Predicted mutation | ||||||
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Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | USA300TCH1516_ALE | 657,532 | 0 | G | A | 98.9% | 305.8 / NA | 92 | intergenic (+143/‑53) | USA300HOU_RS03140/USA300HOU_RS03150 | hypothetical protein/hypothetical protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); major base A (29/62); minor base T (0/1); total (29/63) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
TTGATTAACTTAGGTAGTATCGGATACTTAAATGTTGGTTCATAAAAAGCAATGATTTTAAATCGAGGAGCTATCTTAGAACAGGGAAATAAAACAGCCAAAGTTATAAAAAGTGAATTAATAACTAATTATATTATGTTAGCCACGCTTCAAATAAAAAATAATTAGAATAAGGTGGGATTGATAATCAATGCTATGCGAATCTAAAATCATCAATAAAAACCCCAAATATAGAATTATTAAATATAATGATGAGTACTTAATGATCGATATAATAAGCA > USA300TCH1516_ALE/657395‑657675 | ttGATTAACTTAGGTAGTATCGGATACTTAAATGTTGGTTCATAAAAAGCAATGATTTTAAATCGAGGAGCTATCTTAGAACAGGGAAATAAAACAGCCAAAGTTATAAAAAGTGAATTAATAACTAATTATATTATATTAGCCACGc > 2:52371/1‑148 (MQ=255) tGATTAACTTAGGTAGTATCGGATACTTAAATGTTGGTTCATAAAAAGCAATGATTTTAAATCGAGGAGCTATCTTAGAACAGGGAAATAAAACAGCCAAAGTTATAAAAAGTGAATTAATAACTAATTATATTATATTAGCCACGCt < 2:863421/148‑1 (MQ=255) gATTAACTTAGGTAGTATCGGATACTTAAATGTTGGTTCATAAAAAGCAATGATTTTAAATCGAGGAGCTATCTTAGAACAGGGAAATAAAACAGCCAAAGTTATAAAAAGTGAATTAATAACTAATTATATTATATTAGCCACGCtt < 2:673996/148‑1 (MQ=255) gATTAACTTAGATAGTATCGGATACTTAAATGTTGGTTCATAAAAAGCAATGATTTTAAATCGAGGAGCTATCTTAGAACAGGGAAATAAAACAGCCAAAGTTATAAAAAGTGAATTAATAACTAATTATATTATATTAGCCACGCtt < 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USA300TCH1516_ALE/657395‑657675 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |