| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 244,324 | 2 bp→AT | coding (562‑563/627 nt) | azoR ← | FMN‑dependent NADH‑azoreductase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 244,324 | 0 | T | A | 96.5% | 102.5 / NA | 29 | H188I (CAT→ATT) | azoR | FMN‑dependent NADH‑azoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (1/0); new base A (9/19); total (10/19) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| * | USA300TCH1516_ALE | 244,325 | 0 | G | T | 100.0% | 104.1 / NA | 29 | H188I (CAT→ATT) | azoR | FMN‑dependent NADH‑azoreductase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (0/0); new base T (10/19); total (10/19) | |||||||||||
TTTATAAAAAGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTATGAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCAGTATAATATCCACCACGT > USA300TCH1516_ALE/244186‑244458 || tttATAAAAAGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTTTCAGATTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCAt < 1:217737/151‑1 (MQ=255)tttATAAAAAGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCAt < 1:222715/151‑1 (MQ=255)tttATAAAAAGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCAt < 1:453601/151‑1 (MQ=255) aaaaaGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTgtgt > 1:49593/1‑151 (MQ=255) aaaaGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTc > 1:76605/1‑151 (MQ=255) aGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCtt < 2:22643/151‑1 (MQ=255) aGCAGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCtt < 2:302176/151‑1 (MQ=255) gAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCaat < 2:66764/151‑1 (MQ=255) gaTACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGAtt < 2:390361/151‑1 (MQ=255) gaTACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGAtt > 1:22734/1‑151 (MQ=255) gaTACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGAtt < 1:126740/151‑1 (MQ=255) aaTACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGAtt < 1:60686/150‑1 (MQ=255) tAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAGAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCat < 1:324905/151‑1 (MQ=255) tAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCat > 2:92583/1‑151 (MQ=255) tAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCat > 1:321942/1‑151 (MQ=255) aaaaaaCTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCata > 1:229528/1‑151 (MQ=255) tGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATACTGATTGTTTCATATGTTGGCACATCTAAGaa > 1:228895/1‑151 (MQ=255) gTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCAt < 1:378546/151‑1 (MQ=255) gTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCAt < 1:317775/151‑1 (MQ=255) gTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCAt < 1:306089/151‑1 (MQ=255) gTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCAt < 1:278139/151‑1 (MQ=255) cacaGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAAtt < 1:270836/151‑1 (MQ=255) tAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTa < 2:397749/151‑1 (MQ=255) aaaaaTTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATaa > 1:119230/1‑151 (MQ=255) tttttCAGCATTATTAATACTAGTTGGTTTAATTTCTACAGTCTTATTATGTTCAGCATTGTGCTCTTCAATAATGATTGTTTCATCTGATGGCACACCTAAGAATGTCTTAATAGGTTTTAAATAACGGTCAACTATGTCAAAATctgca > 2:463004/1‑151 (MQ=255) attaATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCa < 1:436424/151‑1 (MQ=255) aTACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCAGtat > 2:419945/1‑151 (MQ=255) aaTTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCCATAAGGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCAGTATAATATCCACCACGt < 1:237253/151‑1 (MQ=255) aaTTTCTTCAGTCTTAATAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCAGTATAATATCCACCACGt < 2:99867/151‑1 (MQ=255) || TTTATAAAAAGCGGAAAAGAGATACAATAAAAAACTGCATGACGTTTGAGACGTCACACAGTGTAACTAAAAATTTAAAAAGTTGTTGCTAATTTTTCAGCATTATTAATACTAGTTGCTTTAATTTCTTCAGTCTTATGAGGTTCAGCATTGTGTCCTTCAATAATGATTGTTTCATATGATGGCACACCTAAGAATGTCATAATTGTTCTTAAATAACGGTCACCCATTTCAAAATCAGCAGCAGGTCCTTCAGTATAATATCCACCACGT > USA300TCH1516_ALE/244186‑244458 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |