Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,026,655 | C→T | 100% | E87K (GAA→AAA) | vraR ← | Response regulator protein VraR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,026,655 | 0 | C | T | 100.0% | 194.8 / NA | 62 | E87K (GAA→AAA) | vraR | Response regulator protein VraR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); new base T (30/32); total (30/32) | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. |
ACTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGG > USA300TCH1516_ALE/2026519‑2026789 | aCTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAAt > 2:481925/1‑140 (MQ=255) aaaaCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATaaa > 2:54854/1‑140 (MQ=255) aaCTTCCGGTTCAAAAGCAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAAc < 1:432015/140‑1 (MQ=255) aCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACt < 2:190627/140‑1 (MQ=255) aCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATATAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACt < 2:173867/140‑1 (MQ=255) cTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTa < 2:66738/140‑1 (MQ=255) cTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTa < 1:237780/140‑1 (MQ=255) cTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAAGATAACGATCGACACCTGCATCTACTGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTa < 1:381019/140‑1 (MQ=255) ccGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATAGCTTTTGAACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACAACTGCATCTAATGCACGATCTACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGtt > 2:322979/1‑140 (MQ=255) ccGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTGTTACGAACTGCATAGGCGAGAGCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAGCGATCGACACCTGCATCCAATGCACGATATACCTCTTTATGTTTAATAAAACTAGtt > 2:322973/1‑140 (MQ=255) cGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGCCACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTa > 1:697974/1‑140 (MQ=255) aCAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATAc > 1:438488/1‑140 (MQ=255) aCAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATAc < 2:644395/140‑1 (MQ=255) aGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACtt > 1:637610/1‑140 (MQ=255) ctcctcTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAAtt < 1:685306/140‑1 (MQ=255) ctcctcTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAAtt > 1:551513/1‑140 (MQ=255) ctcctcTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGAAATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAAtt > 2:400480/1‑140 (MQ=255) ctAGTAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCgg < 1:174873/140‑1 (MQ=255) gaGAAGTTTTACGACCTGGATAGGCTCTATCTTTTGCACTTTTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCCGCATCTAAAGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAAAACTTTAATCTGCAGt < 2:273273/139‑1 (MQ=255) aGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACATGCATCTAATGCACGATATACATCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATCTACGGTAAAt > 2:311499/1‑140 (MQ=255) tttACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCGCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtt > 1:17345/1‑140 (MQ=255) cGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtttttt > 1:407704/1‑140 (MQ=255) cGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtttttt > 2:240322/1‑140 (MQ=255) aagctcttCGGCTATATCTTTTGCGCTTTTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAACAAAACTTATTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTaa < 2:454601/133‑1 (MQ=255) cTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACATGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATc > 1:484851/1‑140 (MQ=255) tGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTTTTGTTTTTAAAATCTAAGTAGCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCt < 1:313067/140‑1 (MQ=255) aTCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAg < 1:287008/140‑1 (MQ=255) aTCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAg < 1:398674/140‑1 (MQ=255) tCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATACAAATAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTAAgt > 1:660576/1‑140 (MQ=255) tCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACAAAATACCGCTTTATCTTTTATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgt < 1:530951/140‑1 (MQ=255) cGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgtc < 1:589057/140‑1 (MQ=255) ggCGATTTCTTTTGCACCTGTTGGTTTTAAAATGTAACTATCGACAACTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgtcg < 2:675906/140‑1 (MQ=255) gATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACAGTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGtcgtcg < 1:398022/140‑1 (MQ=255) tatCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCt > 1:669275/1‑140 (MQ=255) tctttGCTCTTGGTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAAGTCACGTTATACCTCTTTATCTTTAAGAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTGTAATCTGAGTCGTCGCTTCt < 2:136382/138‑1 (MQ=255) ctcttGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCt < 2:487358/137‑1 (MQ=255) ttttGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGCGTCGTCGTTTCtc > 1:449334/1‑139 (MQ=255) ttGCACTTGTTTGTTTTACAATGTAACTATCGACACCTGCATGTAATGCACGATATACCTCTGTATCTTTAATCAAACTAGTTAACATTAATTCTTTAATTTGCGGTAGATCTTTCTTAATCTGGGTCGTCGCTTGTaca < 2:287373/140‑1 (MQ=255) ttGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCGTTTTTAAGCTGAGTCGTCGCTTCTaca < 1:15458/140‑1 (MQ=255) ttGCACGTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTaca < 2:697974/140‑1 (MQ=255) tgttgtTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACAccatcca < 2:438488/140‑1 (MQ=255) tgttgtTTCTAAAATGTAACTATAGACACCTCCATCTTATGCACGTAATTCCTCTTTGTCTTTAATAAAACTAGTTAACCTTAGTCCTTTAATTTTCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACAccatcca < 2:102688/140‑1 (MQ=255) gttTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCATCGCTTCTACACCATCCATGTc > 1:443695/1‑140 (MQ=255) tttttAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATACATGttt > 2:725982/1‑138 (MQ=255) gTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTa < 2:673476/140‑1 (MQ=255) tATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATcc > 2:255360/1‑140 (MQ=255) cacCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaac > 1:562581/1‑139 (MQ=255) cacCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaaa < 2:353054/140‑1 (MQ=255) acCTGCATCTAATGCACGATATACCTTTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCataaaaa > 2:451372/1‑140 (MQ=255) gCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaaaattaa < 1:54854/140‑1 (MQ=255) gCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACAAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTACTATGAGATGTAGCCTCTACACCATCCATGTCATCAATCAGTAACTCCattaaaattaa > 1:494533/1‑140 (MQ=255) gtAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCt < 2:401446/139‑1 (MQ=255) cTACTGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCt < 2:175864/140‑1 (MQ=255) cTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAActct > 2:421521/1‑140 (MQ=255) aTGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACCTTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTACATCTGGc > 1:21091/1‑140 (MQ=255) aTGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGACTCGTCGCTTCTACACCCTCCATGTCATCCATAACTAAACCCAATAAAATAAAATcccgc > 2:80583/1‑136 (MQ=255) tGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTTCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCTTCCATAAGTAACTCCATTAAAATTAAATCTGGCt > 1:341916/1‑140 (MQ=255) gCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTCAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCtt > 2:526866/1‑140 (MQ=255) ataCCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGCTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCa > 1:44401/1‑140 (MQ=255) ctttttATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTTAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATggg < 2:496328/137‑1 (MQ=255) ctctTTATCTTTATTAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGGGGTCACTATTATTAAATGTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATggg < 2:696454/140‑1 (MQ=255) aTCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTgg > 2:641117/1‑140 (MQ=255) | ACTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGG > USA300TCH1516_ALE/2026519‑2026789 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |