BRESEQ :: Evidence

New junction evidence
		seq id	position	reads (cov)	reads (cov)	score	skew	freq	annotation	gene	product
*	?	USA300TCH1516_ALE	855629 =	114 (1.000)	7 (0.100) +TCCCATTGGCATTTACGAAGTTTAAATGTGCAATTAGAATATATGTATAACAATATT	4/164	12.7	9.9%	intergenic (+160/‑600)	zipA_1/cggR	Cell division protein ZipA/Central glycolytic genes regulator
*	?	USA300TCH1516_ALE	2830190 =	103 (0.900)		4/164	12.7	9.9%	intergenic (+18/+429)	icaC/lipA_2	putative poly‑beta‑1,6‑N‑acetyl‑D‑glucosamine export protein/Lipase 1
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff.
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold.

Only 100 of 103 total aligned reads displayed.

GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCA  >  USA300TCH1516_ALE/2830050‑2830328

gCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTaaa                                                                                                                                            <  1:677459/141‑1 (MQ=255)

   atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac                                                                                                                                         >  1:690374/1‑141 (MQ=255)

   atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac                                                                                                                                         <  3:12752/141‑1 (MQ=255)

   atatCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAac                                                                                                                                         >  1:542866/1‑141 (MQ=255)

     atCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTTGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAacac                                                                                                                                       <  2:184702/141‑1 (MQ=255)

      tCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAcg                                                                                                                                      <  1:676489/141‑1 (MQ=255)

       cACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAcgc                                                                                                                                     >  2:559344/1‑141 (MQ=255)

        actactATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAcgcg                                                                                                                                    <  2:492211/141‑1 (MQ=255)

         ctactaTTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCgg                                                                                                                                   >  3:596/1‑141 (MQ=255)

         ctactaTTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCgg                                                                                                                                   >  4:254599/1‑141 (MQ=255)

          tactaTTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGt                                                                                                                                  <  1:368714/141‑1 (MQ=255)

          tactaTTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGt                                                                                                                                  >  1:417788/1‑141 (MQ=255)

           actaTTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTg                                                                                                                                 >  3:122869/1‑141 (MQ=255)

                tCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGa                                                                                                                            <  1:211978/141‑1 (MQ=255)

                 cATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGaa                                                                                                                           >  2:154021/1‑141 (MQ=255)

                    tttAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGTGGTGGGCGAAATc                                                                                                                        <  1:348376/141‑1 (MQ=255)

                    tttAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATc                                                                                                                        <  3:55428/141‑1 (MQ=255)

                     ttAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCa                                                                                                                       <  4:104590/141‑1 (MQ=255)

                       aGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGt                                                                                                                     <  1:325519/141‑1 (MQ=255)

                       aGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGt                                                                                                                     <  4:220635/141‑1 (MQ=255)

                       aGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGt                                                                                                                     <  3:46705/141‑1 (MQ=255)

                        ggATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTTAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAAGCAGtt                                                                                                                    <  2:222250/141‑1 (MQ=255)

                        ggATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATCTCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGtt                                                                                                                    <  2:825135/141‑1 (MQ=255)

                        ggATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGtt                                                                                                                    <  2:246395/141‑1 (MQ=255)

                        ggATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATCGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAggt                                                                                                                    >  3:260791/1‑139 (MQ=255)

                         gATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGttt                                                                                                                   <  3:104110/141‑1 (MQ=255)

                         gATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGttt                                                                                                                   >  1:137610/1‑141 (MQ=255)

                          aTTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTCAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTg                                                                                                                  >  2:183057/1‑141 (MQ=255)

                            tATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGATAATTATTGGCAAGCAACTTTATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATACGTTTGaa                                                                                                                >  2:257269/1‑141 (MQ=255)

                               gTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtg                                                                                                             <  3:81671/141‑1 (MQ=255)

                                tataGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtga                                                                                                            >  3:207648/1‑141 (MQ=255)

                                    ggTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactga                                                                                                        >  1:163834/1‑141 (MQ=255)

                                    ggTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATtgactga                                                                                                        >  1:163835/1‑141 (MQ=255)

                                       gtCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACtt                                                                                                     >  1:161982/1‑141 (MQ=255)

                                           gCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGtt                                                                                                 >  1:610177/1‑141 (MQ=255)

                                              tGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTa                                                                                              >  1:418622/1‑141 (MQ=255)

                                              tGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTa                                                                                              <  1:187022/141‑1 (MQ=255)

                                                    tGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgt                                                                                        >  4:108879/1‑141 (MQ=255)

                                                     gCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtg                                                                                       >  2:36030/1‑141 (MQ=255)

                                                     gCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATATTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACAAACGGTGGCAGAAATCATTTTGAATTGTCTAACTTCGTTTTATCGCgtt                                                                                       >  4:339864/1‑140 (MQ=255)

                                                      cGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGAGAAATCAGTTTGTATTGACTGACTTCGTTTTACCGCgtgt                                                                                      <  4:200671/141‑1 (MQ=255)

                                                       gTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGtt                                                                                     >  2:84325/1‑141 (MQ=255)

                                                        tGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGttt                                                                                    <  2:182552/141‑1 (MQ=255)

                                                          aaTTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTaa                                                                                  <  1:641013/141‑1 (MQ=255)

                                                            ttCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAata                                                                                <  4:195951/141‑1 (MQ=255)

                                                              cTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACGGCGTGTTTAATAtt                                                                              >  4:303005/1‑141 (MQ=255)

                                                               tataTCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTg                                                                             >  4:306652/1‑141 (MQ=255)

                                                               tataTCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTg                                                                             >  4:189031/1‑141 (MQ=255)

                                                                  atCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTta                                                                          <  1:578720/141‑1 (MQ=255)

                                                                   tCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtat                                                                         >  1:455560/1‑141 (MQ=255)

                                                                   tCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtat                                                                         >  1:216710/1‑141 (MQ=255)

                                                                    cTTTAGGTTTATTATTGTAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtata                                                                        <  4:71033/141‑1 (MQ=255)

                                                                    cTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTtata                                                                        >  4:157781/1‑141 (MQ=255)

                                                                        aGGTTTATTATTGGCCATAATCCTTATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACata                                                                    <  1:226550/141‑1 (MQ=255)

                                                                        aGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATTCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACata                                                                    >  4:110318/1‑141 (MQ=255)

                                                                        aGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGGTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACata                                                                    <  3:261341/141‑1 (MQ=255)

                                                                           tttATTATTGGAAAACAACCCTATCAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatatat                                                                 >  2:9916/1‑141 (MQ=255)

                                                                           tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatatat                                                                 <  3:166166/141‑1 (MQ=255)

                                                                           tttATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACatatat                                                                 <  2:655575/141‑1 (MQ=255)

                                                                              attattGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGTTTATTAGTGATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATAAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCt                                                              >  1:62746/1‑141 (MQ=255)

                                                                              attattGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCt                                                              >  3:260022/1‑141 (MQ=255)

                                                                                    ggAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGc                                                        >  1:142800/1‑141 (MQ=255)

                                                                                       aaaCAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGcaca                                                     <  1:657940/141‑1 (MQ=255)

                                                                                        aacaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAt                                                    <  3:96373/141‑1 (MQ=255)

                                                                                        aacaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAt                                                    <  3:76128/141‑1 (MQ=255)

                                                                                        aacaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAt                                                    <  2:500952/141‑1 (MQ=255)

                                                                                         acaacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTAGACATATATTCTAATTGCACAtt                                                   <  4:361369/141‑1 (MQ=255)

                                                                                          caacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt                                                  >  3:363095/1‑141 (MQ=255)

                                                                                          caacCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACAttt                                                  >  3:363085/1‑141 (MQ=255)

                                                                                             ccATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTaaa                                               <  3:133240/141‑1 (MQ=255)

                                                                                              cATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAAc                                              >  1:287099/1‑141 (MQ=255)

                                                                                               atatAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACt                                             >  4:16822/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                tataAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGGCTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACtt                                            <  2:376436/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                  taAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCg                                          <  1:412295/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                    aaTTGAGCATTAATGCGTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCCGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTa                                        <  1:485616/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                    aaTTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGCTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTa                                        >  1:623553/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                      ttGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTaaa                                      <  4:37405/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                      ttGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTaaa                                      <  2:696750/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                        gAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATg                                    <  1:614976/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                              tAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGATTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATg                              >  3:126391/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                              tAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATg                              <  2:607145/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                              tAATGCTGATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATg                              >  3:291624/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                   cTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGGACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGt                         >  1:823432/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                    ttattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTg                        <  3:189031/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                    ttattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTg                        >  3:335415/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     tattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTgg                       >  3:263051/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     tattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTgg                       >  1:836623/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     tattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTgg                       >  1:351824/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                     tattaattattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATAATGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTgg                       >  2:385150/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                            tattaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGaa                >  2:535100/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                             attaaGCTATGTTAAAAGCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCATGTTGAATATTGTTATACATATATTCTAATGGCACATGTAAACTTCGTAAATGCCGATGGGAGTCGGACAGaaa               <  2:222174/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                             attaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGaaa               >  2:545239/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                              ttaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAAt              >  1:702379/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                              ttaaGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAAt              <  3:39722/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                 aGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATTGGAGTGGGACAGAAATGat           >  2:820120/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                 aGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGat           >  2:635484/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                       gTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTc     >  1:221101/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                         tAAAAACACGCGTTGGGCGAAATCAGTTTGAAGGGGCTGACTTCGTTTTACCGCTGGTTTAATATTGTTGTACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTATATGCCGATTTGGGTGGGACAGGAATGATATTATCGc   >  4:276103/1‑141 (MQ=255)

                                                                                                                                          aaaaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCTTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATTGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCa  <  2:259486/141‑1 (MQ=255)

                                                                                                                                          aaaaaCACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCa  >  2:512575/1‑141 (MQ=255)

GCGATATCACTACTATTCATTTTAGGATTATGTATAGGTGTCGGCATGATATTGCGTGAATTCTATATCTTTAGGTTTATTATTGGAAAACAACCATATAAATTGAACATTAATGCTTATTAATTATTAAGCTATGTTAAAAACACGCGGTGGGCGAAATCAGTTTGAATTGACTGACTTCGTTTTACCGCGTGTTTAATATTGTTATACATATATTCTAATTGCACATTTAAACTTCGTAAATGCCAATGGGAGTGGGACAGAAATGATATTTTCGCA  >  USA300TCH1516_ALE/2830050‑2830328

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): `ATCG/ATCG` `< 3 ≤` `ATCG/ATCG` `< 12 ≤` `ATCG/ATCG` `< 32 ≤` `ATCG/ATCG` `< 41 ≤` `ATCG/ATCG`
Unaligned base: `atcg` Masked matching base: `atcg` Alignment gap: `‑` Deleted base: `‑`
Reads not counted as support for junction
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint.
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication.