New junction evidence | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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? | USA300TCH1516_ALE | 705378 = | 186 (1.060) | intergenic (+1128/+32) | nhaK_1/mntA | Sodium, potassium, lithium and rubidium/H(+) antiporter/Manganese‑binding lipoprotein MntA | |||||
Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Rejected: Frequency below/above cutoff threshold. |
Only 100 of 194 total aligned reads displayed.
ATATCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTTATTTCATGCTTCCGTGTACAGTTTCAATATTTGATTTCATCATTTTGTAGTAAGAGTCACCTTTAGTGCCTTCTTTACCGATTGAATCTGTGTACACTTCACCAAAGATATCTT > USA300TCH1516_ALE/705231‑705525 | atatCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacatca < 1:1810030/149‑1 (MQ=255) atagCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacatca < 1:920928/149‑1 (MQ=255) aatCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGcatcaacatcaa < 2:1894606/148‑1 (MQ=255) tCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGGCTATTAGCCTTCGACTTTGTTTTGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATAACAATATTTTAAGTTGAGTCAACATCAAtt > 1:1413944/1‑149 (MQ=255) tCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAAtt > 2:648784/1‑149 (MQ=255) tCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAAtt > 2:637466/1‑149 (MQ=255) tCGTGCGATCGGGAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACAAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAAtt > 1:1659985/1‑149 (MQ=255) ggAACGGTATATATATTAATAGGAGGGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTc > 1:195282/1‑149 (MQ=255) 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aggGTAATATATATTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTTATTTc > 1:1510993/1‑149 (MQ=255) tatatatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACAAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTTATTTCAttcttc > 2:398184/1‑149 (MQ=255) tatatagTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTTATTTCATGCTTc < 2:838377/149‑1 (MQ=255) tatatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTTATTTCATGCTTCCg < 1:298823/149‑1 (MQ=255) atatTTAACGCACGATATGGGACTATTAGCCTTCGACTTTGTTATGTTGATGTGTGGCCTAAAATATTGGAGATACCAATATTTTAGGTTGCATCAACATCAATTCATCTTACTTCATTAAAACACAGCGTGTTATTTCATGCTTCCgt < 1:1165363/149‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
Reads not counted as support for junction |
read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |