| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 2080726 = | 111 (0.970) | 16 (0.150) | 11/252 | 13.0 | 13.7% | intergenic (‑194/‑347) | USA300HOU_RS10505/aspC | hypothetical protein/Aspartate aminotransferase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 2080759 = | 101 (0.980) | intergenic (‑227/‑314) | USA300HOU_RS10505/aspC | hypothetical protein/Aspartate aminotransferase | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ATTGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATCCCTTCTTGCCACC > USA300TCH1516_ALE/2080587‑2080866 | aTTGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACaa < 4:148175/141‑1 (MQ=255) ttGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAAc > 1:604051/1‑141 (MQ=255) aaTTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAAcccc < 2:834080/141‑1 (MQ=255) tttCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAATCCAGTCAAGCTAAATGATTATTGATTGCGATATATGGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCaa < 1:470377/141‑1 (MQ=255) ttCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAg > 1:476399/1‑141 (MQ=255) tCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGt < 4:367569/141‑1 (MQ=255) tCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGt < 2:495776/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCt < 1:139823/141‑1 (MQ=255) aaaaGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCt > 1:366266/1‑141 (MQ=255) aaGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTgg > 1:692591/1‑141 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1:762478/141‑1 (MQ=255) aGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATAGTACACAACCCCAAGTCTGGTACcagc > 1:682274/1‑141 (MQ=255) aGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACcagc > 3:369291/1‑141 (MQ=255) aGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGACATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACcagc < 3:63272/141‑1 (MQ=255) ggTACTAATCACTTTCTGCTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACcagca < 4:25018/141‑1 (MQ=255) gTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACcagcag > 2:133439/1‑141 (MQ=255) 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2:29806/1‑141 (MQ=255) tgtATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGtaataa < 1:22501/141‑1 (MQ=255) gtATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAg > 3:83287/1‑141 (MQ=255) aTCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAgtg < 3:361337/141‑1 (MQ=255) aTCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAgtg > 3:111386/1‑141 (MQ=255) aTCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTAGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTCTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAAAAA‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAgtg < 4:276397/141‑1 (MQ=255) 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1:208053/1‑141 (MQ=255) | ATTGAATTTCAAAAGTTCAAGGTACTAATCACTTTCAACTAAAATAGCGCAACAAAACCATTCAATCAAAATGATTATTGATTGCGATATATTGTGTTCAATGATATTATTTAAGTGTATCCACAGAATTATACTACACAACCCCAAGTCTGGTACCAGCAGACTTGGGGTTATTTATGTGTGTAGGATCATTTTTTATTTTTCCATTTCAGTTCTAACCAAAGTCG‑AAAAATAATTAGTAAGCCACCTGTAATAAGTGTCATCATCCCTTCTTGCCACC > USA300TCH1516_ALE/2080587‑2080866 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |