| Predicted mutation | ||||||
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| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,532,298 | A→T | T15T (ACA→ACT) | femA_3 → | Aminoacyltransferase FemA |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,532,298 | 0 | A | T | 99.1% | 744.1 / NA | 222 | T15T (ACA→ACT) | femA_3 | Aminoacyltransferase FemA |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (0/0); major base T (59/160); minor base C (0/2); total (59/163) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 233 total aligned reads displayed.
CATTTTCTATGTGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGAT‑GGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACAACAAAGCATTTTTCAC‑ATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAGCACGCACACTTA > USA300TCH1516_ALE/2532152‑2532443 | cATTTTCTATGTGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGAT‑GGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTtactac < 2:1388808/149‑1 (MQ=255) aTTTTCTATGTGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGAT‑GGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTactaca < 2:362183/149‑1 (MQ=255) aTTTTCTATGTGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGAT‑GGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTactaca < 2:236219/149‑1 (MQ=255) 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ttACTACAAAGCATTTTTCAC‑ATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAGCACGCACACtt < 2:1558652/149‑1 (MQ=255) tactacAAAGCATTTTTCAC‑ATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAGCACGCACACTTa < 2:936743/149‑1 (MQ=255) | CATTTTCTATGTGTATTTGTAATCAGTTTTTGATAAAATAAAAAAATAGCATTATTAATAAATTCAAAAATTATAGTTCAATTCAGAGAGGGAT‑GGGATAAAATGAACTTTGTAACGTTGACTTCGGATGAGTTCAATGCGTTTACAACAAAGCATTTTTCAC‑ATTACACACAATCAGCTATTCATTACAATCATAGAGTTGATTTAAAAGGCGATGTGCATCTTGTAGGGGTTAAAGATGACAATGGTCAAGTGATTGCAGGATGCTTATTGACAGAAGCACGCACACTTA > USA300TCH1516_ALE/2532152‑2532443 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 37 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |