| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,318,237 | T→A | 45.7% | F124Y (TTT→TAT) | miaB → | tRNA‑2‑methylthio‑N(6)‑dimethylallyladenosine synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,318,237 | 0 | T | A | 45.7% | ‑2.0 / 24.0 | 22 | F124Y (TTT→TAT) | miaB | tRNA‑2‑methylthio‑N(6)‑dimethylallyladenosine synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (8/4); new base A (5/5); total (13/9) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.66e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.52e-01 | |||||||||||
AATGCACATGACACTGAGGTCATTGCTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTATCAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAGTAGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATCAAAATGTAGATATGATATTT > USA300TCH1516_ALE/1318104‑1318373 | aatgCACATGACACTGAGGTCATTGCTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTATCAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGaa > 2:81054/1‑141 (MQ=255) cacaTGACACTGAGGTCATTACTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTATCAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAAGAAAGGGATTAGtagaagag > 2:159640/1‑134 (MQ=255) acacGACACTGAGGTAAAAGATAGTATGCTTTTAGCATTAGTTTATCTAGCAACGACTGATATTAACACCGCAGAGGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAgg < 1:118923/141‑1 (MQ=255) caTGACACTGAGGTCATTGCTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTATCAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGt > 2:140762/1‑141 (MQ=255) gACACTGAGGTCATTGCTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTATCAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAAAAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAAt < 1:179732/141‑1 (MQ=255) gggaaTTGCGGGTAGAGTGGAAGCATTAGGCTATCAAGGAAAGACTGATATTAACACTGGAGGTGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAAGAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCa < 2:256463/137‑1 (MQ=255) tGGTATACTTGAAGCATTAGGCTATCAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGaaaaa < 2:51488/141‑1 (MQ=255) ataCTTGAAGCATTAGGCTATCAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGaa < 2:90566/141‑1 (MQ=255) tAGGCTATCAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATAttt > 1:116211/1‑141 (MQ=255) tAGGCTATCAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATAttt > 1:116207/1‑141 (MQ=255) atTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATg < 1:81054/141‑1 (MQ=255) taccacTTCAGATGTTATTTTAATGAACACATGTGCGATAAGACAAAATTCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATATGTAATTTAAAAAAAAAAAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTc < 2:268501/138‑1 (MQ=255) aatggaGATGTTATTTTATTGAATATATGTGCTATTAGAGAAAATGCTGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAATTATTTGAAAAAAGAACGACCTTATATTTTAAGCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACaa < 2:55917/136‑1 (MQ=255) cTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACaag > 1:227209/1‑141 (MQ=255) aGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAagaaga < 1:140762/141‑1 (MQ=255) ttATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCag > 2:275624/1‑141 (MQ=255) ttttAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCagtag > 1:139127/1‑141 (MQ=255) aCATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAGTAGTGAATAAAAtt > 2:232231/1‑141 (MQ=255) cGAGAACAAAGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAGTAGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATCAAAATGTAga > 2:16524/1‑141 (MQ=255) agaACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAATAGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATAAAAATGTAgata > 2:256745/1‑141 (MQ=255) aaGTGTATAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATGGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTGAGTCGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATCAAAATGTAgctatgatat > 1:108101/1‑141 (MQ=255) gtgtTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAGTAGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATCAAAATGTAGATATGATAttt > 1:56955/1‑141 (MQ=255) | AATGCACATGACACTGAGGTCATTGCTGGTATACTTGAAGCATTAGGCTATCAAGCAACGACTGATATTAACACTGCAGATGTTATTTTAATTAATACATGTGCGATTAGAGAAAATGCCGAGAACAAAGTGTTTAGTGAAATAGGTAATTTGAAGCATTTGAAAAAAGAACGACCTGATATTTTAATCGGTGTTTGTGGTTGTATGTCACAAGAAGAGTCAGTAGTGAATAAAATTTTAAAATCGTATCAAAATGTAGATATGATATTT > USA300TCH1516_ALE/1318104‑1318373 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |