| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | NA (NA) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
Only 100 of 128 total aligned reads displayed.
CAACCTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCAAA > USA300TCH1516_ALE/1998132‑1998425 | cAACCTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCCCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTaa > 1:203694/1‑148 (MQ=37) tACCGATTACAAGTCACGTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTg < 1:342588/148‑1 (MQ=255) caCTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTATGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTg < 1:33003/147‑1 (MQ=255) cTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAGTTAAAACTGcc > 1:757951/1‑148 (MQ=255) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACg < 1:420925/148‑1 (MQ=255) cctCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGCATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGt > 2:188760/3‑148 (MQ=255) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt > 1:491896/1‑148 (MQ=255) cAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCATGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCt > 1:670574/1‑148 (MQ=255) ctACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTCGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCCCAGTTTATTCGCCGATTTAAAACTGCCTGGCACCGTCCTACTCTAGc > 1:766073/1‑148 (MQ=17) tcAATTGTGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 1:118689/147‑1 (MQ=255) gcAATTGAGCTTGGCCGGCAATGGGTAAGAATGAATGGTGGGGAATGACGGGTTGGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTTTCCCAGCTGAGCTAATTCTCGGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTGCTCTAGCTGa < 2:183531/147‑1 (MQ=17) ccAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCTGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 1:481686/148‑1 (MQ=255) ccAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 1:985606/148‑1 (MQ=255) ccAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 1:453000/148‑1 (MQ=255) ccAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 2:81694/148‑1 (MQ=255) ccAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 1:862655/148‑1 (MQ=255) ccAAATGAGCTAGGCGGGCAATATGTAAGAATCAGTGGTGGAGCATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTTCGGTTAAGGCGGCGCCCGCCCCATTTTAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 1:233864/148‑1 (MQ=12) cAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATGAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGaa < 1:72083/148‑1 (MQ=255) 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aaTTCTCCGATTTAAAACTGCCTGACAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAt > 2:801935/1‑148 (MQ=255) tctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCGGACATATGAATGTAATTta > 2:984230/1‑148 (MQ=255) ctcCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGGTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTtat > 1:454557/1‑148 (MQ=255) ccGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATAc > 1:885660/1‑148 (MQ=39) gATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTAACCAGACATATGAATGTAATTTCTAcct > 2:244280/1‑146 (MQ=255) ctaaaaaaCTGCCGGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGAAAACCAGCGACGCTACGAGACTTGACTTCCGGGTTCGGGCTGGGCACAGGTGAGAGCTCATTGCTATAGTGACCTGAAATGTGAATGTACTTTATACAtt > 2:549883/5‑148 (MQ=2) aTTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACAtt > 1:753119/1‑148 (MQ=37) aTTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACAta > 2:988371/1‑147 (MQ=37) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGACCAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCCCCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCcaa > 1:27309/1‑148 (MQ=16) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTTGCCTCCTTGCTCTAGTCACCACACATATGAATGTAATTTATACATTCaaa > 1:326002/1‑148 (MQ=255) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCaaa < 1:137818/148‑1 (MQ=33) aaaaCTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCaaa < 1:896619/148‑1 (MQ=33) | CAACCTACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGATTTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTATACATTCAAA > USA300TCH1516_ALE/1998132‑1998425 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |