Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 911,610 | 0 | G | A | 99.1% | 371.9 / ‑4.2 | 105 | intergenic (‑221/‑107) | USA300HOU_RS04510/sufC | hypothetical protein/Vegetative protein 296 |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base A (53/51); total (54/51) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.22e-01 |
Only 100 of 108 total aligned reads displayed.
TTAAATTCATAAAATCCATTGAGAAATTATGTGCACTTATTATCATTTATATTTTTAAAGAGAGCGGATTAGAGTTGTACTTTAGAGTTATTAAAAATAATAAAAAGGGTTTAAGTTGTTTATATTAAGGTATAAGTAAGTTATAATTAACTGAACGCATTATTACAAAGTCTTTTTGACTACAAATTAAAATTATTATAAACTAGTTAAGAAAACTTTATATTTTACGGAGGGAATATAAAATGGCATCAACATTAGAAATCAAAGACCTA > USA300TCH1516_ALE/911475‑911746 | tttaaTTCATAAAATCCATTGAGAAATTATGTGCACTTATTATCATTTATATTTTTAAAGAGAGCGGATTAGAGTTGTACTTTAGAGTTATTAAAAATAATAAAAAGGGTTTAAGTTGTTTATATTAAGGTATaaataagt < 4:317779/138‑1 (MQ=255) ttAAATTCATAAAATCCATTGAGAAATTATGTGCACTTATTATCATTTATATTTTTAAAGAGAGCGGATTAGAGTTGTACTTTAGAGTTATTAAAAATAATAAAAAGGGTTTAAGTTGTTTATATTAAGGTATaaataagt < 3:339471/141‑1 (MQ=255) tAAATTCATAAAATCCATTGAGAAATTATGTGCACTTATTATCATTTATATTTTTAAAGAGAGCGGATTAGAGTTGTACTTTAGAGTTATTAAAAATAATAAAAAGGGTTTAAGTTGTTTATATTAAGGTATAAATAAGtt < 1:200024/141‑1 (MQ=255) tAAATTCATAAAATCCATTGAGAAATTATGTGCACTTATTATCATTTATATTTTTAAAGAGAGCGGATTAGAGTTGTACTTTAGAGTTATTAAAAATAATAAAAAGGGTTTAAGTTGTTTATATTAAGGTATAAATAAGtt < 2:173026/141‑1 (MQ=255) 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USA300TCH1516_ALE/911475‑911746 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |