| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,481,355 | G→T | 100% | A6890E (GCA→GAA) | ebh_1 ← | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,481,355 | 0 | G | T | 96.3% | 63.0 / ‑6.0 | 25 | A6890E (GCA→GAA) | ebh_1 | Extracellular matrix‑binding protein ebh |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (1/1); new base T (10/13); total (11/14) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
CGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > USA300TCH1516_ALE/1481222‑1481491 | cGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGt > 2:139565/1‑140 (MQ=255) tCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGt < 2:228955/140‑1 (MQ=255) tCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGt < 1:226970/140‑1 (MQ=255) ccTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGtt > 1:206352/1‑140 (MQ=255) gTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCt < 1:279510/140‑1 (MQ=255) ggCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCAt < 1:145315/140‑1 (MQ=255) gCGGTACTGCAGCTACAGTGGGCGCTTGATTGGTGTTTCCAGTAACAGCTCCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAGCGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAAc < 2:1161/140‑1 (MQ=255) cTTCAGCGACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACATCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGt < 2:125689/140‑1 (MQ=255) ttCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAAAGTTGATTGTTTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGtt > 1:152643/1‑140 (MQ=255) gCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTGTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGt > 2:5873/1‑140 (MQ=255) tgagcgcTTGATTGATCTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAgttgtt < 2:213986/137‑1 (MQ=255) atGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGCAAGtgc > 1:40291/1‑140 (MQ=255) tgtcAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTgctgct < 2:278510/137‑1 (MQ=255) tCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATCGTTTAAGTTATCTAACGGAGATAATGTTTGGTTTTGATTGTTTTTAGCATCGGTTACTATCCTATCAACATTCAAGGCTTGTGTCGTAGTTGTTATAGTTGCAAGtgccgtgt > 2:64270/1‑135 (MQ=255) aGCACATTTTTGTGCACTGTTTAAGTTATCGAACGAAGATAATGTTTGGTCAGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCAACTCTTAACGCCAGTTTCGTAGTTGTTACAATTGAAAGTCCTCCTTCCACTtgtg > 2:135343/1‑140 (MQ=255) ttGTTTTAGTTTTCTATCTTTGTTATTTTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCTCCATTTAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACTGTTGATAGTGCTGCTTCAACTTGTGTTTGGTTCGCATTTGt < 2:39054/140‑1 (MQ=255) tttAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGACAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTAcc < 1:211287/140‑1 (MQ=255) tAAGTTATCTTACGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCAt < 1:193477/140‑1 (MQ=255) cGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAAGTTGTGATTGGTTCGCATTTGTCCCATTTGCTTGATtaa < 1:178569/140‑1 (MQ=255) cGTAGATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATtaa > 2:89714/1‑140 (MQ=255) cGTAGATAATGTTTCGTTTTCATTGTTTTTAGCATCGGTTACATTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCAGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCACTTGCTTGCTtaa < 1:225543/140‑1 (MQ=255) gATAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGATTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTaataat > 2:178569/1‑140 (MQ=255) tAATGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAatat > 1:100240/1‑140 (MQ=255) aaTGTTTGGTTTTCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAtt > 1:208016/1‑140 (MQ=255) aTGTTTGCTTCTCATTGTTTTTATCATCTGTTACTTTTCTAGCACCATTCAGCGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCAGTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATAttt < 2:103247/140‑1 (MQ=255) ttggttttCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTATATTACCATTCCAAGATTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTcag < 1:24799/140‑1 (MQ=255) ttttCATTGTTTTTAGCATCAGTTACTTTTTTATCTCTATTCTACGCTTGTTTCCTTGTCTGTCTAGTTCATAGAGCTCCTGCAATGTGTGATTGTTTCGCCTTTGTACAAGTTTCTTGATTAATAATATTTTcagcagc < 2:80360/140‑1 (MQ=255) | CGCTGTATTCAGTTCCTGAGCGGTTTGAATGGCTTGCGTTACTTCAGCTACAGTGTGCGCTTGATTGATGTTTCCAGTAACAGCACCTTTTTGTGCATTGTTTAAGTTATCTAACGTAGATAATGTTTGGTTTGCATTGTTTTTAGCATCTGTTACTTTTCTATCACCATTCAACGCTTGTTTCGTAGTTGTTACAGTTGAAAGTGCTGCTTCAACTTGTGATTGGTTCGCATTTGTACCATTTGCTTGATTAATAATATTTTCAGCAGC > USA300TCH1516_ALE/1481222‑1481491 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |