New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
* | ? | USA300TCH1516_ALE | 48947 = | 92 (1.020) | 5 (0.060) | 4/258 | 13.5 | 5.6% | intergenic (‑56/+178) | hin_2/USA300HOU_RS00205 | DNA‑invertase hin/hypothetical protein |
? | USA300TCH1516_ALE | 48972 = | 82 (0.980) | intergenic (‑81/+153) | hin_2/USA300HOU_RS00205 | DNA‑invertase hin/hypothetical protein | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
ATTGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTATCTTCAATACGTCGATTA > USA300TCH1516_ALE/48809‑49087 | aTTGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCATATGCCTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGcc < 3:277895/141‑1 (MQ=255) gCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAAGTGATATATAAGCCCaa < 2:461697/141‑1 (MQ=255) cTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAAc < 3:287038/141‑1 (MQ=255) ttCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACa > 2:658633/1‑141 (MQ=255) aGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATg < 3:289733/141‑1 (MQ=255) aGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATg < 2:221967/141‑1 (MQ=255) gCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTTTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATga < 1:319627/141‑1 (MQ=255) cTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATgag > 2:208097/1‑141 (MQ=255) cTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATgag > 1:445993/1‑141 (MQ=255) cTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATgag > 2:632399/1‑141 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1:379221/1‑141 (MQ=255) tCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTg < 1:285680/141‑1 (MQ=255) gtgCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGc > 2:58793/1‑141 (MQ=255) ggctgcAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCg < 3:198046/140‑1 (MQ=255) ctgcAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTc > 1:583530/1‑141 (MQ=255) aaGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCata > 2:97927/1‑141 (MQ=255) agagATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCatat < 2:135811/141‑1 (MQ=255) agagATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCatat < 4:387/141‑1 (MQ=255) agagATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATAGTTATGGGTGAATGGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCatat > 1:306765/1‑141 (MQ=255) gagaTTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATAtt > 2:491980/1‑141 (MQ=255) gagaTTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATAtt > 2:150969/1‑141 (MQ=255) gagaTTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCATATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATAGATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATAtt > 2:390948/1‑141 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3:163255/1‑141 (MQ=255) cATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCGCCTCCGTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCAtttgtttg < 1:99124/141‑1 (MQ=255) aTCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTttga > 1:418544/1‑141 (MQ=255) tCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTttgat < 2:527721/141‑1 (MQ=255) tCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTttgat < 2:128203/141‑1 (MQ=255) cGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTttgatt > 1:152784/1‑141 (MQ=255) cGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTttgatt > 1:325971/1‑141 (MQ=255) cGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTttgatt < 1:387078/141‑1 (MQ=255) gTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTttgattg < 2:38783/141‑1 (MQ=255) aCTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTtgattgat > 4:78984/1‑141 (MQ=255) aCTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTtgattgat > 3:178457/1‑141 (MQ=255) aCTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTtgattgat > 1:493431/1‑141 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(MQ=255) gATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCAc > 1:66529/1‑141 (MQ=255) taataTATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTc < 1:139661/141‑1 (MQ=255) atatTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGTTTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTAt > 2:165695/1‑141 (MQ=255) tatTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTAtt < 2:255750/141‑1 (MQ=255) atTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTAttt > 1:363694/1‑141 (MQ=255) atTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTAttt > 2:536989/1‑141 (MQ=255) tttATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTg < 3:103561/141‑1 (MQ=255) tttATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTg > 1:595534/1‑141 (MQ=255) ttATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGt < 2:607664/141‑1 (MQ=255) aTGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTc > 3:35202/1‑141 (MQ=255) gATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTAt < 3:44506/141‑1 (MQ=255) tatataAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTATCTTCAATACg < 2:152784/141‑1 (MQ=255) atataAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTATCTTCAATACGt > 1:67607/1‑141 (MQ=255) aaGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTATCTTCAATACGTCGat < 2:303731/141‑1 (MQ=255) gCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTATCTTCAATACGTCGatta < 2:482611/141‑1 (MQ=255) | ATTGCTTCGATAGCTTGTTTCTGTGCTGCAAGAGATTGTTGTTTCATCGTACTTTGACGTAAATAGCCTATGACTTGTTTCATATCGGCTCCTCCTTTCACAGTGATAATATATATTTATGGATGAATTGATATATAAGCCCAACATCAATGAGATGTTGGGCGTCCATATTAGTCATTTGTTTGATTGATTTCTTCAATTACCAAATCGGCTAATATCTCGATAAGTTCATCCATGTTTTTCACTCCGTTATTTGTTCTATCTTCAATACGTCGATTA > USA300TCH1516_ALE/48809‑49087 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |