| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 55 (1.140) | 32 (0.960) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
27/180 | NT | 45.7% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
GATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998141‑1998418 | gATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaaaa > 2:472739/1‑141 (MQ=38) aaaGTCAGTTGCTCGACCAAGTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGcc < 2:3801/140‑1 (MQ=255) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAAGATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATGTCAAACTGCCTGGCa > 2:452380/1‑141 (MQ=255) tctACCCATTGGGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt < 1:168552/141‑1 (MQ=255) tctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGGATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTATCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt > 1:318283/1‑141 (MQ=255) gAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCgg < 1:223705/141‑1 (MQ=255) gAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGGTCTACTCTAGCgg > 1:471827/1‑141 (MQ=255) ggCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGACCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 2:488113/140‑1 (MQ=255) gcaaGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGATCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa < 1:264667/138‑1 (MQ=255) gCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa < 1:29894/141‑1 (MQ=255) tAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:326216/141‑1 (MQ=255) caGGCCGGGAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGATGGGCTGAAACAGCTGTTGATGGACATGAAAGACAGCTCCTCTCCAAGCTTTATTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 2:395671/140‑1 (MQ=12) aaTATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGa > 1:82726/1‑141 (MQ=255) aaTATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGa > 2:289370/1‑141 (MQ=255) aaTATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGa > 1:42292/1‑141 (MQ=255) atatGTAAGAATAAATGGTGGAGAAAGACGGGTTCGAACCGCCACACCTCATCATGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAc < 1:550156/141‑1 (MQ=17) atGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTa > 2:500906/1‑141 (MQ=255) tGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAc < 1:113468/141‑1 (MQ=255) gTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGCACCCCCGACCCTCTGCTTGTGAGGCAGAAGCTCTCCCACCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGACACCGTTCTCCTCTAGCGGAACGTAAGTTCCACTTcc > 2:427126/1‑141 (MQ=14) gTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTAcc > 1:149635/1‑141 (MQ=255) gTAAGAATAAATGGTGGAGAAAGACGGGTTCGAACAGCCAACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATACTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTAGCAACGTTCTACTCGAGCGGAAAGTAAGTTCGACTAcc > 1:116782/1‑141 (MQ=14) aaaTGGTGGAGAATGACGGCTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGc > 1:307960/1‑141 (MQ=255) tggtggAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTACTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTaa < 1:385101/141‑1 (MQ=255) gagaGTGCCGGGTTCGATCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCGATCCGAGCTAATTCTCCGATTTAAATCTGCCGGTCAACGTTCTACTCTAGCGGAGCGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAATGAGc < 2:171091/141‑1 (MQ=14) tGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAAc < 1:258611/141‑1 (MQ=255) gACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGATCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTCCTCTAGCGTAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACt > 1:109535/1‑141 (MQ=255) gACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGGGCTTAACt > 2:67482/1‑141 (MQ=255) aCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACtt > 2:510738/1‑141 (MQ=255) aCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTATCCCCGCTGAGCTAATTCTCCGATTTCAAACTGCCTGGCAACGTTATACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACtt > 2:468105/1‑141 (MQ=255) gggTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCGTCGACGCTAAGGGGCTTACCTTCt > 1:285076/1‑141 (MQ=255) gggTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCt > 1:176675/1‑141 (MQ=255) gggTTCGAACCGCCGACCCCCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTTGCGGAAGGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCt < 2:363935/141‑1 (MQ=255) gtgtCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtg < 2:405871/138‑1 (MQ=255) tCGTACCGCCCACCCTCTGCTGGCTAGGCTCATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 2:438055/141‑1 (MQ=14) cGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGtt > 1:119231/1‑141 (MQ=255) aCCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAAATGCTCTCCCAGCTGAGCTATTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGGTCTACGCTAGCTGAACGTAAGTTGGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCgg < 2:468419/141‑1 (MQ=14) ccgccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGc < 2:559641/141‑1 (MQ=255) ccgccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGc > 1:447792/1‑141 (MQ=255) ccgACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCCCACCCAGCTGACCTAATTCTCCGATGTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGGAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTGAACTTCTGTGTTCGGCATg > 2:232628/1‑141 (MQ=14) gACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGTCTACCATCGACGCTAAGGTGCTTATCTTCCGTGTTCGGCATggg < 1:306950/141‑1 (MQ=255) gACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCGCTCCCAGCTTAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 1:213397/141‑1 (MQ=255) ccccTCCGCTTGTAAGGCAGGTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCCTCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGa < 2:538495/140‑1 (MQ=255) cccTCTGCTTGTAAGGCCGATGGTCTCCCAGCTGGGCTTGTTCTTCGATGGTGAGCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGaa < 1:181741/141‑1 (MQ=11) cccTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGaa > 1:550688/1‑141 (MQ=255) ccTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGCCTACCATCGACGCTAAGGGGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAAc > 1:220102/1‑141 (MQ=255) ctctGCTTGTAAGATAGATGCTCCCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACa < 2:508077/141‑1 (MQ=255) tctGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCTCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCAAAAAACAAATAATGGCGTCTACCAGCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGGACAg > 1:266384/1‑141 (MQ=14) ctGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTTCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAgg < 1:472739/141‑1 (MQ=255) ggCAGGTTCTCGCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAATCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcc < 2:36955/141‑1 (MQ=255) gCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTTCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctcct > 2:280227/1‑141 (MQ=255) cAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACAGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCtt > 1:401387/1‑141 (MQ=255) agagGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCtt < 2:274086/140‑1 (MQ=255) aGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAGCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCtt > 1:274098/1‑140 (MQ=255) aGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAGCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCtt < 2:274098/140‑1 (MQ=255) aGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCtt > 1:274086/1‑140 (MQ=255) aTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAGTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTCAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACATCCTTGCt < 2:415060/141‑1 (MQ=255) aTGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCt > 1:398611/1‑141 (MQ=255) tGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCta < 2:307960/141‑1 (MQ=255) tGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCta > 2:116911/1‑141 (MQ=255) ccAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTCACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTccc > 2:44173/1‑139 (MQ=255) tGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATCGTCACCAGAc > 1:537475/1‑141 (MQ=255) gCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACata > 1:389908/1‑141 (MQ=255) tAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATg > 1:451588/1‑141 (MQ=255) tAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGGGACCTCCGCGCTATAGTCACCAGACATCTg > 2:89491/1‑141 (MQ=255) aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGa > 1:480914/1‑141 (MQ=255) ttCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAt < 2:149635/141‑1 (MQ=255) atccccGTTTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCCAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAAt < 2:116782/137‑1 (MQ=255) tttAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTta < 1:500906/141‑1 (MQ=35) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATGGGCCCCAGACGTATGAATGTAATTTATAc > 1:476622/1‑141 (MQ=255) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc > 1:161090/1‑141 (MQ=33) | GATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAC > USA300TCH1516_ALE/1998141‑1998418 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |