| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,672,434 | C→T | A187T (GCA→ACA) | sigA ← | RNA polymerase sigma factor SigA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,672,434 | 0 | C | T | 97.3% | 363.5 / 0.4 | 112 | A187T (GCA→ACA) | sigA | RNA polymerase sigma factor SigA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/3); new base T (46/62); total (47/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.37e-01 | |||||||||||
Only 100 of 115 total aligned reads displayed.
TCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAA > USA300TCH1516_ALE/1672297‑1672569 | tcGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGtata > 1:351325/1‑141 (MQ=255) ctaCCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCTCAGGGATACGAATCGTACGTGCGTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTatat < 4:259332/139‑1 (MQ=255) aCCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGt < 4:119549/141‑1 (MQ=255) aCCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGt < 4:309813/141‑1 (MQ=255) cctatatCCTGTAATAATAAACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCCTATGAACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATGCACCAGTTTGTTTATGtt > 4:14735/7‑141 (MQ=255) tCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAAc > 1:228162/1‑141 (MQ=255) tCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAAc > 2:362871/1‑141 (MQ=255) ccTGTAATACTTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGAAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACt < 1:500038/141‑1 (MQ=255) ccTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACt < 2:420290/141‑1 (MQ=255) cTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACtt > 3:130101/1‑141 (MQ=255) cTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACtt < 1:11527/141‑1 (MQ=255) gTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCGCCATGTTGTATATGTTGAAAACTTaa < 1:586051/141‑1 (MQ=255) gTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTaa < 2:401144/141‑1 (MQ=255) aataatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAAt > 1:672560/1‑141 (MQ=255) ataatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATc < 3:293190/141‑1 (MQ=255) taatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc < 1:613269/141‑1 (MQ=255) taatTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATcc < 4:321047/141‑1 (MQ=255) gACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGt > 2:4509/1‑141 (MQ=255) aCGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGtt > 2:827753/1‑141 (MQ=255) aCGTTGAACACGAATTAATGTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGtt < 1:229299/141‑1 (MQ=255) gTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTaa > 4:244080/1‑141 (MQ=255) gAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGt < 2:24942/141‑1 (MQ=255) gAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGt < 4:179016/141‑1 (MQ=255) gAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGt < 2:437683/141‑1 (MQ=255) acGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCaaa > 1:314918/1‑141 (MQ=255) cGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAAt < 1:140865/141‑1 (MQ=255) ttaattTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAAttttt > 1:382195/1‑141 (MQ=255) ttaattTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAAttttt < 1:760790/141‑1 (MQ=255) ttaattTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAAttttt < 1:729594/141‑1 (MQ=255) attTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCaa > 1:736938/1‑141 (MQ=255) ttattaATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACa < 1:862615/141‑1 (MQ=255) tattaATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAg < 2:445695/141‑1 (MQ=255) tattaATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAg > 2:639198/1‑141 (MQ=255) tattaATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAg < 1:520133/141‑1 (MQ=255) attaATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGc > 2:422649/1‑141 (MQ=255) attaATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGc < 1:556854/141‑1 (MQ=255) tgaaTTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCt < 1:437191/139‑1 (MQ=255) aTTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTta < 2:530405/141‑1 (MQ=255) aTTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTta < 2:236144/141‑1 (MQ=255) ttGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTtaa > 3:7805/1‑141 (MQ=255) tGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTtaat > 3:114848/1‑141 (MQ=255) gtaacTACCATATGCCGAGAGATCCGCATCGAACGAGTTTGGTCACCATTTGCCCGAGTGTTTGCTTTACTATTTCACAATGTTGTCTATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCATCAACTTtattt > 4:341426/5‑138 (MQ=255) gTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTtaata > 1:817849/1‑141 (MQ=255) tCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGa > 1:161775/1‑141 (MQ=255) tACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTCCAACAGCTTTAATAAGAcc < 1:285569/141‑1 (MQ=255) aCCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGAccc > 2:586860/1‑141 (MQ=255) ccATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCa > 1:517995/1‑141 (MQ=255) ccATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCa > 4:234079/1‑141 (MQ=255) ccATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCa > 4:305686/1‑141 (MQ=255) tatGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAAttttt > 1:401933/1‑117 (MQ=255) tatGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAAttttt < 2:401933/117‑1 (MQ=255) tatGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCatat < 3:320470/141‑1 (MQ=255) tatGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCatat > 1:329521/1‑141 (MQ=255) tatGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCatat < 2:69406/141‑1 (MQ=255) tatGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCatat < 2:69142/141‑1 (MQ=255) tatGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCatat < 1:574583/141‑1 (MQ=255) tGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATNTTTCAACAGCTTNAATAAGACCCATATTa < 1:566719/141‑1 (MQ=255) gCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAACACTTAAACCCTTTGTTAAAGTCAAAGTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTAc < 2:730695/141‑1 (MQ=255) caGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATCTGTTGAAAACTCAAATCGTGTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACctt > 3:14529/1‑141 (MQ=255) gggATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACcttct < 3:357098/141‑1 (MQ=255) gggATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACcttct < 1:245561/141‑1 (MQ=255) gATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTg > 1:4958/1‑141 (MQ=255) aTACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTgg > 3:292984/1‑141 (MQ=255) aCGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGTTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGAt < 1:375245/141‑1 (MQ=255) aCGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGAt < 1:178299/141‑1 (MQ=255) cGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGTGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGAtt > 1:446672/1‑141 (MQ=255) cGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGAtt < 2:121062/141‑1 (MQ=255) gAATCGTACGTTCTTTGGCAGCAATTGCAGGATTGATTGCTTGTCTGATCCACCATTTTGTATATGTTGAAAACTTAAAGCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTa < 1:392168/141‑1 (MQ=255) aaTCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTaa < 2:21716/141‑1 (MQ=255) aTCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTaaa < 1:139421/141‑1 (MQ=255) tCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAAt < 1:462011/141‑1 (MQ=255) cGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATc < 4:180742/141‑1 (MQ=255) tACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTATAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCaa < 2:341549/141‑1 (MQ=255) tACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCaa < 1:784259/141‑1 (MQ=255) aCGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAg < 1:23950/141‑1 (MQ=255) aCGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAg > 3:345341/1‑141 (MQ=255) gTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGa > 2:749428/1‑141 (MQ=255) ggTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACa > 1:209509/1‑141 (MQ=255) gTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACAt > 1:36553/1‑141 (MQ=255) cACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTa < 2:340446/141‑1 (MQ=255) tcgtgcaaTTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTAc < 1:438265/134‑1 (MQ=255) aCGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTAc > 2:63163/1‑141 (MQ=255) cGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACg < 4:353635/141‑1 (MQ=255) cGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACg < 2:371777/141‑1 (MQ=255) cgTGATTGCTTGTCTTATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCAACTTGGATTAACTCAAGGAATAACATACCACGCCCTCCGTa < 4:219153/140‑1 (MQ=255) aGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTa < 2:611049/141‑1 (MQ=255) aTTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCtt > 2:233728/1‑141 (MQ=255) aTTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCtt < 2:408474/141‑1 (MQ=255) tcgCTTGGCTAATCCACCATGCTGGATACGTTGAAAACTTAAAACCTGTGTTCAAGTCAAATTATTCAACAGCTATAATAAGACCCATAGTACCATCTTGGACTAAACCACAGAATAACATACCACGACCTACGTaccagt > 4:320670/3‑136 (MQ=255) cTTGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAg > 1:146916/1‑141 (MQ=255) tGTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCa > 4:222979/1‑141 (MQ=255) tGTCTAATCCACCATGTCGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACAACCTACGTATCTTTTAGCa > 4:222973/1‑141 (MQ=255) gTCTAATCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCaa > 4:187416/1‑141 (MQ=255) tCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTa < 2:5208/141‑1 (MQ=255) tCCACCATGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTa < 1:498192/141‑1 (MQ=255) ccaccaTGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTAc > 2:519028/1‑141 (MQ=255) accaTGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACaa > 2:751797/1‑141 (MQ=255) caTGTTGTATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACt > 3:136934/1‑141 (MQ=255) tgttgtATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTaa > 2:286172/1‑141 (MQ=255) tgttgtATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTaa < 2:565162/141‑1 (MQ=255) | TCGACCTAAGTCCTGTAATAATTGACGTTGAACACGAATTAATTTATTAATTGTTTCTACCATATGCACAGGGATACGAATCGTACGTGCTTGGTCAGCAATTGCACGAGTGATTGCTTGTCTAATCCACCATGTTGCATATGTTGAAAACTTAAATCCTTTGTTAAAGTCAAATTTTTCAACAGCTTTAATAAGACCCATATTACCTTCTTGGATTAAATCAAGGAATAACATACCACGACCTACGTATCTTTTAGCAATACTTACAACTAA > USA300TCH1516_ALE/1672297‑1672569 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |