Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | G→C | 100% | R7G (CGC→GGC) | phoR ← | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | 0 | G | C | 100.0% | 118.3 / NA | 43 | R7G (CGC→GGC) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (21/22); total (21/22) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
AAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTC > USA300TCH1516_ALE/1797637‑1797908 | aaataTATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCcgtgg < 1:609182/140‑1 (MQ=255) aaataTATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAACCcgtgg > 1:120836/1‑140 (MQ=255) tGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATTTACTGCTAATCAATAACATTAAGAggcggataagat > 2:326558/1‑133 (MQ=255) gATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACtt > 2:69433/1‑140 (MQ=255) 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(MQ=255) cTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCttt > 2:638770/1‑140 (MQ=255) cTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGCGGAAAGATAATCATTGTTATGAAGGTCgtt > 2:567546/1‑140 (MQ=255) gTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCAATGTTCTTTAGGTCTTTCCa > 1:85764/1‑140 (MQ=255) cGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAAtt > 2:129914/1‑140 (MQ=255) ttttCTGATAAATCCCATGTGTCGGAAGTGTTAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATTATTAATATTCTGCTTATCAATAACATTAATCCGTGGTGATTTTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAg < 2:20786/140‑1 (MQ=255) ttttCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAg < 1:112953/140‑1 (MQ=255) tCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAAATGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCt > 1:137843/1‑140 (MQ=255) tCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAACAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATATCCt > 1:126117/1‑140 (MQ=255) tGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAACCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTaa > 1:252035/1‑140 (MQ=255) cATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGca < 2:268426/140‑1 (MQ=255) atatGGGATGGGAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGcac < 2:103226/140‑1 (MQ=255) atGTGATTGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGCAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATCACATTAAGCCGTGGCGAAACTTCATCATCGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAg < 2:568730/140‑1 (MQ=255) cGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACGTTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGtt < 2:521767/140‑1 (MQ=255) cGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGtt < 1:561728/140‑1 (MQ=255) gTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAATCTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTtg < 1:357540/140‑1 (MQ=255) gTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAAGATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTtg < 2:197295/140‑1 (MQ=255) taataatGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGct > 2:712960/1‑140 (MQ=255) taatGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTCCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGcttct > 2:327976/1‑140 (MQ=255) cAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTa < 1:118011/140‑1 (MQ=255) cAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTa < 1:265234/140‑1 (MQ=255) aaaCTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAAt < 1:132339/140‑1 (MQ=255) attaatATAATGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCtt > 2:468210/1‑140 (MQ=255) ttaatATACTTCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATATGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTa < 1:717231/140‑1 (MQ=255) aatATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTaaa < 1:205761/140‑1 (MQ=255) tGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAATGTCATTAGTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGa < 2:396752/140‑1 (MQ=255) ttATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAAATTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCAAATTTATAGCCTACGCCACGCACAGATTTAATAAGTTCTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTACTTTATCTCTTAAATACCTCatat > 2:437468/1‑140 (MQ=255) tATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATg < 1:224054/140‑1 (MQ=255) aTCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGGTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGt < 1:640071/140‑1 (MQ=255) aaCATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTATGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATca < 2:713394/140‑1 (MQ=255) aGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTc < 1:455693/140‑1 (MQ=255) | AAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTC > USA300TCH1516_ALE/1797637‑1797908 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |