| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,393,793 | G→A | D8N (GAT→AAT) | tqsA → | AI‑2 transport protein TqsA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,393,793 | 0 | G | A | 98.9% | 279.0 / NA | 93 | D8N (GAT→AAT) | tqsA | AI‑2 transport protein TqsA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (41/51); minor base T (0/1); total (41/52) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
TACATAAGTGGACTGTTTTTATACAACATCTTATGAATATTTTAAGTGGTGGTGAATCTATAATTGAATGAAAATGAAAAGAATATAAGAAAGAATTTTTTA‑AAATTTACCGAATCACGGTATATGAAGTTTGTTGGTGGGAATGATTTAGTCTTCTCATTAATAGCGCTAGTATTGTTGGGTATTGTTATTTTTATTTTCGAAAAAGTATCATATGTTTTTGATCCTTTTATCATCGTTTTTAAGACGATAGCAGCACCTATCATCGTCTCTTTAATTCTATTCTAT > USA300TCH1516_ALE/1393649‑1393936 | tacatacaTTGACTGTTTTTATACAACATCTTATGAATATTTTAAGTGGTGGTTAATCGATAATTGCATGAAAATGAAAAGAATATAAGAAAGAATTTTTTA‑AAATTTACCGAATCACGGTATATGAAGTTTGTTGGTGGGAATAAtt < 1:248773/148‑1 (MQ=255)tACATAAGTGGACTGTTTTTATACAACATCTTATGAATAGTTTAAGTGGTGGTGCATCTATAATTGAATGAAAATGAAAAGAATATAAGAAAGAATTTTTTA‑AAATTTACCGAATCACGGTATATGAAGTTTGTTGGTGGGAATAAtt < 1:131532/148‑1 (MQ=255)tACATAAGTGGACTGTTTTTATACAACATCGTATGAATATTTTAAGTGGTGGTGAATCTATAATTGAATGAAAATGAAAAGAATATAAGAAAGAATTTTTTA‑AAATTTACCGAATCACGGTATATGAAGTTTGTTGGTGGGAATAAtt < 1:130642/148‑1 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tggtggGAATAATTTAGTCTTCTCATTAATAGCGCTAGTATTGTTGGGTATTGTTATTTTTATTTTCGAAAAAGTATCATATGTTTTTGATCCTTTTATCATCGTTTTTAAGACGGTAGCAGCACCTATCATCGTCTCTTTAattctt > 2:298407/1‑147 (MQ=255) tggGAATAATTTAGTCTTCTCATTAATAGCGCTAGTATTGTTGGGTATTGTTATTTTTATTTTCGAAAAAGTATCATATGTTTTTGATCCTTTTATCATCGTTTTTAAGACGATAGCAGCACCTATCATCGTCTCTTTAattctattc < 1:508882/148‑1 (MQ=255) ggAATAATTTAGTCTTCTCATTAATAGCGCTAGTATTGTTGGGTATTGTTATTTTTATTTTCGAAAAAGTATCATATGTTTTTGATCCTTTTATCATCGTTTTTAAGACGATAGCAGCACCTATCATCGTCTCTTTAattctattctt > 1:110968/1‑147 (MQ=255) gAATTAGTTAGTCTTCTCAATAATAGCGCTAGTATTGTTGGGTATTGTTATTTTTATTTTCGAAAAAGTATCATATGTTTTTGATCCTTTTATCATCGTTTTTAAGACGATAGCAGCACCTATCATCGTCTCTTTAATtctattctat < 1:635090/148‑1 (MQ=255) gAATAATTTAGTCTTCTCATTAATAGCGCTAGTATTGTTGGGTATTGTTATTTTTATTTTCGAAAAAGTATCATATGTTTTTGATCCTTTTATCATCGTTTTTAAGACGATAGCAGCACCTATCATCGTCTCTTTAATtctattctat < 1:349209/148‑1 (MQ=255) | TACATAAGTGGACTGTTTTTATACAACATCTTATGAATATTTTAAGTGGTGGTGAATCTATAATTGAATGAAAATGAAAAGAATATAAGAAAGAATTTTTTA‑AAATTTACCGAATCACGGTATATGAAGTTTGTTGGTGGGAATGATTTAGTCTTCTCATTAATAGCGCTAGTATTGTTGGGTATTGTTATTTTTATTTTCGAAAAAGTATCATATGTTTTTGATCCTTTTATCATCGTTTTTAAGACGATAGCAGCACCTATCATCGTCTCTTTAATTCTATTCTAT > USA300TCH1516_ALE/1393649‑1393936 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |