| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,883,654 | C→T | G522D (GGT→GAT) | ebh_2 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,883,654 | 0 | C | T | 99.2% | 451.7 / ‑4.2 | 132 | G522D (GGT→GAT) | ebh_2 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (1/0); new base T (66/65); total (67/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.83e-01 | |||||||||||
Only 100 of 132 total aligned reads displayed.
GTGTATATGTTTTATACGTTAATGTCTCGTTAAATGTTACTGTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTACCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTTGCTGCATCATATGTAACATTCATATCATTAACATCAACGCCTGAATTGTTACTTGGAAAATCTTTAGTCAATGAATTGTTCACATATTCAACACCTTCAGGTA > USA300TCH1516_ALE/1883523‑1883792 | gtgtATATGTTTTATACGTTAATGTCTCGTTAAATGTTACTGTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTATCTCCTCCAg > 2:890291/1‑141 (MQ=255)gtgtATATGTTTTATACGTTAATGTCTCGTTAAATGTTACTGTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTATCTCCTCCAg > 4:4633/1‑141 (MQ=255)gtgtATATGTTTTATACGTTAATGTCTCGTTAAATGTTACTGTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTATCTCCTCCAg > 3:191749/1‑141 (MQ=255)gtgtATATGTTTTATACGTTAATGTCTCGTTAAATGTTACTGTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTATCTCCTCCAg > 1:884880/1‑141 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tcGTTAAATGTTACTGTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTACCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGAttt > 1:351581/1‑141 (MQ=255) gTTAAATGTTACTGTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTtgc < 2:794250/141‑1 (MQ=255) tAAATGTTACTTTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTCAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTtgctg < 3:44240/141‑1 (MQ=255) aaaTGTTACTGTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTtgctgc > 2:422536/1‑141 (MQ=255) aaTGTTACTGTGCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAATATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCTCACGATTTGCTGca < 2:401998/141‑1 (MQ=255) aTGTTACTGTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTTGCTGcat > 1:201104/1‑141 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(MQ=255) gagTTTGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTTGCTGCATCATATGTAACATTCATATCATTAACATCAACGCCTGAATTGTTACTTGGAAAATCTTTAGTCAATGAATTGTTCACATATTCAaca < 1:532493/141‑1 (MQ=255) gTTTGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTTGCTGCATCATATGTAACATTCATATCATTAACATCAACGCCTGAATTGTTACTTGGAAAATCTTTAGTCAATGAATTGTTCACATATTCAACAcc > 2:573241/1‑141 (MQ=255) tttGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTTGCTGCATCATATGTAACATTCATATCATTAACATCAACGCCTGAATTGTTACTTGGAAAATCTTTAGTCAATGAATTGTTCACATATTCAACACCt > 4:32789/1‑141 (MQ=255) tttGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTTGCTGCATCATATGTAACATTCATATCATTAACATCAACGCCTGAATTGTTACTTGGAAAATCTTTAGTCAATGAATTGTTCACATATTCAACACCt < 2:730117/141‑1 (MQ=255) ttGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTTGCTGCATCATATGTAACATTCATATCATTAACATCAACGCCTGAATTGTTACTTGGAAAATCTTTAGTCAATGAATTGTTCACATATTCaa > 1:620841/1‑135 (MQ=255) ttGCTGTATCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTTGCTGCATCATATGTAACATTCATATCATTAACATCAACGCCTGAATTGTTACTTGGAAAATCTTTAGTCAATGAATTGTTCACATATTCaa < 2:620841/135‑1 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GTGTATATGTTTTATACGTTAATGTCTCGTTAAATGTTACTGTTCTTGGTGTCGGCACATTATTTACACGTAATTTATATCTTAAATCGAGTATTTTATCAGGCATAAGTCGTGCCGGAGAGTTTGCTGTACCTCCTCCAGTACTTTTAATTGTTATCACACGATTTGCTGCATCATATGTAACATTCATATCATTAACATCAACGCCTGAATTGTTACTTGGAAAATCTTTAGTCAATGAATTGTTCACATATTCAACACCTTCAGGTA > USA300TCH1516_ALE/1883523‑1883792 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |