Predicted mutation | |||||||
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evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
RA | USA300TCH1516_ALE | 1,123,169 | T→C | 6.6% | R96R (CGT→CGC) | cfiB_1 → | 2‑oxoglutarate carboxylase small subunit |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | USA300TCH1516_ALE | 1,123,169 | 0 | T | C | 6.6% | 160.5 / 3.8 | 61 | R96R (CGT→CGC) | cfiB_1 | 2‑oxoglutarate carboxylase small subunit |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (27/30); new base C (2/2); total (29/32) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.66e-01 |
TATTTAGTTGGAAGTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTGGTACAGACGGTCCAATTAAA > USA300TCH1516_ALE/1123032‑1123307 | tATTTAGTTGGAAGTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGcgtcgt > 1:235397/1‑141 (MQ=255) ttATTTGGAAGTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTtgt < 2:56055/141‑1 (MQ=255) aGTTGGAAGTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGc > 1:224029/1‑141 (MQ=255) aGTTGGAAGTGATTCAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGc > 2:381612/1‑141 (MQ=255) gTTGGAAGTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCa < 1:359299/141‑1 (MQ=255) aaGTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCagaaga < 2:315796/141‑1 (MQ=255) aaGTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGAGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCagaaga < 1:103738/141‑1 (MQ=255) gTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGaagaag > 2:192604/1‑141 (MQ=255) gTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGCCGTTGTGCAGaagaag > 2:197498/1‑141 (MQ=255) gTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGCCGTTGTGCAGaagaag > 2:197482/1‑141 (MQ=255) aTTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGaa < 1:530345/141‑1 (MQ=255) aTTTAGGTACTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGaa > 1:219866/1‑141 (MQ=255) ttAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAAtt < 1:418037/141‑1 (MQ=255) ggTCCTGCTGAAAGTGATTTGAATATTGAGCGGATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTaaa < 2:66080/141‑1 (MQ=255) tgctgAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTAt > 1:470835/1‑141 (MQ=255) ctgAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATAATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTg > 2:256888/1‑141 (MQ=255) gAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGt > 1:112670/1‑141 (MQ=255) gAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAAGGAACAATTTGCGCGTCGTTGTTCAGAAGCAGGAATTAAATTTATTGGt > 2:290967/1‑141 (MQ=255) gTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGACGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTc > 1:159283/1‑141 (MQ=255) aTTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCAtt > 1:11586/1‑141 (MQ=255) aTTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCAtt < 2:239706/141‑1 (MQ=255) tttAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCAttt < 2:372400/141‑1 (MQ=255) gtcaaaGATTGGTCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCAttt < 2:137946/138‑1 (MQ=255) tAAATCGTGAGCGTATCATTGATTTACCAATACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAg < 1:126072/141‑1 (MQ=255) aatcgtGAGCTTATTATTGATGTTGCAAAGCACGGGAATTTGGATGGGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACATTCTGCGCGTCGTTGTGCAGAAAAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTTGaa < 2:14263/136‑1 (MQ=255) aaTCTTGAGTGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCCTCTTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGaa < 2:206360/141‑1 (MQ=255) aaTATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGaa > 1:4801/1‑141 (MQ=255) tGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACAttt > 1:480633/1‑141 (MQ=255) ggTATCATTGCTGTAGCAAACCAAGTGAATGTGGATGCGATTGATTGTGGCTATGGATTTTTAAGTTAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTGCTCATTTAGCACATTTAGat < 2:244900/140‑1 (MQ=255) cGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGat < 1:192604/141‑1 (MQ=255) cGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGCCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGat < 1:197482/141‑1 (MQ=255) cGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGCCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGat < 1:197498/141‑1 (MQ=255) tCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGt > 2:177557/1‑141 (MQ=255) cATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATGAAATTTATTGGTCCTCATTTTGAACATTAAGATATGtt > 2:461914/1‑141 (MQ=255) gTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGAt < 2:178828/141‑1 (MQ=255) gCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGGACATTTAGATATGTTGGGAGATaaa > 1:61112/1‑141 (MQ=255) aaaaCAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGt < 2:297222/141‑1 (MQ=255) aCAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTaa > 2:209763/1‑141 (MQ=255) aaGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAg > 1:438638/1‑141 (MQ=255) aTGTGGATGCGATTGATCCTGGCTATGGAGTTTTAAGAGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAGTTTATTGGTCCTCACTTAGTACATTTAGAAAAAATAGGAGATAAAGTCAAAGCTCGTa > 2:419621/1‑141 (MQ=255) ggATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAAc < 2:52028/141‑1 (MQ=255) ggATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAAc < 1:48295/141‑1 (MQ=255) tGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGCAAACTTAGAGAGGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGc < 2:513311/141‑1 (MQ=255) gCGATTCAGCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGCAGGTAGGAAAGTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCt < 1:554407/141‑1 (MQ=255) cGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTa < 1:354277/141‑1 (MQ=255) gATTCATGCTGGCTATGGACTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATCTAGAACATTGAGATAGGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTAt < 2:473360/141‑1 (MQ=255) aTCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAgg < 2:211181/141‑1 (MQ=255) tCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCAACTGGAGCAGGTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGc < 1:243529/141‑1 (MQ=255) ccTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAATGCa < 1:404483/141‑1 (MQ=255) gCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGAtt > 2:80710/1‑141 (MQ=255) tGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTAcc > 2:464865/1‑141 (MQ=255) tGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGAGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTAcc > 1:387559/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGt > 2:340551/1‑141 (MQ=255) aTTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGt > 2:340420/1‑141 (MQ=255) gTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGAAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTg > 2:107418/1‑141 (MQ=255) aaTGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTGGTACAACTGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTGGTACa > 1:103344/1‑141 (MQ=255) aaattttGGGCGTCTTTGTGAAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTTATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTGGTACAGACgg < 2:477783/137‑1 (MQ=255) ttGCGTGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTGGTACAGACGGTCCaa < 2:224029/141‑1 (MQ=255) ttGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATATATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTGGTACAGACGGGCCaa < 1:381612/141‑1 (MQ=255) tGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTGGTACAGACGGTCCAAt > 1:142673/1‑141 (MQ=255) gcgcGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTGGTACAGACGGTCCAAtt < 2:470835/141‑1 (MQ=255) gcgTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTGGTACAGACGGTCCAATTaa > 1:442677/1‑141 (MQ=255) cgtcgtTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTGGTACAGACGGTCCAATTaaa < 1:80710/141‑1 (MQ=255) | TATTTAGTTGGAAGTGATTTAGGTCCTGCTGAAAGTTATTTAAATATTGAGCGTATCATTGATGTAGCAAAACAAGCGAATGTGGATGCGATTCATCCTGGCTATGGATTTTTAAGTGAAAATGAACAATTTGCGCGTCGTTGTGCAGAAGAAGGAATTAAATTTATTGGTCCTCATTTAGAACATTTAGATATGTTTGGAGATAAAGTTAAAGCTCGTACAACGGCTATCAAGGCAGATTTACCAGTTATTCCTGGTACAGACGGTCCAATTAAA > USA300TCH1516_ALE/1123032‑1123307 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |