| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,026,655 | C→T | E87K (GAA→AAA) | vraR ← | Response regulator protein VraR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,026,655 | 0 | C | T | 98.9% | 317.1 / ‑4.1 | 89 | E87K (GAA→AAA) | vraR | Response regulator protein VraR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); new base T (40/48); total (40/49) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 | |||||||||||
ACTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGGC > USA300TCH1516_ALE/2026519‑2026790 | aCTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATa > 2:45849/1‑141 (MQ=255) ctcaaaCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGATTTACGAACTGCATCGGCTATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATTGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTtaataa > 1:792060/4‑141 (MQ=255) cTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTtaataa > 1:142418/1‑141 (MQ=255) cTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTtaataa > 1:152243/1‑141 (MQ=255) tAAGACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCGCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTCATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATaaa < 4:101453/141‑1 (MQ=255) tAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATaaa < 4:101429/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATaaaa > 2:310355/1‑141 (MQ=255) aaaaCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATaaaa < 1:368259/141‑1 (MQ=255) aaaaCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTACATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATaaaa < 2:394827/141‑1 (MQ=255) aaaCTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAAc > 2:367492/1‑141 (MQ=255) cTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCACTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAg < 1:616356/141‑1 (MQ=255) tCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGtt < 1:659342/141‑1 (MQ=255) cGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATaaa > 2:672196/1‑132 (MQ=255) cGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATaaa < 1:672196/132‑1 (MQ=255) ggTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAAc < 1:536617/141‑1 (MQ=255) gTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACa > 1:1246/1‑141 (MQ=255) cAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCATGATATACTTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTa > 2:783875/1‑141 (MQ=255) cAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTa < 1:313430/141‑1 (MQ=255) aaaaCAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAAt > 1:72702/1‑141 (MQ=255) aGATTCTCCTCTAGAANTTTTACGAACTGNATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACttt > 1:816641/1‑141 (MQ=255) ttCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAAt < 4:295544/141‑1 (MQ=255) tcctcTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTg < 1:397167/141‑1 (MQ=255) cctcTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGc > 1:855952/1‑141 (MQ=255) ctAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGt < 1:613241/141‑1 (MQ=255) tAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTa < 2:527937/141‑1 (MQ=255) tAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTa > 4:132985/1‑141 (MQ=255) gTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTATTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTGTCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACACTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCt > 4:362262/1‑141 (MQ=255) ttttACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtt < 2:419391/141‑1 (MQ=255) ttttACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtt < 4:236099/141‑1 (MQ=255) tttACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCttt > 2:223261/1‑141 (MQ=255) ttACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtttt < 1:676295/141‑1 (MQ=255) ttACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtttt < 1:144814/141‑1 (MQ=255) ttACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtttt < 1:310355/141‑1 (MQ=255) ttACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCtttt < 1:63752/141‑1 (MQ=255) cGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTGATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTa > 1:234472/1‑141 (MQ=255) aaCTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAAt > 3:31071/1‑141 (MQ=255) cggCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCt < 1:204438/139‑1 (MQ=255) cATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAg < 2:812913/141‑1 (MQ=255) aTCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgt < 1:137591/141‑1 (MQ=255) aTCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgt < 4:122044/141‑1 (MQ=255) tCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgtc < 4:193515/141‑1 (MQ=255) tCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgtc < 2:495717/141‑1 (MQ=255) cGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgtcg < 1:729817/141‑1 (MQ=255) ggCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACAtt > 2:552457/1‑100 (MQ=255) ggCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACAtt < 1:552457/100‑1 (MQ=255) gCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAgtcgtc < 3:364495/141‑1 (MQ=255) cTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTa > 1:341872/1‑141 (MQ=255) ttttGCACTTGTTGTTTTTAAGATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATGAATACTTTAATTTGCGGTAATTCTTTTTTACTCTGAGCCGCCGCTTCTac < 2:782496/141‑1 (MQ=255) ttttGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTATTCTGAGTCGTCGCTTCtcc > 1:509673/1‑139 (MQ=255) ttgttTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGt < 2:137227/141‑1 (MQ=255) gttTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCa > 2:748384/1‑141 (MQ=255) ttttAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATc > 3:63651/1‑141 (MQ=255) ttttAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATc < 2:511204/141‑1 (MQ=255) ttttAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATc > 1:597302/1‑141 (MQ=255) aaaTGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATaa > 1:117477/1‑141 (MQ=255) aaaTGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATaa > 1:360114/1‑141 (MQ=255) tttttttATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTTGTTAACATTAATACTTTATTTTGTGGTATATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTa > 2:603168/7‑141 (MQ=255) tGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTa > 2:167619/1‑141 (MQ=255) gTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTaa < 1:849943/141‑1 (MQ=255) tctttATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATCCCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTGACATTAATACTTTAATTTGTGTTAAATCTTTTTTAATCTGAGACGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAACTaaa > 4:304691/5‑141 (MQ=255) aaCTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAAt > 2:729157/1‑141 (MQ=255) aaCTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAAt < 2:638915/141‑1 (MQ=255) aaCTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAAt > 2:484839/1‑141 (MQ=255) cTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATcc < 2:499776/141‑1 (MQ=255) cTAGCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATcc < 2:146820/141‑1 (MQ=255) tCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTACATCCatt < 1:684541/141‑1 (MQ=255) tCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCatt < 1:668537/141‑1 (MQ=255) acacCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCGTCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaaa < 2:141001/141‑1 (MQ=255) cacCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaaaa > 1:377172/1‑141 (MQ=255) cacCTGCATCTAATGCACGATATACATCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaaaa > 4:236125/1‑141 (MQ=255) ccTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaaaatt > 2:37581/1‑141 (MQ=255) cTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCattaaaatta > 2:283803/1‑141 (MQ=255) gCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTCAATCTGAgtcgt > 4:238682/1‑92 (MQ=255) gCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTCAATCTGAgtcgt < 3:238682/92‑1 (MQ=255) cATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAAt < 3:368047/141‑1 (MQ=255) tCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCt > 2:62167/1‑141 (MQ=255) aTGCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCt < 2:447797/141‑1 (MQ=255) gCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTc > 3:193943/1‑141 (MQ=255) gCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTc < 2:395375/141‑1 (MQ=255) gCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTc > 1:795600/1‑141 (MQ=255) gCACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCAATTAAAATTAAATCTGGCTTc > 1:353875/1‑141 (MQ=255) cACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTa < 2:545742/71‑1 (MQ=255) cACGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTa > 1:545742/1‑71 (MQ=255) cGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAAc > 2:617522/1‑141 (MQ=255) cGATATACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAAc < 4:352227/141‑1 (MQ=255) atatACCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTCATTTGCGGTAAATCTTTTTTCATCTGCGTCCTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTc < 1:732079/141‑1 (MQ=255) tataCCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCa < 2:540137/141‑1 (MQ=255) tataCCTCTTTATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCa < 1:581880/141‑1 (MQ=255) tctttatctttaATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCt < 3:237878/141‑1 (MQ=255) tttATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCttt < 4:48200/141‑1 (MQ=255) tttATCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCttt > 1:131867/1‑141 (MQ=255) aTCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGGc < 2:72702/141‑1 (MQ=255) aTCTTTAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGGc > 1:693138/1‑141 (MQ=255) | ACTAAAACTTCCGGTTCAAAAACAGATTCTCCTCTAGAAGTTTTACGAACTGCATCGGCGATATCTTTTGCACTTGTTGTTTTTAAAATGTAACTATCGACACCTGCATCTAATGCACGATATACCTCTTTATCTTCAATAAAACTAGTTAACATTAATACTTTAATTTGCGGTAAATCTTTTTTAATCTGAGTCGTCGCTTCTACACCATCCATGTCATCCATAAGTAAATCCATTAAAATTAAATCTGGCTTCAACTCATGGGCTTTGGC > USA300TCH1516_ALE/2026519‑2026790 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |