| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 512620 = | 25 (1.040) | 16 (0.970) +TTATCTTGTCCATTTTATTTTTTAACCAAAATTTGATTAA |
15/180 | NT | 46.2% | intergenic (+688/‑6075) | recR/speA_2 | Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase |
| ? | USA300TCH1516_ALE | 1998278 = | 29 (1.210) | intergenic (‑6/+3329) | USA300TCH1516_01882/USA300TCH1516_01883 | tRNA‑Val/tRNA‑Ala | |||||
ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTA > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998415 | aCTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTa > 2:109204/1‑141 (MQ=35) ccgcttACAATTCAGCTGCTCTACCAATTGCGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGTCCCGCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTaa < 1:86968/137‑1 (MQ=11) tGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTaaa < 1:62186/141‑1 (MQ=38) attatcaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGTTAGGTCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAAc < 2:223150/135‑1 (MQ=255) ttACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACt < 1:38334/141‑1 (MQ=40) aCAAGTCAGTTGCCCTACCGAAAGAGGTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACGGc > 1:135906/1‑141 (MQ=14) aaGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAAAATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTGATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCt > 1:194032/1‑141 (MQ=255) gacatattgtcattcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTg < 1:259290‑M2/11‑1 (MQ=255) tACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAc < 1:132572/141‑1 (MQ=255) tcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAct < 1:238755‑M2/24‑1 (MQ=255) tcagttttcaatgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTAct > 1:266687‑M2/118‑141 (MQ=255) ttGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGc > 1:151353/1‑141 (MQ=255) aGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCACCGTTCTACTCTAGCGGa > 1:136461/1‑141 (MQ=255) taatgttaatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGa < 2:30455‑M2/32‑1 (MQ=255) ctgggCCGGCTAGGTGGAAGAGGAAATGTTGTAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAc > 2:234617/4‑141 (MQ=17) aatgttcatttttcttaacgacaaaaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaattttattaaAAAACAGCTTTGCAACTTTCTACTCTAGCGGaa > 2:126435‑M2/109‑141 (MQ=255) tAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg > 1:197423/1‑141 (MQ=255) atgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAAc > 1:45885‑M2/108‑141 (MQ=255) tgttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACg < 1:19814‑M2/35‑1 (MQ=255) ttcatttttcttaccgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTa > 1:216542‑M2/105‑141 (MQ=255) ttttcttaacgacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaacgtttgattaaACAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTc < 1:108802‑M2/42‑1 (MQ=255) cattttttAAGAATAAATGGTGGCGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCATCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCg < 1:34212/134‑1 (MQ=255) cAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTca > 1:113375/1‑140 (MQ=255) tatGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGACCCGCCGCCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACt < 2:246555/141‑1 (MQ=255) gacaagaattaattatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATc < 2:177176‑M2/52‑1 (MQ=255) aaTGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGCTCGACTACCATCGACGCt < 2:256989/141‑1 (MQ=255) ttatacattttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAg > 1:253272‑M2/78‑141 (MQ=255) gagaATGCCGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGc < 1:253055/141‑1 (MQ=255) gaATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCCGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTCCGACTACCACCGACGCTAGGGAGCtt > 2:12476/1‑141 (MQ=255) ttatcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTc < 2:17851‑M2/73‑1 (MQ=255) ggTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtg < 1:76462/141‑1 (MQ=255) atcaacatttaagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtg > 1:138642‑M2/67‑141 (MQ=255) ttCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCtgtg > 1:116421/1‑141 (MQ=255) tCGAACCGCCGACCCGCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCGGCTTGGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACCTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTgtgt < 1:48001/141‑1 (MQ=17) taagtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattacAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGGTTAACTTCTGTGTTCGGCa > 2:49501‑M2/58‑141 (MQ=255) agtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATg > 1:230752‑M2/56‑141 (MQ=255) gtcaataactttttttatcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATgg > 1:227988‑M2/55‑141 (MQ=255) caCCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATggg < 1:25826/140‑1 (MQ=255) cccTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTATGTTCGGCATGGGaa > 1:14029/1‑141 (MQ=255) aaGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcct > 2:272216/1‑141 (MQ=255) atcttgtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGAcctc > 1:258056‑M2/39‑141 (MQ=255) gATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATT‑GCGAATAGAAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc > 1:67209/1‑141 (MQ=14) gATGCTCCCCCAACCGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 2:121748/141‑1 (MQ=255) gtccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCGTGGGACCAGGTGTGACGTCCTTGc > 2:11522‑M2/34‑141 (MQ=255) ggccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGc < 1:78742‑M2/108‑1 (MQ=255) ccattttattttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGACCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCta < 1:266047‑M2/110‑1 (MQ=255) ctctCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata > 1:172816/1‑141 (MQ=255) ctctCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCtata > 2:26432/1‑141 (MQ=255) ctcCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTGCTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGCCCTCCTTGCGATAGt > 2:213710/1‑141 (MQ=255) tttttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCAc < 2:40686‑M2/117‑1 (MQ=255) tttttaaccaaaatttgattaaAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAATTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTCAACTTCTGTGTTCGGCATAGGAACAGGTGTGACCTACTTGCGATAGTCACCa > 2:156209‑M2/23‑141 (MQ=255) gCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACGGCCTGGCAACGTGCTGCTCTAGCGTAACTTAAGTTCGACTACCTTCGACGCTAAGGATCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGTGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAg < 2:75676/141‑1 (MQ=14) cTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCTACGTTCGACTCTAGCGGAAGGCAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTATTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 2:153279/141‑1 (MQ=14) cTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGa < 1:211193/141‑1 (MQ=255) aTTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGaa < 2:116421/141‑1 (MQ=255) ttaaAAAACTGCCTGGCAATGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTACTATAGTCACCAGACATATGAATGTAAttt > 1:156260‑M2/5‑141 (MQ=255) t‑ttAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTAAGATTGTGATCAAAGGTGGTTAGCTTGACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTta < 2:197423/141‑1 (MQ=11) | ACTGATTACAAGTCAGTTGCTCTACCAATTGAGCTAGGCCGGCAATATGTAAGAATAAATGGTGGAGAATGACGGGTTCGAACCGCCGACCCTCTGCTTGTAAGGCAGATGCTCTCCCAGCTGAGCTAATTCTCCGAT‑TTAAAACTGCCTGGCAACGTTCTACTCTAGCGGAACGTAAGTTCGACTACCATCGACGCTAAGGAGCTTAACTTCTGTGTTCGGCATGGGAACAGGTGTGACCTCCTTGCTATAGTCACCAGACATATGAATGTAATTTA > USA300TCH1516_ALE/1998138‑1998415 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |