| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,481,355 | G→T | A6890E (GCA→GAA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,481,355 | 0 | G | T | 99.2% | 467.7 / ‑3.4 | 133 | A6890E (GCA→GAA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/0); new base T (69/63); total (70/63) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 142 total aligned reads displayed.
CCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCA > USA300TCH1516_ALE/1481217‑1481489 | tCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGt > 2:454190/1‑141 (MQ=255) cGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGtt < 1:105970/141‑1 (MQ=255) cGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGtt > 1:466243/1‑141 (MQ=255) gCTGTATTCAGTTCCTGCACCGTTAGCTTGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGttt < 2:916259/141‑1 (MQ=255) tATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAg < 2:879266/141‑1 (MQ=255) ttCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCa > 1:471091/1‑141 (MQ=255) tCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCAt > 1:129695/1‑141 (MQ=255) aGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCt < 4:208807/141‑1 (MQ=255) aGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCt < 2:651402/141‑1 (MQ=255) aGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCt < 2:610514/141‑1 (MQ=255) gTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTg < 2:351863/141‑1 (MQ=255) ttCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGt < 1:745888/141‑1 (MQ=255) tGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACt > 1:12074/1‑141 (MQ=255) tGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACt > 3:353514/1‑141 (MQ=255) tGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACt > 1:961188/1‑141 (MQ=255) gAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACtt > 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gCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTc > 3:388226/1‑141 (MQ=255) cTTGCGTTACTTCAGCTACCGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa < 2:211492/141‑1 (MQ=255) cTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCAtaca > 1:205623/1‑138 (MQ=255) cTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCa < 1:755155/141‑1 (MQ=255) tGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAAc < 1:794315/141‑1 (MQ=255) gCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACg > 2:712231/1‑141 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(MQ=255) tAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGAtt < 2:222347/141‑1 (MQ=255) aCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaa > 2:678028/1‑141 (MQ=255) aCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaa > 2:55650/1‑141 (MQ=255) cGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaat < 1:481294/141‑1 (MQ=255) gTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaata < 1:85436/141‑1 (MQ=255) tAGATAATGTTTGGTTTTCCTTGTTTTTAGCATCTGTTACGTTTCTCTCACCGTTCAACGTTTGTTTCGTAGTTGTTACATTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaataa < 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tAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAtt > 1:68094/1‑141 (MQ=255) aaTGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt > 3:82729/1‑141 (MQ=255) aaTGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt < 3:242778/141‑1 (MQ=255) aaTGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATCGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt > 2:360995/1‑141 (MQ=255) aTGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAtttt > 1:487848/1‑141 (MQ=255) gtttggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTca < 2:753883/141‑1 (MQ=255) gtttggttttCATTGATTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGCTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATCAATAATATTTTca > 4:221355/1‑141 (MQ=255) ttggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagc > 2:424943/1‑141 (MQ=255) ttggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagc > 1:307164/1‑141 (MQ=255) tggttttCATTGTTTTTTTTTTTTTTTATTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagca > 4:155677/1‑141 (MQ=255) tggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCCTATTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcagca < 1:261172/141‑1 (MQ=255) | CCCATCGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCA > USA300TCH1516_ALE/1481217‑1481489 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |