| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,530,723 | G→A | 58.5% | T184I (ACA→ATA) | bshA ← | N‑acetyl‑alpha‑D‑glucosaminyl L‑malate synthase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,530,723 | 0 | G | A | 58.5% | 6.0 / 21.7 | 23 | T184I (ACA→ATA) | bshA | N‑acetyl‑alpha‑D‑glucosaminyl L‑malate synthase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/4); new base A (9/4); total (15/8) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.25e-01 | |||||||||||
GGTATCTTTTCACGTACTTTTGCAAATGTTTCTATAATAGTATCTATGCGTTTTACTTGTCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTGTGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCAATAATTTCATGTGTTTCTTGTGCTAAAGATTTACTCACACTTGTCACAATATCACTTTT > USA300TCH1516_ALE/1530597‑1530853 | ggTATCTTTTCACGTACTTTTGCAAATGTTTCTATAATAGTATCTATGCGTTTTACTTGTCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTATGTTATGTTTAGtt < 2:98978/141‑1 (MQ=255) cTTTTCACGTACTTTTGCAAATGTTTCTATAATAGTATCTATGCGTTTTACTTGTCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTATGTTATGTTTAGTTGGaaa < 1:23213/141‑1 (MQ=255) aCGTACTTTTGCAAATGTTTCTATAATAGTATCTATGCGTTTTACTTGTCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTGTGTTATGTTTAGTTGGAAACTCAtt > 2:177122/1‑141 (MQ=255) gCACATGTTTCTATATCAGTATGTACGCGTTTTACTTGTCTAAATTTCGACACATTTATTAACACTTTTTCATCTCGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTGTGTTATGTCTCGTAGGAAGCTGATTTTCACGTACa < 2:199332/141‑1 (MQ=255) cTATAATAGTATCTATGCGTTTTACTTGTCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTATGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATaaa > 1:59941/1‑141 (MQ=255) tCTATGCGTTTTACTTGTCTAAAATTCAATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGATGCTATACCAAATTATGATTTTAATGCTATATTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACATACAAAATTATAAAACGGAATAAtt > 2:157895/1‑141 (MQ=255) tATGCGTTTTACTTGTCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTCTGATTTTAATGCTATGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATTAATCGGTATAAtttt > 2:14747/1‑140 (MQ=255) tttACTTGGCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTGTGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTa < 1:128776/141‑1 (MQ=255) tGTCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTATGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCa < 1:70495/141‑1 (MQ=255) tCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTCTAACAAATTGTGATTTTACTGCTATGTTATGTTTCGTTGGCAACTAATTATCACGTACTAAATTATAAATCGGTATATTTTCTTTGTTAGTTTCaat > 2:162664/1‑141 (MQ=255) tCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTATGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCaat > 2:58390/1‑141 (MQ=255) tCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTATGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCaaa > 2:44539/1‑140 (MQ=255) aTACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTGTGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTGAGTTTCAATAATCTCAtgtg < 1:177122/141‑1 (MQ=255) aTACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTATGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCAATAATTTCAtgtg > 1:5752/1‑141 (MQ=255) tACATGTATTAACACTTTTTTTTTTTTTTTTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTATGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTTTTTGTTAGTTTCTATATTTTTATgtgt > 2:33998/1‑141 (MQ=255) aCATGTATTAACACTTTTTTTTTTTTTTTTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTTTGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACACAATTATAAATCTGTATAATTTCTTTGTTAGTTTTATTTATTTTTTGTGtt > 2:174313/1‑141 (MQ=255) tAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTATGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCAATAATTTCATGTGTTTCTTGTGc < 1:58390/141‑1 (MQ=255) cacTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTGTGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCAATAATTTCATGTGTTTCTTGTGCTaa > 1:232516/1‑141 (MQ=255) cATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTGTGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCAATAATTTCATGTGTTTCTTTTGCTAAAGATTTAc > 1:241567/1‑141 (MQ=255) cAAATTGTTATTTTAAGGTTGTTTTATGTTTAGGTGGTAACTTATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCAATAATTTCATGTGTTTCTTGTGCTAAAGATTTACTCACACTTGTCACaa < 1:213497/141‑1 (MQ=255) cAAATTGTGATTTTAATGCTGTGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCAATAATTTCATGTGTTTCTTGTGCTAAAGATTTACTCACACTTGTCACaa > 1:138344/1‑141 (MQ=255) gATTTTAATGCTGTGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCAATAATTTCATGTGTTTCTTGTGCTAAAGATTTACTCACACTTGTCACAATATAACtt > 2:132835/1‑141 (MQ=255) ttttAATGCTATGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCAATAATTTCATGTGTTTCTTGTGCTAAAGATTTACTCACACTTGTCACAATATCACtttt > 1:88488/1‑141 (MQ=255) | GGTATCTTTTCACGTACTTTTGCAAATGTTTCTATAATAGTATCTATGCGTTTTACTTGTCTAAAATTCGATACATGTATTAACACTTTTTCATCTGGTGCTATACCAAATTGTGATTTTAATGCTGTGTTATGTTTAGTTGGAAACTCATTTTCACGTACAAAATTATAAATCGGTATAATTTCTTTGTTAGTTTCAATAATTTCATGTGTTTCTTGTGCTAAAGATTTACTCACACTTGTCACAATATCACTTTT > USA300TCH1516_ALE/1530597‑1530853 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |