| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,284,355 | T→C | 6.5% | D578G (GAT→GGT) | ebh_4 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,284,355 | 0 | T | C | 6.5% | 173.0 / 4.2 | 62 | D578G (GAT→GGT) | ebh_4 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (30/27); new base C (2/2); total (32/30) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.48e-02 | |||||||||||
GCTGTAACCTTTTCTTGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATCTTTGTTCATTTCAACCGCTAC > USA300TCH1516_ALE/2284217‑2284488 | gctgTAACCTTTTCTTGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCt < 1:432376/141‑1 (MQ=255) tgTAACCTTTTCTTGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTc > 1:82728/1‑141 (MQ=255) tgTAACCTTTTCTTGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTc > 2:488237/1‑141 (MQ=255) gTAACCTTTTCTTGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCa > 1:479567/1‑141 (MQ=255) caCCTTTTCTTGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAt‑t < 1:520912/140‑1 (MQ=255) aaCCTTTTCTTGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAt‑t < 1:469658/141‑1 (MQ=255) ccTTTTCTTGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTa < 1:30943/141‑1 (MQ=255) cTTGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAg > 1:401564/1‑141 (MQ=255) tGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTAGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGGTTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATATTCTT‑TTAACATAGtt > 1:221006/1‑140 (MQ=255) gAGCTTTAGTATCTAATTCCGCTGAAGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTAt > 2:542580/1‑141 (MQ=255) gAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTAt < 1:213810/141‑1 (MQ=255) gCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCt > 2:429547/1‑141 (MQ=255) cTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTg < 2:195777/141‑1 (MQ=255) tAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCtt > 1:313803/1‑141 (MQ=255) tAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCACCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCtt < 1:499895/141‑1 (MQ=255) ttATGTAATTAAGCAATTGCTGCTTTATTGTCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCttgt < 2:196444/140‑1 (MQ=255) tATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCttgtt < 1:462938/141‑1 (MQ=255) ttAATTTAGCAATTGCTTCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGTTTGAGATGCACTATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTgttgtt < 2:239795/140‑1 (MQ=255) aGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGttt > 1:122189/1‑141 (MQ=255) gCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCCGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCAACAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTAGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTATGtttt > 2:74816/1‑140 (MQ=255) ttGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGt < 1:12565/141‑1 (MQ=255) ttGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCGTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGt < 1:238566/141‑1 (MQ=255) ctgctTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTAtt > 2:495527/1‑141 (MQ=255) gctTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCt < 2:416721/141‑1 (MQ=255) gATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCaa > 2:265068/1‑141 (MQ=255) aTCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGa < 1:468386/141‑1 (MQ=255) aaTTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTATTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGc > 2:348808/1‑141 (MQ=255) aaTTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGc > 1:434383/1‑141 (MQ=255) aaTGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTGTCTGCGTGTTGTTTAAGTTTTTTGTATTCTGCAATTGATGCtgtt > 2:141990/1‑141 (MQ=255) aTGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCACCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCtgttg > 2:79448/1‑141 (MQ=255) aTGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCACCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCtgttg > 1:179440/1‑141 (MQ=255) gCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTaa > 2:249994/1‑141 (MQ=255) tttGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGAAGTTTTAACTTGATTCGCATCTTCCT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAAt < 2:140286/140‑1 (MQ=255) ttGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATg < 1:252254/141‑1 (MQ=255) tAGTTACTAAACCATCACTATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCGTGTGGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACtattat < 1:467325/141‑1 (MQ=255) atttACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCCTCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATc < 1:531137/139‑1 (MQ=255) aaCCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTtgtg > 1:410426/1‑141 (MQ=255) aaCCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTtgtg > 2:407299/1‑141 (MQ=255) cATCAATTTCCGCGTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGt < 2:22802/141‑1 (MQ=255) cAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTa > 1:352058/1‑141 (MQ=255) tatCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGGTAATTTACtt > 2:201063/1‑141 (MQ=255) tCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACttgt > 2:560482/1‑141 (MQ=255) ccGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACttgtt > 1:239413/1‑141 (MQ=255) gCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACttgttgt > 1:251563/1‑141 (MQ=255) gCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTTATGCTGATGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGGTTATTTGTTGTGGCAACGCa > 1:530975/1‑141 (MQ=255) gCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCa < 2:307827/141‑1 (MQ=255) gCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCACCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCa < 2:179440/141‑1 (MQ=255) gCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCACCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTCTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCa < 1:79448/141‑1 (MQ=255) aCGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCAGCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATc < 2:466275/141‑1 (MQ=255) cGATTTCCAGGTTTAACATGATTCTCATTTTCAT‑TTAAAATAGTATCTTCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTCCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATcg < 2:97442/141‑2 (MQ=255) gATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATCtt > 2:439973/1‑141 (MQ=255) aTTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATCttt < 2:479567/141‑1 (MQ=255) ttGCATTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGAAACGCATCTTTGt < 2:51404/141‑1 (MQ=255) gCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCGT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATCTTTGTTc > 2:337288/1‑141 (MQ=255) gCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTTTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCAACTTTGttt > 2:106005/1‑140 (MQ=255) gCAGTTTTAACATGATTCGCATCATCAT‑TGAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTTTCAACTTGTGAGTTTCCTTGTTGTTGCACGGCATCTTTTTTc > 1:272432/1‑141 (MQ=255) aGTTTTAACATTGTGTCCTTCTTCCT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGCTTTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTTATGATTATTATCACCTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATCTTTGTTCAt < 2:39502/141‑1 (MQ=255) tttAACATTATTTGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCGGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATCTTTGTTCATTTc < 2:305457/141‑1 (MQ=255) ttAACATGATTCGCATCTTCAT‑ATAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTAATTGTTGTTGCAACGCCTACTTGTTCActtaa > 1:207256/1‑139 (MQ=255) cATGATTCGCATCTTCATATCATTCTAAT‑TCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATCTTTGTTCATTTCAACCg > 1:271748/1‑141 (MQ=255) aTGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATCTTTGTTCATTTCAACCGc < 1:367621/141‑1 (MQ=255) aTTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATCTTTGTTCATTTCAACCGCTAc < 1:226258/141‑1 (MQ=255) | GCTGTAACCTTTTCTTGAGCTTTAGTATCTAATTCAGCAATTGCTGCTTGATTATCAATTAATGCAGCTTGTAATTTAGTTACTAAACCATCAATATCCGCTTGAGATGCACGATTTGCAGTTTTAACATGATTCGCATCTTCAT‑TTAAAATAGTATCTGCTTGTTGTTTAAGTTTATTGTATTCTGCAATTGATGCTGTTGTGTAATGACTATTATCAACTTGTGAGTTTACTTGTTGTTGCAACGCATCTTTGTTCATTTCAACCGCTAC > USA300TCH1516_ALE/2284217‑2284488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |