Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 941,138 | G→A | 7.9% | Q298* (CAG→TAG) | ptlE ← | Neopentalenolactone D synthase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 941,138 | 0 | G | A | 7.9% | 182.8 / 4.8 | 64 | Q298* (CAG→TAG) | ptlE | Neopentalenolactone D synthase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (30/28); new base A (3/2); total (33/31) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.57e-01 |
AGATTTGGTATCCATTCTAATTTTTCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGTTTTTTAAGGCGTAAGTACAGTTCGTGAGGCATTGATCCTTT > USA300TCH1516_ALE/940999‑941276 | aGATTTGGTATCCATTCTAATTTTTCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGt < 1:259897/141‑1 (MQ=255) aTTTGGTATCCATTCTAATTTTTTTTATTTAACAGGGTAATAACATTATTTGATAGGTGCATCGTAGTTTTGTATTAATTGCATAATAAGTGGGTGTGTCATAAAATCTTGTTCAAGACCAGTTGCAAGGATAATCTAttt > 2:256069/1‑140 (MQ=255) tttGGTATCCATTCTAATTTTTCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGa < 2:70612/141‑1 (MQ=255) ttGGTATCCATTCTAATTTTTCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGat < 2:216051/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) aTCCATTCTAATTTTTCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGa < 2:249213/141‑1 (MQ=255) ccATTCTAATTTTTCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAAc < 1:428524/141‑1 (MQ=255) aTTCTAATTTTTCTGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAg < 2:224635/141‑1 (MQ=255) tCTAATTTTTCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGTTATGGAACAGaa > 1:473583/1‑141 (MQ=255) aTTTTTCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCAt < 1:423673/141‑1 (MQ=255) aTTTTTCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAAAAGAATCAt > 1:42196/1‑141 (MQ=255) tttCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTATTGATATGGAACAGAATCAtttt > 2:461855/1‑141 (MQ=255) tttCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTATTGATATGGAACAGAATCAtttt > 2:390381/1‑141 (MQ=255) aaaTAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAgtgt < 2:537125/141‑1 (MQ=255) aaaTAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAgtgt < 2:559832/141‑1 (MQ=255) aaaCAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTaa < 1:49091/140‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) ttGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATGTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGa < 2:439272/141‑1 (MQ=255) ttGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGa < 2:159636/141‑1 (MQ=255) ttGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACCAGTTTGa > 1:490028/1‑141 (MQ=255) tAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGa > 2:284325/1‑141 (MQ=255) tAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGa > 2:425053/1‑141 (MQ=255) tAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTCGAGTGa > 2:553303/1‑141 (MQ=255) ggTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATa < 2:88672/141‑1 (MQ=255) tGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGGTAgg > 1:127954/1‑141 (MQ=255) atcatAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTATTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGgtgt < 1:461855/141‑1 (MQ=255) atcatAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTATTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGgtgt < 1:390381/141‑1 (MQ=255) aTTGTGTGTTAATTGCCTACTAAGGTGGTGGGTCATAAAATCTTGTTCCAGACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACATAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATg < 1:207987/141‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAAAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTAAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTCTTaa > 2:105392/1‑141 (MQ=255) gTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAatat < 2:495506/141‑1 (MQ=255) gTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAatat < 2:538376/141‑1 (MQ=255) gACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGtttt > 1:209396/1‑141 (MQ=255) caaaaaaTCTTGTGCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGtttttt < 2:325010/138‑1 (MQ=255) cATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGtttttt > 2:427497/1‑141 (MQ=255) aaTCTTTTTCACAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACATAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGTTTTTTAAGGc < 2:151466/141‑1 (MQ=255) aTCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGTTTTTTAAGGCg < 1:302354/141‑1 (MQ=255) tGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGTTTTTTAAGGCGTAAg > 1:516417/1‑141 (MQ=255) aaaCCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGTTTTTTAAGGCGTAAGTACAGt > 2:287431/1‑141 (MQ=255) aaaCCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGTTTTTTAAGGCGTAAGTACAGt > 1:513947/1‑141 (MQ=255) 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(MQ=255) actacaaTCTCTTCATATGGAATATAAGCATTTTCAGTGTTAATTACACCAACACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGTTTTTTAAGGCGTAAGTACAGTTCGTGAGGCAtt < 1:539862/136‑1 (MQ=255) aCCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCCCATTTATACGACCATTTTTAATATGTTTTTTAAGCCGTAAGTACAGTTCGTGAGGCAtt < 1:410588/141‑1 (MQ=255) cTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGTTTTTTAAGGCGTAAGTACAGTTCGTGAGGCATTGATCCttt > 1:398237/1‑141 (MQ=255) | AGATTTGGTATCCATTCTAATTTTTCGGAAATAACAGGGTAATTACATTCGTTGATAGGTGCATCATAATTTTGTATTAATTGCTTAATAAGTGGTTGTGACATAAAATCTTGTTCAAAACCAGTTGCAACCATAATCTGTTGATATGGAACAGAATCATTTTCAGTGTTAATTACACCACCACTAATTTGAGTGATAGGTGTTTTATGCACATTTATACGACCATTTTTAATATGTTTTTTAAGGCGTAAGTACAGTTCGTGAGGCATTGATCCTTT > USA300TCH1516_ALE/940999‑941276 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |