| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | A→T | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 ← | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,416,458 | 0 | A | T | 98.8% | 547.5 / NA | 162 | I216N (ATT→AAT) | oppD_4 | Oligopeptide transport ATP‑binding protein OppD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/1); new base T (90/70); total (91/71) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 162 total aligned reads displayed.
GTCACATGTTTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCGTCTGCAAT > USA300TCH1516_ALE/1416313‑1416603 | gTCACATGTTTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGt < 1:1828805/149‑1 (MQ=255)ctcccaTGTTTTAACTCAATCATAGTAATCCCCCTTTAATTCTGTTATCTAATCCTTGACACGTTCAGTCTACGGACGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGt < 1:57171/145‑1 (MQ=255) ctGTTTTAACCCAATCATAGTACTCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGa < 1:1170661/148‑1 (MQ=255) gTTTTAACTCAATCATAATAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACCGATGCAAATGCTCATACTCGACATGATTAATATTACCTCGTTCACTGATTTGCCCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACa < 2:1944850/149‑1 (MQ=255) ttttAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACaa > 2:107596/1‑149 (MQ=255) ttAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAata > 2:1086864/1‑149 (MQ=255) ttAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAata < 2:634347/149‑1 (MQ=255) aaCTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATAtt < 1:1089277/149‑1 (MQ=255) cTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTc > 2:1612087/1‑149 (MQ=255) cTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTCTACTGACAGTAttgc > 2:1054982/1‑147 (MQ=255) tCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTCCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATATCCTGACAATATTTCa > 2:554851/1‑149 (MQ=255) cAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTAGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTCAAACATAATTGTACTGACAATATTTCaa < 1:1217284/149‑1 (MQ=255) aTCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAACATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATa < 1:1328779/149‑1 (MQ=255) cATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCCTCTTCCTTAACGTGATTGTACTGACAATATTTCAATACa < 1:480268/149‑1 (MQ=255) aTAGTAATCCCTCGTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCTATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACAt < 2:1024068/149‑1 (MQ=255) aGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGa > 2:508081/1‑149 (MQ=255) tAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACt > 1:265017/1‑149 (MQ=255) aTCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATTCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTa > 2:1826517/1‑149 (MQ=255) tctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTa > 1:416797/1‑149 (MQ=255) ctTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAt > 2:1334478/1‑149 (MQ=255) aTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtg‑tgtg < 2:969891/149‑1 (MQ=255) aTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtg‑tgtg < 1:587957/149‑1 (MQ=255) aTTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGAACCTGATTCTATATGGACTTATTAATAGTACCTCGTTCAATGATTTGATCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTAtg‑tgtg < 2:909912/149‑1 (MQ=255) gtTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGataat > 1:307877/1‑149 (MQ=255) gtTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑AGTGataat > 1:1311654/1‑149 (MQ=255) tCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGAtaataa < 2:742299/149‑1 (MQ=255) tCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGAtaataa > 1:1123248/1‑149 (MQ=255) tCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGAtaataa > 2:1152709/1‑149 (MQ=255) cTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATaataaa > 1:115477/1‑149 (MQ=255) cTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATaataaa > 1:633065/1‑149 (MQ=255) tataTTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATaataaat < 1:1840016/149‑1 (MQ=255) tataTTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATaataaat > 1:1973414/1‑149 (MQ=255) tataTTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATaataaat > 1:716664/1‑149 (MQ=255) tttAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAaataatt > 1:1509382/1‑148 (MQ=255) ttAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGt > 1:1750329/1‑149 (MQ=255) tAATTAGGCGCTCCGTATAGGGATGCAAATTCTCATACTTGAAATGATTAATATTCCCTCGTTCAATGATTTGACATTCTTTTACACCATCATTGTACTGACAATATTTCAATACAGGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGtt < 2:5991/149‑1 (MQ=255) tAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGtt > 2:874056/1‑149 (MQ=255) tAATTAGACGTTCAAGATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGtt < 2:801022/149‑1 (MQ=255) aaTTAGACGTTCAGTAAACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGttt > 1:783693/1‑149 (MQ=255) aTTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTg < 1:107596/149‑1 (MQ=255) ttAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGa < 1:1590812/149‑1 (MQ=255) tAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGAc > 1:1023225/1‑149 (MQ=255) gACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAGGATTAGCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTAACAATATTTCAATACATGACTTTAGTTGTG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCa > 2:1506633/1‑149 (MQ=255) gACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCa > 2:1582065/1‑149 (MQ=255) gACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCa > 2:1109321/1‑149 (MQ=255) gACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACATGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCa > 1:1458400/1‑149 (MQ=255) aCGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGCACGGACAAAACGTCAAGACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCAt > 2:909431/1‑149 (MQ=255) gTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGt > 2:1129723/1‑149 (MQ=255) ttaaGTATAGGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGAACTTCTTTTAAAACATAATTGTGCTGACAATATGTCAATACATGACTTAAGTTATT‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGtt < 1:230286/146‑1 (MQ=255) ttCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTTACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCAGGtt > 1:385123/1‑149 (MQ=255) ttCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGtt < 1:865354/149‑1 (MQ=255) ttCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGtt < 1:1722025/149‑1 (MQ=255) gTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTaa < 1:508081/149‑1 (MQ=255) ataCGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATa > 2:1883701/1‑149 (MQ=255) cGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGATTTAAGTTATGCTGT‑TTAAGGATTTATGTTTGACAATGTTTTAATACaa > 1:49043/1‑149 (MQ=255) ggATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAat > 2:140485/1‑149 (MQ=255) gATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCGATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGGTATG‑TGTGATAATAAATACTGTTTGACCACGTTCTAATAccaag > 1:844266/1‑145 (MQ=255) gATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAata > 1:1602798/1‑149 (MQ=255) tGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaa < 2:728668/149‑1 (MQ=255) ggCTGATGCTGGAAATGATTAATAGTACCTCGGTCAATGATTTGACCTTTGTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTGAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATCATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATATAATATGCTGtaa < 2:1365437/148‑1 (MQ=255) cTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGCTAAAATATAATATGTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGtaata > 1:857952/1‑149 (MQ=255) aTACTTGAAATGATAAAGATTACCGCGTTCAATGAATTGATCATCTTTTAAAACATAAATGTACTGAAAAAATTTGAATAGAAATCAAAAAAAAAT‑GGAGATACTAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAAAAAAt < 2:226578/149‑1 (MQ=255) ttGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCAt > 1:168133/1‑149 (MQ=255) gAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCa > 2:1444534/1‑149 (MQ=255) aaaTGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCAc < 2:30322/149‑1 (MQ=255) aaaTGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCAc > 1:822922/1‑149 (MQ=255) aTGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTCATAAATCCATCACtt > 1:81351/1‑149 (MQ=255) aTGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACtt > 2:1734441/1‑149 (MQ=255) tatTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCg > 1:1245339/1‑149 (MQ=255) atTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGt < 1:1733564/149‑1 (MQ=255) atTACCTCGTTCAATAATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGAAAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGt < 1:1801385/149‑1 (MQ=255) ttACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGtt < 1:1334478/149‑1 (MQ=255) ttACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGtt > 2:612497/1‑149 (MQ=255) tACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTc > 1:1703118/1‑149 (MQ=255) tACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTc < 1:1179559/149‑1 (MQ=255) tACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTc < 1:1477002/149‑1 (MQ=255) tACCTCGTTCAATGATTTGACCATCTTGTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTc > 1:1101561/1‑149 (MQ=255) ccTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACTTGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTATCGttgcc > 2:493838/1‑146 (MQ=255) ccTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGCTTCCCGTTCaa > 1:358321/1‑149 (MQ=255) ccTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGCTTACCGTTCaa > 1:883777/1‑149 (MQ=255) tCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAg > 1:916866/1‑149 (MQ=255) cGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGc > 2:589754/1‑149 (MQ=255) gTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCa > 1:1874842/1‑149 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAat < 2:1144965/149‑1 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAat < 2:1732689/149‑1 (MQ=255) tGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTCCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAat < 1:1886906/149‑1 (MQ=255) aTTTGATTTTTTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTATTACAATATGTTGTAGTAATTTCATACTTTGATTACCGTTCAAAGTTTCCAatgt > 2:341653/1‑148 (MQ=255) aTTTGACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATACTAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatga > 1:274396/1‑149 (MQ=255) aTTTGACCTTCTTTTAAAACATAATAGAAAAGCCATGGTTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAatga > 2:431766/1‑149 (MQ=255) gACCTTCTTTTAAAACATAATTGTACTGACACTATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCa > 2:747872/1‑149 (MQ=255) tcttTTAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTgg > 2:371699/1‑149 (MQ=255) ttttAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGtt < 2:1973414/149‑1 (MQ=255) ttttAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGtt < 2:1172512/149‑1 (MQ=255) ttAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTCATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCg > 2:1970400/1‑149 (MQ=255) ttAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGTTGCAACTGGTTCg > 1:584459/1‑149 (MQ=255) ttAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCg > 1:1285251/1‑149 (MQ=255) ttAAAACATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCg > 2:1556723/1‑149 (MQ=255) aaaaCATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCGTc < 2:265017/149‑1 (MQ=255) aaaCATAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCGTCt < 2:857360/149‑1 (MQ=255) tAATTGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTGCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCGTCTGCAAt < 1:1271559/149‑1 (MQ=255) | GTCACATGTTTTAACTCAATCATAGTAATCCCTCTTTAATTGTGTTCTATATTTAATTAGACGTTCAGTATACGGATGCAAATGCTCATACTTGAAATGATTAATATTACCTCGTTCAATGATTTGACCTTCTTTTAAAACATAAATGTACTGACAATATTTCAATACATGACTTAAGTTATG‑TGTGATAATAAATAATGTTTGACCATGTTCTAATACAATATGCTGTAATAAATCCATCACTTGATTACCGTTCAAAGCATCCAATGATGCAACTGGTTCGTCTGCAAT > USA300TCH1516_ALE/1416313‑1416603 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |