Predicted mutation | ||||||
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RA | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | G→C | R7G (CGC→GGC) | phoR ← | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | 0 | G | C | 98.1% | 370.7 / ‑0.2 | 108 | R7G (CGC→GGC) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (2/0); new base C (57/47); total (61/47) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.02e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.52e-01 |
Only 100 of 110 total aligned reads displayed.
AATAAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTC > USA300TCH1516_ALE/1797634‑1797908 | aataaataTATGAGCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGATTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATACTGCCAAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCcgt > 2:71762/1‑141 (MQ=255) taaataTATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCcgtgg < 3:243779/141‑1 (MQ=255) atGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACt > 3:62742/1‑141 (MQ=255) atGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACt > 2:620458/1‑141 (MQ=255) 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AATAAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTC > USA300TCH1516_ALE/1797634‑1797908 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |