Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 2,261,772 | T→C | 5.7% | V185V (GTA→GTG) | yhfK ← | putative sugar epimerase YhfK |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 2,261,772 | 0 | T | C | 5.7% | 195.9 / 2.7 | 71 | V185V (GTA→GTG) | yhfK | putative sugar epimerase YhfK |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (26/41); new base C (2/2); total (28/43) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.44e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.45e-01 |
AATCATATTTACTATCCTTATTAATCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGCCCCTGGATGTAAAATTGTATAATTCAAACCTGAACGTCTTAAATA > USA300TCH1516_ALE/2261641‑2261909 | aaTCATATTTACTATCCTTATTAATCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGc < 1:419541/140‑1 (MQ=255) aaTCATATTTACTATCCTTATTAATCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGc < 2:381981/140‑1 (MQ=255) aTCATATTTACTATCCTTATTAATCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCa > 1:189380/1‑140 (MQ=255) atatTTACTATCCTTATTAATACGAATCTGTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTTAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACa > 1:353257/1‑140 (MQ=255) ttACTATCCTTATTAATCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGCTCGCACGTGATAATTTATTTTAATACTGTCGCAACAtctt > 1:133461/1‑140 (MQ=255) ccTTCTTAATCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAgg > 2:502645/1‑140 (MQ=255) ccTTATTAATCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAgg < 1:306504/140‑1 (MQ=255) ttaATCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTTATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTTTAGGAAttt > 1:187580/1‑140 (MQ=255) ttaATCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAAttt < 1:35596/140‑1 (MQ=255) tCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCAcc < 2:103802/140‑1 (MQ=255) ccGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGTTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCt > 2:381040/1‑140 (MQ=255) ttCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAACACTGTCTCAACATCTTATCTAGGAATTTCACCTTTAc > 2:312180/1‑140 (MQ=255) ttCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAACACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTAc > 1:56999/1‑140 (MQ=255) tCATTTTCAATCAGAGTTAAAGCACGTTTAATGTCCTTATCACCACTGGTTATGTGAAACTTTTTGTTATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTAcc < 2:684657/140‑1 (MQ=255) tCATTTTCAAATTGAGTTAATGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTAcc < 2:208444/140‑1 (MQ=255) tCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTACTGAAAGGAAACTCTTTGACATTAAAATCCATAGCCAGGATGAGTAGCGTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTATGAATTTCACCTTTAcc > 2:696770/1‑140 (MQ=255) cATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCa < 1:43728/140‑1 (MQ=255) aTTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACAACTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCAt > 2:6229/1‑140 (MQ=255) tttaGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATAtt < 2:454444/137‑1 (MQ=255) aaaGCATCTTTAATGTCCTTATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTGCTGCTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGc < 1:49635/140‑1 (MQ=255) aaaGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGc > 1:220472/1‑140 (MQ=255) aaGCATCTTTAATGTCCTTATCACCTCTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCt < 1:240228/140‑1 (MQ=255) aaGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCt < 1:502645/140‑1 (MQ=255) gCATCTTTAATGCTCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTc < 2:181478/140‑1 (MQ=255) aTCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCATATTGACTATCAAAATATTGTGCAGCTTCTa < 1:352598/140‑1 (MQ=255) cTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATc < 1:263547/140‑1 (MQ=255) tAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCttt < 2:303634/140‑1 (MQ=255) aaTGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTc > 2:409076/1‑140 (MQ=255) tGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCa > 2:603569/1‑140 (MQ=255) tCCTGATCACCTCTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGa < 2:222964/140‑1 (MQ=255) tCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTATAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGa < 2:371183/140‑1 (MQ=255) gATCACCACTAATAATTTGAAGCTCTTGGTTATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCct < 2:698485/140‑1 (MQ=255) ctCACCATTACTAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAAATTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAACATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCctg > 2:13816/2‑140 (MQ=255) aTCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCctg > 1:492999/1‑140 (MQ=255) aTCACCACTAATAATGTGAAAGTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCctg > 2:6551/1‑140 (MQ=255) tccccacTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCctgc < 1:391111/137‑1 (MQ=255) accacTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTACGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCctgctg < 2:208366/140‑1 (MQ=255) ccacTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAATATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCTCGTTCTtgctgc > 1:33556/1‑140 (MQ=255) acTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCAt > 2:538232/1‑140 (MQ=255) acTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCAt > 2:239134/1‑140 (MQ=255) ttaataaTTTGAAACTCTTTGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCAtt < 2:716214/139‑1 (MQ=255) cTAATAATTTGAATCTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGTCACTTTCTTTTAATACTGTCGCAATATCTTCTTTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCAtt < 2:78145/140‑1 (MQ=255) cTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCAtt < 2:599834/140‑1 (MQ=255) aataatTTTAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATATTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTCCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTg < 1:210073/140‑1 (MQ=255) aataatTTGAAACTCTTGGTGATTAGAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTg < 1:175156/140‑1 (MQ=255) aataatTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCCGCAttcg > 2:109570/1‑138 (MQ=255) aataatTTGAAACTCTTGGTGAGTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTg < 2:727629/140‑1 (MQ=255) taatTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCTAGATCCTGCTGCATTTGTa > 2:471372/1‑140 (MQ=255) aatTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTaa < 2:488891/140‑1 (MQ=255) tcctGGTGATTAAAATGATTCGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGCCCCTgg < 1:704014/137‑1 (MQ=255) ggTGATTAAAATGATTGTATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTTCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGCCCCTGGATGt < 2:67013/140‑1 (MQ=255) ggTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGAAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGTCCCTGGATGt < 2:635060/140‑1 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2:220472/140‑1 (MQ=255) tgACAATTTCTTTTAACACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGCCCCTGGATGTAAAATTGTATAATTCAAACCt < 2:56999/140‑1 (MQ=255) tgACAATTTCGTTTAACACTGTCGCAACATCCTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGCCCCTGGATGTAAAATTGTATAATTCAAACCt < 1:312180/140‑1 (MQ=255) tgACAAGTCCTTTTAATACTGTCCCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCCTTCCCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGCCCCTGGATGTAAAATTGTATAATTCAAACCt < 2:189380/140‑1 (MQ=255) aTTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGCCCCTGGATGTAAAATTGTATAATTCAAACCTGAACg > 1:269640/1‑140 (MQ=255) aTTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGCCCCTGGATGTAAAATTGTATAATTCAAACCTGAACg > 1:293574/1‑140 (MQ=255) tAATACTGTCGCAACATCTTATTTGATGTTGGCTCCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTACCCCTGGATGTAAAATTGTATAATTCAAACCTGAACGTCTTAAAt > 1:172986/1‑140 (MQ=255) aaTACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCCCCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGCCCCTGGATGTAAAATTGTATAATTCAAACCTGAACGTCTTAAATa < 2:652891/140‑1 (MQ=255) | AATCATATTTACTATCCTTATTAATCCGTTTCATTTTCAAATTGAGTTAAAGCATCTTTAATGTCCTGATCACCACTAATAATTTGAAACTCTTGGTGATTAAAATGATTGGATGTGACAATTTCTTTTAATACTGTCGCAACATCTTCTCTAGGAATTTCACCTTTACCATCAAAATATTGTGCAGCTTCTATCTTTCCAGATCCTGCTGCATTTGTAAGTGCCCCTGGATGTAAAATTGTATAATTCAAACCTGAACGTCTTAAATA > USA300TCH1516_ALE/2261641‑2261909 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |