Predicted mutation
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RA	USA300TCH1516_ALE	512,643	A→G	46.9%	intergenic (+711/‑6052)	recR → / → speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

Read alignment evidence...
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*	USA300TCH1516_ALE	512,643	0	A	G	46.9%	9.5 / 85.6	64	intergenic (+711/‑6052)	recR/speA_2	Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (18/16);  new base G (18/12);  total (36/28)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.20e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.73e-01

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Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑