| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | USA300TCH1516_ALE | 895785 = | 12 (0.460) | 43 (1.890) | 33/224 | NT | 75.8% | coding (806/822 nt) | metQ_2 | Methionine‑binding lipoprotein MetQ |
| ? | USA300TCH1516_ALE | = 909740 | 17 (0.750) | intergenic (‑663/‑371) | USA300HOU_RS04500/csbD_1 | hypothetical protein/Stress response protein CsbD | |||||
AGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAA > USA300TCH1516_ALE/895646‑895922 | aGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGt > 2:285658/1‑140 (MQ=255)aGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGt < 1:292626/140‑1 (MQ=255) ttgttttcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataatagattatcttgaaaagtttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaatt < 1:188554‑M1/2‑1 (MQ=255) ttgttttcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaatt < 2:162881‑M1/2‑1 (MQ=255) ttgttttcaagggcaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaatt < 2:125542‑M1/2‑1 (MQ=255) ttgttttcaagggaaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaatt > 2:8737‑M1/139‑140 (MQ=255) ttgttttaaaagaaaaaaaaagggcataattttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaatt > 2:212221‑M1/139‑140 (MQ=255) ttgtttgcaagggcaaaaaaagggcataatttcgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgatcgcccttgaacttccttgataatctggctaatt > 1:221936‑M1/139‑140 (MQ=255) cGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTAtt < 1:281879/140‑1 (MQ=255) aaaGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGACCATAAATTTAGTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTcc < 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(MQ=255) attttgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaata > 2:280448‑M1/111‑140 (MQ=255) tgtgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttcctggctcctctgggtaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATtaaataaa > 1:154054‑M1/109‑140 (MQ=255) ttgtaacaaggtgcaagggtatgaataatatattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATaaaa > 1:97580‑M1/108‑140 (MQ=255) ttgaaacaaagggtaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATaaaa > 1:141516‑M1/108‑140 (MQ=255) tgaaacaaagggcaagggtatgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATaaaaa > 2:270356‑M1/107‑140 (MQ=255) 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2:302364/140‑1 (MQ=255) tgaataataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGAt < 1:177329‑M1/54‑1 (MQ=255) taataaattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAg < 2:297286‑M1/58‑1 (MQ=255) aataaattatcttgaaaattttataaatgcacatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAgg > 1:214508‑M1/82‑140 (MQ=255) aattatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGtt < 2:276527‑M1/63‑1 (MQ=255) tatcttgaaaattttataaatgcatatataacaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTAtt > 1:297422‑M1/75‑140 (MQ=255) 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1:263162‑M1/49‑140 (MQ=255) tataacaatgttttgatggcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAggg > 1:263225‑M1/49‑140 (MQ=255) atcaatgttttgattacccttgaacttcgtgtataacttggctaaTTATTCTTGATAAAGAATACAAATTAAATAAAAATACCCTTTAATTACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac > 2:209381‑M1/46‑140 (MQ=255) aacaattttttgattgcccttgaacttccttgataatctttctaaTTATTCCTGCTAAATAATACTAATTAAATAAAAATACCCGTTAATAATAACTATGAAGGGGTTATTTTTGTTGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac > 2:9134‑M1/46‑140 (MQ=255) aacaatgttttgattgcccttgaactttcttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcac > 2:132494‑M1/46‑140 (MQ=255) acaatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGcaca > 2:166077‑M1/45‑140 (MQ=255) caatgttttgcttgcccttgaacttccttcataatctggctaaTTATTCGTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaa > 2:209275‑M1/44‑140 (MQ=255) caatgttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaa < 2:103777‑M1/97‑1 (MQ=255) aaatgttttgattcgccttgaacttccttgataatccgtgtaaTTAGTACTGCTAAATAATACCAATTAAAAAAAAATACCCTTTAATAAAAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaa > 2:92674‑M1/44‑140 (MQ=255) atgttttgattgcccttgaacttccttgataagctggctaaTTATTCCTGATGAATAAGACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACaaaa > 1:299677‑M1/42‑140 (MQ=255) gttttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACAATAAAGGGGTTATTTTGAGGGTATTGAAAATAAAAAAGGgcaaaaacgg < 2:16077‑M1/101‑4 (MQ=255) ttgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAagggga < 2:318642‑M1/104‑2 (MQ=255) tgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAaaggggaa < 2:190399‑M1/105‑3 (MQ=255) tgattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCa < 2:14610‑M1/105‑1 (MQ=255) gattgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAg < 2:226704‑M1/106‑1 (MQ=255) attgcccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGAACAAAAGGGGCagg < 2:59753‑M1/107‑2 (MQ=255) cccttgaacttccttgataatctggctatTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTatat > 2:265239‑M1/30‑140 (MQ=255) cccttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTatat < 1:257469‑M1/111‑1 (MQ=255) cttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAgtatatcc < 2:231081‑M1/113‑3 (MQ=255) ttgaacttccttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAATTAAAAAAGGGCACAAAAGgggcagtaaattca < 1:24838‑M1/114‑7 (MQ=255) aTGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATCACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGAGGCAGTAAAAGCaaaaaa > 1:44044/1‑137 (MQ=255) tGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAACAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAATTAATTAATGGCTTGAGAGGTGCAGTATATGCATAtttt > 1:26907/1‑138 (MQ=255) ttgataatctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGaa < 2:268517‑M1/124‑1 (MQ=255) aaTACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATGCCAATTAAATAAAAATAGCCTTTAATAACAGCGATTAAGGGGTAATGGTTGTGGTATGGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAAt > 2:80794/1‑140 (MQ=255) tctggctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTaaa > 1:276527‑M1/10‑140 (MQ=255) gctaaTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACaaa < 2:120201‑M1/135‑1 (MQ=255) taaTTATTCCTGCGAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTACGGGGTTATTTTTGTGGTACTTAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGaattttaaaaacaaa < 2:111368‑M1/137‑7 (MQ=255) aGTTATTCCTGCTAAATAATACCAAGTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAGCGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAGAAAAGGACGCAACAGGGGCAGTATGTGCTAGTTATCGAATTTTAAAAcaaaaa > 2:164914/1‑140 (MQ=255) | AGTGCGAAAGATAATCCTTATGCAAACTTAATTGCTGTTAAAGAAGGACATCAAGATGATAAGAAAATCAAAGCATTAATTGAAGTATTACAATCTAAAGATATTCAAGACTTCATTAATGAAAAATACAATGGTGCAGTTATTCCTGCTAAATAATACCAATTAAATAAAAATACCCTTTAATAACAACGATTAAGGGGTTATTTTTGTGGTATTGAAAATAAAAAAGGGCACAAAAGGGGCAGTATATGCAAATTATCGAATTTTAAACAAAAAA > USA300TCH1516_ALE/895646‑895922 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |