| Predicted mutation | ||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 367,644 | G→T | intergenic (‑96/‑62) | nanA ← / → bglK | N‑acetylneuraminate lyase/Beta‑glucoside kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 367,644 | 0 | G | T | 99.1% | 394.8 / ‑4.0 | 111 | intergenic (‑96/‑62) | nanA/bglK | N‑acetylneuraminate lyase/Beta‑glucoside kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (56/54); total (56/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.95e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 112 total aligned reads displayed.
ACGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTAGTCATATTTATGTATAATTAATGAAAATGTTTTTCAAAATCAATAGAAATGGAGTGAGTAAGGTGTATTACATCGCAATCGATATTGGAGGCACTCAAATTAAATCGGCAGTTATTGATAAGCAATTGAATATGTTTGACT > USA300TCH1516_ALE/367508‑367784 | aCGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCat > 2:140171/1‑141 (MQ=255)aCGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCat > 4:346194/1‑141 (MQ=255)aCGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACCCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCat > 2:776480/1‑141 (MQ=255) cGAGTAACGCTGCATATAAACCTTTTAAATCTTTGTTCATTATGAAGTCCCTCCAAAAATCATTTGATAATATAGTTTACAGCTATAATTGTAAACGCTATCATAAAATGTAACAATATCTTTTTGAAAATTGTATTCata < 3:36936/141‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |