| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 1,626,933 | C→T | 5.9% | intergenic (‑86/+133) | USA300HOU_RS08070 ← / ← gnd | hypothetical protein/6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 1,626,933 | 0 | C | T | 5.9% | 188.1 / 2.1 | 67 | intergenic (‑86/+133) | USA300HOU_RS08070/gnd | hypothetical protein/6‑phosphogluconate dehydrogenase, decarboxylating |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (30/33); new base T (2/2); total (32/35) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.90e-01 | |||||||||||
TCGCTTTTTCGACATCATCAACATATAACATAACTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCTTTCAACTATCCTTTAATCAATATTATTCT > USA300TCH1516_ALE/1626796‑1627072 | tCGCTTTTTCGACATCATCAACATATAACATAACTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCggg > 1:548220/1‑141 (MQ=255) cGCTTTTTCGACATCATCAACATATAACATAACTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATCAAACAGTATATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGa < 1:732501/141‑1 (MQ=255) ttCGACATCATCAACATATACCATAACTCGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTAGCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCttt > 1:502397/1‑141 (MQ=255) ttCGACATCATCAACATATAACATAACTCGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTATCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCttt > 1:501056/1‑141 (MQ=255) tCGACATCATCAACATATAACATAACTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCtttt < 2:734872/141‑1 (MQ=255) gcatcctCAACCTATAACATAACCGAATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTACAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAg < 2:28177/140‑1 (MQ=255) atcaACATATAACATAACTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCaa < 2:666527/141‑1 (MQ=255) aaCATATAACATAACTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGa > 1:148332/1‑141 (MQ=255) aCATATAACATAACTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGat < 2:707371/141‑1 (MQ=255) taacataacTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATAc < 2:493978/141‑1 (MQ=255) aacataacTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCTCAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGGTTTTAAGGTCAAGGATAAGACt > 2:105375/1‑141 (MQ=255) cTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTaa < 2:6685/141‑1 (MQ=255) tGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCCATTTCTCTATAGTTCATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAAtt < 1:212917/141‑1 (MQ=255) gATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAAttt > 1:463599/1‑141 (MQ=255) gATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTCCTCTATAGTACATGGTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTACACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAAttt < 2:589899/141‑1 (MQ=255) aTTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGATTTTAAGGTCAAGTATAATACTTGTGTAAtttt > 1:94043/1‑141 (MQ=255) aaCTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACCGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTtat < 1:641733/141‑1 (MQ=255) aaCTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAACGTTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCCAGGATAATACTTGTGTAATTTTTtat > 2:545973/1‑141 (MQ=255) cTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAATAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATAATTGTGTAATTTTTTATAg > 1:433836/1‑141 (MQ=255) cTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTAATAg > 2:58987/1‑141 (MQ=255) cTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTGATGTAATTGTTTATAg > 2:164864/1‑141 (MQ=255) aTAAAATAGTTCCTATATTTCTCTACAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAATATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGTAGAATACTTGTGTAATTTTTTATATGTTGTAg < 2:120873/141‑1 (MQ=255) aaaTAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTCAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGTAGCTTTTAAGGTCAAGGATAATATTTGTGTAATTTTTTATAGTTTGTAGCtc > 1:115598/1‑140 (MQ=255) aaaTAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTAAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATGAGTTGTaaata > 1:756726/1‑137 (MQ=255) gTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTActctt > 1:90834/1‑140 (MQ=255) gTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGC‑GGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTAt > 2:43876/1‑141 (MQ=255) tACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTAt < 1:241756/141‑1 (MQ=255) tctACTCCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTGAGTGAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATcaca < 1:601725/141‑1 (MQ=255) tttCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACActct > 2:179474/1‑141 (MQ=255) ttCTCTATAGTACATGCTATGATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGTGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACActctc > 1:502520/1‑141 (MQ=255) ttCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGTGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACActctc > 1:116573/1‑141 (MQ=255) aGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTatat < 1:541231/141‑1 (MQ=255) tACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGTGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATAttt < 2:502520/141‑1 (MQ=255) tACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGTGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATAttt < 2:116573/141‑1 (MQ=255) aCATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGTTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTa < 2:266404/141‑1 (MQ=255) gCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTAAGGAATAACAACCTCTTTTTTATTTATCaa > 1:349701/1‑141 (MQ=255) cTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTACAAATATGGCGGGATGCTTTTATGGTCAAGGATAATACATGAGTAATTTTTTATTGCTTGTGGCTACTATATCACACATTCTTTTATATTTTTaaaa > 2:288246/1‑141 (MQ=255) cTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCaaa > 1:345541/1‑141 (MQ=255) cTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGCAATTTTTTTTCGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTCTTTTTATCaaa > 2:324634/1‑141 (MQ=255) tATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGTTGCTTTTAAGGTCAAGGACAATACTCGTGTAATTTTTATTTGGTTGTAGCTACACCATCACACTCTCTTTTATATTTTTTaaaa > 2:243636/1‑141 (MQ=255) tCATAACACAGTAATAATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGa < 2:403877/141‑1 (MQ=255) tCATAACACAGTAAATATTTTATTGCTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGa > 1:566757/1‑141 (MQ=255) tCATAACACAGTAAATATTAAATTACTTCACAAAAGGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGa < 1:329215/141‑1 (MQ=255) ccATAACACAGTAAATATTTTATTAATTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGa < 1:170987/140‑1 (MQ=255) aTAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAACAATAGGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGata > 1:533196/1‑141 (MQ=255) aTAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGata > 2:483051/1‑141 (MQ=255) tAACACAGTAAATATTTTATTACTTAACAAAAGGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTAGCAAAAGatat < 1:641553/141‑1 (MQ=255) aaaaacaGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGatat < 1:191296/137‑1 (MQ=255) aaCACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGAtata < 1:578114/141‑1 (MQ=255) acaGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATaaaa > 1:547780/1‑141 (MQ=255) caGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATaaaaa > 1:382045/1‑141 (MQ=255) caGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTGAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATaaaaa < 1:145687/141‑1 (MQ=255) aGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTGTCACACTCTCTTTTATATTTATCAAACGATATaaaaaa > 1:107422/1‑141 (MQ=255) aaaTATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATAGGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGGTAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAACACAggg > 1:452110/1‑140 (MQ=255) tattaCTTTACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCt > 1:340612/1‑141 (MQ=255) tattaCTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCt < 1:439195/141‑1 (MQ=255) attaCTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCTGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCtt < 2:159124/141‑1 (MQ=255) agtaCTTCACAAAACTCTTAAAAATGTGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCtt < 2:110619/139‑1 (MQ=255) aCTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCTTTCa < 1:295687/141‑1 (MQ=255) ttCACAAAATGCATAAAAATATGGCGGTATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGCAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAAAAAAAAAAAAGGATAGTATCTTTCAAc < 2:648009/141‑1 (MQ=255) ttAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTGATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCTTTCAACTATCCTTTAATc < 2:463599/141‑1 (MQ=255) aaaaaTATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTCATCGGTTAATCGGATGCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCTTTCAACTATCCTTTAATCaa < 1:179581/141‑1 (MQ=255) aaaaTATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCTTTCAACTATCCTTTAATCAat > 1:262899/1‑141 (MQ=255) tatGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCTTTCAACTATCCTTTAATCAAtatta < 1:751566/141‑1 (MQ=255) ggCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCTTTCAACTATCCTTTAATCAATATTAttc < 2:231023/141‑1 (MQ=255) gCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCTTTCAACTATCCTTTAATCAATATTAttct < 1:322910/141‑1 (MQ=255) gCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCTTTCAACTATCCTTTAATCAATATTAttct < 1:79198/141‑1 (MQ=255) | TCGCTTTTTCGACATCATCAACATATAACATAACTTGATTTAACTTTTCCATAAAATAGTACCTCTATTTCTCTATAGTACATGCTATCATAACACAGTAAATATTTTATTACTTCACAAAATGCTTAAAAATATGGCGGGATGCTTTTAAGGTCAAGGATAATACTTGTGTAATTTTTTATAGGTTGTAGCTACTCTATCACACTCTCTTTTATATTTATCAAAAGATATAAAAAAGGATAGTATCTTTCAACTATCCTTTAATCAATATTATTCT > USA300TCH1516_ALE/1626796‑1627072 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |