| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 638,614 | G→T | 100% | T14K (ACA→AAA) | pdxK ← | Pyridoxine kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 638,614 | 0 | G | T | 100.0% | 175.3 / ‑6.5 | 55 | T14K (ACA→AAA) | pdxK | Pyridoxine kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/1); new base T (34/20); total (34/21) | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
ATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAAT > USA300TCH1516_ALE/638478‑638750 | aTCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTc > 2:297643/1‑141 (MQ=255) ccATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAg < 1:452880/141‑1 (MQ=255) tGGTAATTGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAAcc < 2:43640/141‑1 (MQ=255) ggTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCg > 1:86693/1‑141 (MQ=255) ggTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGAATCCCACTTCCAGCACTTTTGTCAGAACCg < 1:558027/141‑1 (MQ=255) tcaTGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATGCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGc < 2:473350/139‑1 (MQ=255) taactttgtAACATCGTGTGACCATGTATCTTGATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTTGAACACTTACAAAACTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGc < 1:245871/135‑1 (MQ=255) tAATGGTGTACCCTCGTGGGACCATCTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGc < 2:417544/141‑1 (MQ=255) tAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTCCCACCCTAATAACGATGTCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGc < 1:433235/141‑1 (MQ=255) aTGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGACGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCaa < 1:450000/141‑1 (MQ=255) tGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCact > 2:249056/1‑139 (MQ=255) gtAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCCTGCCATACGTATCTAAATCTTGGAACGTTTACAAATCTCCTTGCATACCTGCCCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGAAATtttt > 2:155244/1‑141 (MQ=255) aaCATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTaa > 1:531569/1‑141 (MQ=255) aCATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTaaa < 1:481498/141‑1 (MQ=255) gtgACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActttct > 1:179282/1‑141 (MQ=255) tgACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActttctt < 1:273592/141‑1 (MQ=255) gACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActttcttt > 2:143008/1‑141 (MQ=255) gACCAAGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGATAAAGAGACCACACCATACGTATCTACTTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAActttcttt > 2:201650/1‑141 (MQ=255) aCCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTa > 1:430743/1‑141 (MQ=255) gTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAGAGCCATTGGGCTTCACTcc > 2:42157/1‑141 (MQ=255) aCGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTATTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTAc < 1:435529/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) cAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCACTGAGCTTCACTCCTACataataa > 2:266007/1‑141 (MQ=255) ttAGAGCGACCAGGCCAGACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAagat < 2:188957/141‑1 (MQ=255) aaaGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTg > 2:552583/1‑141 (MQ=255) ccATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATTTTGTATtcat > 1:24118/1‑141 (MQ=255) gCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTAAGCTCCACTCCTACATAATAATATTGTATTAatccta > 2:355068/1‑141 (MQ=255) cATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCatcatatc < 1:525910/141‑1 (MQ=255) cGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAATGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAttt > 2:367083/1‑141 (MQ=255) cGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCAttt > 2:229640/1‑141 (MQ=255) tAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAAcc > 2:80177/1‑141 (MQ=255) tCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTACACGCCGACATAATAATATTATATTCATCATATCATTTTTAACCTAAt > 1:433372/1‑141 (MQ=255) tCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTCCACAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAAt > 1:245567/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) gTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAata > 1:195344/1‑141 (MQ=255) ttttCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAatat > 2:349970/1‑141 (MQ=255) tCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTaa > 1:367887/1‑141 (MQ=255) ttGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATAATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTc < 2:165980/140‑1 (MQ=255) cTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTc < 1:228658/141‑1 (MQ=255) ttACCTGCGCCAGCCCTTTTGTCAGAACCGCCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAACCTATTGAGCTTCACTCCTACACAATCATAATGTATTGATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTCACCAGGCAAGATTtg < 2:259958/140‑1 (MQ=255) gcgcCAGCAATTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAGCTTTCTTTGAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATTTTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGAtt > 2:110653/1‑141 (MQ=255) aGCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATCATTGTTGa > 1:18816/1‑141 (MQ=255) gCACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCAGTCAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGaa > 1:438181/1‑141 (MQ=255) cACTTTTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGaaa > 2:509193/1‑141 (MQ=255) aCTTTTGTCAGAACCGGCCATTGTAAGCCCTTTCGGTGCCGGCAATGACCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTATTTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAAt < 1:489359/141‑1 (MQ=255) | ATCCATTGGTAATGGTGTAACATCGTGTGACCATGTATCTTTATCCATAGTAACGATGGCAGTTAAAGCGACCATGCCATACGTATCTAATTCTTGGAACGTTTTCAAATCTGCTTGCATACCTGCGCCAGCACTTGTGTCAGAACCGGCAATTGTTAAAACTTTCTTTAAAGCCATTGAGCTTCACTCCTACATAATAATATTGTATTCATCATATCATTTTTAACCTAATTGAAAAATATTAAGCATTCAATATTTGATGATTGTTGAAAT > USA300TCH1516_ALE/638478‑638750 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |