Predicted mutation
evidence seq id position mutation freq annotation gene description
RA USA300TCH1516_ALE 512,643 A→G 17.0% intergenic (+711/‑6052) recR → / → speA_2 Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase

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  seq id position ref new freq score (cons/poly) reads annotation genes product
*USA300TCH1516_ALE512,6430AG17.0% 67.9 / 8.0 35intergenic (+711/‑6052)recR/speA_2Recombination protein RecR/Arginine decarboxylase
Reads supporting (aligned to +/- strand):  ref base A (18/11);  new base G (3/3);  total (21/14)
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.64e-01
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.38e-01

TTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACA  >  USA300TCH1516_ALE/512511‑512777
                                                                                                                                    |                                                                                                                                      
tttttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAAt                                                                                                                                 >  1:197310/1‑140 (MQ=255)
  tttACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGt                                                                                                                               <  2:235580/140‑1 (MQ=255)
                 cAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGt                                                                                                                >  1:265241/1‑140 (MQ=255)
                  aGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATAAATTCTTGTc                                                                                                               >  1:89208/1‑140 (MQ=255)
                            ccTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaac                                                                                                     >  2:199211/1‑139 (MQ=255)
                            ccTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaa                                                                                                     >  2:140580/1‑140 (MQ=255)
                             cTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATCGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGaaaaa                                                                                                    >  2:190106/1‑140 (MQ=255)
                              tGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAAt                                                                                                   <  2:286057/140‑1 (MQ=255)
                                   aGTATTTATTTGTTGAGACAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAATATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACa                                                                                              <  2:53614/140‑1 (MQ=255)
                                     tatttattTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATACTTGTCGGTAAGAAAAAAGAATAtt                                                                                            >  1:203123/1‑140 (MQ=255)
                                          atttGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                                       >  1:187550/1‑140 (MQ=255)
                                          atttGTTGAGAGAAACAAAACAACTAAACTTAATAAATAAATTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGaaaa                                                                                       <  1:42089/140‑1 (MQ=255)
                                                   ggCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGAc                                                                              >  2:209816/1‑140 (MQ=255)
                                                      aaacaaaacaACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGTAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTAAAAACTGAATGACaaa                                                                           >  1:128123/1‑139 (MQ=255)
                                                                    aatttAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAAt                                                             <  1:260129/137‑1 (MQ=255)
                                                                        tAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTcaa                                                         >  2:284142/1‑138 (MQ=255)
                                                                           gAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATTTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGTTAAGTAAAATGAACATTGAAAACTGAATTACAATATGTCAACGTTAATTACaaaa                                                      >  1:82019/1‑140 (MQ=38)
                                                                                aaCTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGt                                                 <  1:151900/140‑1 (MQ=255)
                                                                                 aCTTGAATTAATAACGAAAATTAATTTTAAAAAGATAATGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAAATAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACATTAAAAAAAAAAAACGTa                                                <  2:118782/140‑1 (MQ=38)
                                                                                   ttGAATTACTAACGAAAATTAATTTAAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAAc                                              <  1:176698/140‑1 (MQ=255)
                                                                                     gAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACta                                            <  2:232632/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                      taattTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACattat                           >  2:210594/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                        gataaaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTCTAATTAATTCTTGTCGGGAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTAttt                         >  2:249951/6‑140 (MQ=21)
                                                                                                          tttAAAAAGTTATTGACTTGAATGTTAATAAAATGTATAATTAAATCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                       >  1:159085/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                          taaaaaaaGTTATTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAg                       <  2:93386/137‑1 (MQ=255)
                                                                                                           aaaaaaaGTTATTGACTTAAATTTTGATACACCGAATACTAAACCCCTGTCATTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAACTCGTAAATATAAGTTACAACCACTATTTAGt                      <  2:60420/138‑1 (MQ=9)
                                                                                                             aacaaGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGACAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTACAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTCAGTAt                    >  2:251503/4‑140 (MQ=255)
                                                                                                                    tATTGAATAAAATGTAAATAAAATGTATAATTAATTCTTTTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAg             <  2:82019/140‑1 (MQ=255)
                                                                                                                     aTTGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCC‑AAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCt           >  2:210613/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                     aTTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGc            >  2:112610/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                      ttGACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACATTATGTCAACGTTAATTCCAAAACACGTAACTATAAGTTACAAACCTTATGTAGTATTTATGAGCt           <  1:142532/140‑1 (MQ=21)
                                                                                                                        taCTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAATCTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa         <  2:18569/139‑1 (MQ=255)
                                                                                                                        gACTTAAATGTTGATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAACCGTAACTATAAGTAACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTaa         >  2:280379/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                        gACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTGTTTGAAATTTATGAGCTaa         >  2:187963/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                               aTGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTAAAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAAca  >  1:98901/1‑140 (MQ=255)
                                                                                                                                    |                                                                                                                                      
TTTTTACTGTTGTTAAGCAGTTTGAAAGCCTGTATAGTATTTATTTGTTGAGGCAAACAAAACAACTCAACTTAAGAAATAACTTGAATTACTAACGAAAATTAATTTTAAAAAGTTATTGACTTAAATGTTAATAAAATGTATAATTAATTCTTGTCGGTAAGAAAAATGAACATTGAAAACTGAATGACAATATGTCAACGTTAATTCCAAAAAACGTAACTATAAGTTACAAACATTATTTAGTATTTATGAGCTAATCAAACA  >  USA300TCH1516_ALE/512511‑512777

Alignment Legend
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG
Unaligned base: atcg    Masked matching base: atcg    Alignment gap: ‑    Deleted base: ‑