| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 39,378 | C→A | 100% | D586Y (GAT→TAT) | pbp ← | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 39,378 | 0 | C | A | 100.0% | 201.6 / ‑6.5 | 73 | D586Y (GAT→TAT) | pbp | Beta‑lactam‑inducible penicillin‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base A (42/29); minor base T (0/2); total (42/31) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AATAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATCTTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCTTTTAATAAGTGAGGTGCGTTAATATTGCCATT > USA300TCH1516_ALE/39241‑39513 | aaTAGCCATCATCATGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATAtatt > 1:681225/1‑140 (MQ=255) catcatcatGTTTGGATTATCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTTAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTAt < 1:457702/140‑1 (MQ=255) catcatcatGTTTATATAATCTTTATCATATGAAATAAACGACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTACTTCATATTTAGTTATTCAGTACCGGATGTACCAATGAAGTTTGCATATAATCTATAATTATATCATTTAt > 2:264266/1‑140 (MQ=255) catcatGTTTGGATCATCTTTATCATACGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTAtgtg < 1:452672/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) tCTTTATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACttg > 2:317930/1‑140 (MQ=255) ttATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACttgttg > 1:578900/1‑140 (MQ=255) tATCATATTATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGc < 1:655928/140‑1 (MQ=255) tATCATATGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGc < 1:182680/140‑1 (MQ=255) tatGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCTTAcc > 1:574459/1‑140 (MQ=255) tatGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTGCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGAACTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTAGTTGCATAcc > 2:204799/1‑140 (MQ=255) tGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATATGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCAt > 1:253476/1‑140 (MQ=255) tGATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAAAATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCAt > 1:108736/1‑140 (MQ=255) gATATAAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATc < 2:247038/140‑1 (MQ=255) tataAACCATCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTAACGTGGGCGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAg < 1:529041/140‑1 (MQ=255) tataAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTTAGCTCTGCAGTACCGTATTTGCCAATTAATTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTTTTTACGACTTGATGCATACAATCAg > 1:426459/1‑140 (MQ=255) ataAACCACCCAATTTGTCTGCCAGTTTCTCCTTGTTTCATTTTGAGTTCTGCAGTACCGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGt 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1:394302/140‑1 (MQ=255) gTACCGGATTTACCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGttttt < 2:409740/140‑1 (MQ=255) tACCGGATTTGCTAAGTAAGTTTGCATAATATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCTAACTTTGTTTTTc < 2:426459/140‑1 (MQ=255) ccGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCgt < 2:301581/140‑1 (MQ=255) cGGATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCgtg > 1:565874/1‑140 (MQ=255) gATTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACGTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTTTTCCAGAATTTGTTTTTCgggtt > 2:613624/1‑139 (MQ=255) aTTTGCCAATTAAGTTTGCATAAGATCTATAAATATATTCTTTATGTGTTTTATTTACGACTTGTTGCATACCATCAGTTAATAGATTGATATTTTCTTTGGAAATAATATTTTTCTTCCAAACTTTGTTTTTCGTGTCt 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |