| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,470,963 | T→A | 18.2% | Y291F (TAC→TTC) | emrB ← | Multidrug export protein EmrB |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,470,963 | 0 | T | A | 18.2% | 41.6 / 5.5 | 22 | Y291F (TAC→TTC) | emrB | Multidrug export protein EmrB |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (9/9); new base A (2/2); total (11/11) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.03e-01 | |||||||||||
TCGTACTAAAAATGATACCTGGGATATCAGCTTTAGGGTTTGTTGTATATTGATATAACTTAAACCATACAAAACCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCAGCACCACGTTTTTCAGGTGGATAAATTGTAATAATAACAATTGAACCTAA > USA300TCH1516_ALE/2470829‑2471093 | tCGTACTAAAAATGATACCTGGGATATCAGCTTTAGGGTTTGTTGTATATTGATATAACTTAAACCATACAAAACCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAAttt < 1:51144/140‑1 (MQ=255) aaTGATAACTGGGATATCAGCTTTAGGGTTTGTTGTATATTGATATAACTTAAACCATACAAAACCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAatat > 2:300034/1‑140 (MQ=255) tAGGGTTTGTTGTATATTGATATAACTTAAACCATACAAAACCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAAtt < 1:90205/140‑1 (MQ=255) tgttgtATATTGATATAACTTAAACCATACAAAACCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTg > 1:248768/1‑140 (MQ=255) tgtATATTGATATAACTTAAACCATACAAAACCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTa > 2:277676/1‑140 (MQ=255) gATATAACTTAAACCATACAAAACCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTCATAATGTTGGAGCCATTGCAGGTGCTAAAATCAtt > 1:15243/1‑140 (MQ=255) aCTTAAACCATACAAAACCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAAGCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATa > 2:296044/1‑140 (MQ=255) tAAACCATAAAAAACCAATTAAAATATCGAAAATCCCCATACTGAACATACCGTAAACCATCACATTCCAATGGTAATTTTTTAAAATCTAACCTGCTAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATAccc < 2:47650/140‑1 (MQ=255) aaaCCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCAt < 1:219765/140‑1 (MQ=255) aCCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGAAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATgg > 1:148252/1‑140 (MQ=255) aCCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGAAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATgg > 1:236271/1‑140 (MQ=255) tAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCAGcac > 2:315282/1‑140 (MQ=255) aaTAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCCATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCAGcaccac > 1:202688/1‑140 (MQ=255) tAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCAACACCACGTTTTTCa > 1:174802/1‑140 (MQ=255) tCCCGATTATGAACATACCGTAAAACATCACATTCAAATGCTAATTTTGTACAATATAACCTGACAATGAAGGACCCATTGAAGCTCCTAACGACACCGCCATACACAATCTAGCCGTGGCATCACCAGCGTTTGCAGGt < 2:63703/140‑1 (MQ=255) ccccATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCAGCACCACGTTTTTCAGGTg < 2:109753/140‑1 (MQ=255) cccGATAATGAACATACCTTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCAGCACCACGTTTTTCAGGTg < 2:156281/140‑1 (MQ=255) aTGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCCATTGCAGGTGCTAACATCATTGTGATACCCATTGTACCCATGGCAGCACACCATTTTTCAGGAGGATAAAt > 1:200747/1‑140 (MQ=255) aaCATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCAGCACCACGTTTTTCAGGTGGATAAATTGt < 2:227913/140‑1 (MQ=255) gTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCAGCACCACGTTTTTCAGGTGGATAAATTGtaataataa < 2:199844/140‑1 (MQ=255) ttCCAATGGAAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCCGCACCACGTTTTTCAGGTGGATAAATTGTAATAATAACAATTGAACCTaa < 2:236271/140‑1 (MQ=255) ttCCAATGGAAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCAGCACCACGTTTTTCAGGTGGATAAATTGTAATAATAACAATTGAACCTaa < 2:148252/140‑1 (MQ=255) | TCGTACTAAAAATGATACCTGGGATATCAGCTTTAGGGTTTGTTGTATATTGATATAACTTAAACCATACAAAACCAATTAAAATAGCGATAATCCCGATAATGAACATACCGTAAAACATCACATTCCAATGGTAATTTTGTACAATATAACCTGATAATGTTGGACCAATTGCAGGTGCTAAAATCATTGCGATACCCATTGTACCCATGGCAGCACCACGTTTTTCAGGTGGATAAATTGTAATAATAACAATTGAACCTAA > USA300TCH1516_ALE/2470829‑2471093 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |