| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,143,110 | G→A | 49.8% | V163V (GTG→GTA) | USA300HOU_RS10935 → | hypothetical protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,143,110 | 0 | G | A | 49.8% | ‑2.4 / 21.2 | 22 | V163V (GTG→GTA) | USA300HOU_RS10935 | hypothetical protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/6); new base A (6/5); total (11/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AAGCTAATTATTATTGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAACGGCTTG > USA300TCH1516_ALE/2142973‑2143240 | atgCTAATTATTATTGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCa < 2:220079/139‑1 (MQ=255) aGCTAATTATTATTGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCAt > 2:56597/1‑141 (MQ=255) tattGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGc > 1:236225/1‑141 (MQ=255) aaTACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAg < 1:84637/141‑1 (MQ=255) tACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGtt > 1:4281/1‑141 (MQ=255) cttcttTGTATCTCTTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAAGCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGc < 1:112220/141‑1 (MQ=255) tcttTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCAt > 1:84954/1‑141 (MQ=255) aTCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATTTTTGCATTAGcaca < 1:153144/141‑1 (MQ=255) tCCTTTATTAGAAGGATATATATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCaa > 1:154377/1‑141 (MQ=255) tattaGAAGAATATGTATGCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATGATTTAGTGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCGTTAATATTTGCATTAGCACTTAATGTTTTCAAAttgt > 2:232064/1‑139 (MQ=255) ttaGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAACTTTAtt > 2:256476/1‑141 (MQ=255) gaagaaTATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTcaa > 1:162605/1‑139 (MQ=255) agaaTATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGt < 2:250187/141‑1 (MQ=255) gaaTATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCGGtt > 1:2795/1‑141 (MQ=255) gTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTAtttt > 1:36785/1‑141 (MQ=255) aaaaGTAATCTTTGGACAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATggg < 2:72079/141‑1 (MQ=255) aggTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGgtg < 2:216715/139‑1 (MQ=255) agaATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGGTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCAtt < 1:116061/141‑1 (MQ=255) aaTTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATAGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAg < 1:142778/141‑1 (MQ=255) cGATTAAAGGTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATCTTTTCGTTGACATATATTTgta > 2:192317/1‑139 (MQ=255) ggTAATCGTATCGTAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAACgg < 2:124655/141‑1 (MQ=255) atcgtatcgtAGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAACGGCTTg < 2:4281/141‑1 (MQ=255) | AAGCTAATTATTATTGCTCGAAAAATACCTATATTTATCTTCTTTGTATCTATTATTGGTCCTTTATTAGAAGAATATGTATTCAGAAAAGTAATCTTTGGAGAATTATTTAATGCGATTAAAGGTAATCGTATCGTGGCATTTATTATTGCTACAACAGTAAGTTCATTAATATTTGCATTAGCACATAATGATTTCAAATTTATTCCAGTTTATTTTGGTATGGGTGTCATTTTTTCATTAGCATATGTTTGGACAAAACGGCTTG > USA300TCH1516_ALE/2142973‑2143240 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |