| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 31 (1.070) | 17 (0.900) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAAAAAAC |
16/170 | NT | 44.8% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 517814 | 33 (1.140) | intergenic (+5882/‑881) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase | |||||
AATGTATAAATTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACGAGAAAAGAGCG > USA300TCH1516_ALE/517676‑517953 | aaTGTATAAATTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCcaa > 1:462738/1‑141 (MQ=17) tataAATTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCaaaaact > 1:30223/1‑139 (MQ=17) atcaCATTCATAGGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATg < 1:138724/138‑1 (MQ=17) aTTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatc > 1:12105‑M2/1‑130 (MQ=255) aCATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGa > 1:619772/1‑141 (MQ=32) aTTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATg < 1:525961/141‑1 (MQ=32) atGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggtt > 1:599155‑M2/1‑119 (MQ=255) cTGGTGACTATAGACAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAACTGGATGCGATGAGCCGCATTg < 1:214615/141‑1 (MQ=12) gTGACTATAGCAAGGAGGTCGCACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTgaga > 1:409550/1‑141 (MQ=17) tGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaata > 1:583430‑M2/1‑111 (MQ=255) gACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataa < 1:275172‑M2/141‑32 (MQ=255) cTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGGTGCGATGAGCCGCATTGAGACCga > 1:61117/1‑140 (MQ=17) cTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGc < 1:432047/141‑1 (MQ=32) cAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGtc < 1:279255/141‑1 (MQ=32) aggaggTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGCTGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCGAGAGTGGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGtctc > 1:26193/1‑141 (MQ=12) aggaggTCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAATCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaag > 1:347997‑M2/1‑100 (MQ=255) aggTCCGACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCttt < 1:503412/141‑1 (MQ=17) gggCACACCTGTTCCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataa > 1:575584‑M2/1‑96 (MQ=255) ggTCACACCTGTTTCTATGCCGAACACAGAAGTTAAGATCATTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCtttttt < 1:474677/141‑1 (MQ=255) tCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCtttttt > 1:306245/1‑141 (MQ=32) cTGTTTCCATGCCGACCACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTc < 1:134145/141‑1 (MQ=21) cTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTc < 1:134143/141‑1 (MQ=35) tCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTaaaa < 1:254256/141‑1 (MQ=33) aTGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgactt > 1:33004‑M2/1‑80 (MQ=255) tGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCAGCACGAGCAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTc < 1:321063/141‑1 (MQ=255) cGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCGGCCTTAAGACCGCTAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCaaa > 1:289936/1‑141 (MQ=255) caaCACAGAAGTTAAGCTCCTGAAGATCGAAGGTAGGCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGAGGCCATGAGACGCATTGATACCGCAAGGTATCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCaaaa < 1:254911/140‑1 (MQ=11) aaCACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgt < 1:582511‑M2/141‑68 (MQ=255) cacaGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttg > 1:177414‑M2/1‑72 (MQ=255) aaGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTGTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTGAAAAGAAAAAGCAAaca > 1:588979/1‑141 (MQ=16) gCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtata < 1:54911‑M2/141‑82 (MQ=255) gCTCATTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAATGTTGCCATGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaaaaaaaaaaaaaaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtata > 1:496139‑M2/1‑60 (MQ=255) cTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACaa < 1:249346/141‑1 (MQ=33) cTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataatta > 1:529056‑M2/1‑56 (MQ=255) cTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGa > 1:87737/1‑141 (MQ=33) ttAGCCTCGATTGTAATCGAACTTAAGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttcatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaa > 1:305168‑M2/1‑55 (MQ=255) tAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaat > 1:412490‑M2/1‑54 (MQ=255) aTGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCtt > 1:667235/1‑141 (MQ=33) ggTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAGCACGACGAAAAATGCCTTgg > 1:464445/1‑141 (MQ=255) gTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtctaattaattcttgtcggta < 1:86040‑M2/141‑99 (MQ=255) aGTCGAACCTACGTGCAGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaag > 1:7508‑M2/1‑41 (MQ=255) gTCGAACTTACGTTCCGCTGGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAAAGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAACGCAAACACAAAGAAAAATGGCCAGGCGaa > 1:531606/1‑141 (MQ=11) gTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAGATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGaa > 1:295772/1‑141 (MQ=18) aCTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGaa > 1:375906/1‑141 (MQ=33) aCTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGACGCGATGAGCCGCAATGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAACGCAAACACAAAGAAAAATCGCTAGGCGAAGTGaa > 1:409202/1‑141 (MQ=11) aCGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaagaaaaatgaac > 1:369152‑M2/1‑31 (MQ=255) aCGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACg > 1:136734/1‑141 (MQ=33) ttCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaagaaaaatgaacatt > 1:516704‑M2/1‑28 (MQ=255) agTAGAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaagaaaaatgaacattgaaaactga < 1:392237‑M2/141‑123 (MQ=255) gAACGTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaagaaaaatgaacattgaaaactgaatga < 1:590297‑M2/141‑127 (MQ=255) gAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGAGCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGACGAAGTGACAACGTTTGAATCTGACGaaa > 1:148536/1‑141 (MQ=16) aCGTGGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGCCCGCAAGGTCGCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGTAACg < 1:456078/141‑1 (MQ=255) cGTTGCAAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaatgcttgtcggtaagaaaaatgaacattgaaaactgaatgacaa > 1:296504‑M2/1‑12 (MQ=255) gTTGCCAGGCAgttttttaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaagaaaaatgaacattgaaaactgaatgacaat < 1:162764‑M2/141‑131 (MQ=255) gTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGacgagacgag > 1:87796/1‑141 (MQ=18) gTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCCCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTAAAACCGTTTGAATCTGACGAAACgag > 1:441487/1‑141 (MQ=255) gCCAGGCAgttttgtaatcaaattttggttaaaaaataaaatggacaagataaaaaaagttattgacttaaatgttgataaaatgtataattaattcttgtcggtaagaaaaatgaacattgaaaactgaatgacaatatg > 1:179308‑M2/1‑8 (MQ=255) cAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACGAGAAAag > 1:282024/1‑141 (MQ=33) aGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACGAGAAAaga < 1:579485/141‑1 (MQ=33) cAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGTTTTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACGAGAAAAGAgcg < 1:624895/141‑1 (MQ=25) | AATGTATAAATTACATTCATATGTCTGGTGACTATAGCAAGGAGGTCACACCTGTTTCCATGCCGAACACAGAAGTTAAGCTCCTTAGCGTCGATGGTAGTCGAACTTACGTTCCGCTAGAGTAGAACGTTGCCAGGCAAAAAATGGATGCGATGAGCCGCATTGAGACCGCAAGGTCTCTTTTTTTATGTCTAAAACGTCAAAATAAAAAGCAAACACAAAGAAAAATGGCTTGGCGAAGTGAAAACGTTTGAATCTGACGAAACGAGAAAAGAGCG > USA300TCH1516_ALE/517676‑517953 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |