATCCCCATGATATGCTTATTGTACATAGAGATATCAATCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAt < 2:37858/140‑1 (MQ=255) | GAAGATGACTGTTACTACTTAGTAATGGAATATATCGAAGGTCCGACTTTGTCTGAGTATATTGAAAGTCATGGGCCATTAAGTGTTGACACAGCGATTAATTTTACGAATCAAATATTGGATGGCATTAAACATGCGCATGATATGCGTATTGTACATAGAGATATTAAGCCACAAAATATATTAATTGACAGCAATAAAACGTTGAAAATATTTGATTTTGGAATTGCTAAAGCTTTAAGTGAGACGTCTTTAACTCAGACTAATCAT > USA300TCH1516_ALE/1232330‑1232599 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |