| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | G→C | 100% | R7G (CGC→GGC) | phoR ← | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,797,772 | 0 | G | C | 100.0% | 90.1 / NA | 28 | R7G (CGC→GGC) | phoR | Alkaline phosphatase synthesis sensor protein PhoR |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base C (15/13); total (15/13) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
AAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTCT > USA300TCH1516_ALE/1797637‑1797909 | aaataTATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCcgtggt < 1:619824/141‑1 (MQ=255) cTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTtcatc > 1:624352/1‑141 (MQ=255) aTCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCCAATAAGACAGATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATACTTAAGATCCTGCTTTTCAATATCGTTATGCCGTGGTGAAACTTGTTCGTTGt > 1:193617/1‑141 (MQ=255) tCTGTTGCTAGAGCATGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAACATACTGCTTATCAATAACATTAAGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGtt > 1:352527/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) aaGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATTTACAAttt > 1:387817/1‑140 (MQ=255) aGCCGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTGCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAGGGTGTGGCTTTTTAGGATTGCCCTCTAATTTATCTCTTAACTGACTGATATTTACATGAAGAGTTCt > 1:255923/1‑141 (MQ=255) | AAATATATGATCTTGCATCTGTTGCTAGAGCTTGTTCGTGTTTTTCTGATAAAACATATGTGATGGAAGCGTGAATAATAATGCCTAATGTAACAAAACTGATAATTAATATACTGCTTATCAATAACATTAAGCGGTGGTGAAACTTCATCATTGTTCTTTAGGTCTTTCCAATTTATAGCCTAAGCCACGCACAGTTTTAATAAGTTGTGGCTTCTTAGGATTATCTTCTAATTTATCTCTTAAATGACTGATATGTACATCAACAATTCT > USA300TCH1516_ALE/1797637‑1797909 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |