| Predicted mutation | |||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | freq | annotation | gene | description |
| RA | USA300TCH1516_ALE | 2,360,799 | A→G | 100% | G66G (GGT→GGC) | adk ← | Adenylate kinase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | USA300TCH1516_ALE | 2,360,799 | 0 | A | G | 96.9% | 78.3 / ‑6.1 | 28 | G66G (GGT→GGC) | adk | Adenylate kinase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (1/0); major base G (15/10); minor base T (2/0); total (18/10) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: E-value score below prediction cutoff. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Frequency below/above cutoff threshold. | |||||||||||
| Rejected as polymorphism: Variant not supported by required number of reads on each strand. | |||||||||||
GATGACAGCATCAATGTTTCTGTCAAGCTCAGACATAATATTATTTAATGCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATACCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGAACATGTCACCAGTTGAAATGTGGGGTATTGGGAATTTC > USA300TCH1516_ALE/2360664‑2360931 | gatgaCAGCATCAATGTTTCTGTCAAGCTCAGAAATAATATTATTTAATGCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGGTGCCTa > 2:152335/1‑140 (MQ=255) tCAATGTTTCTGTCAAGCTCAGACATAATATTATTTAATGCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTATTGAATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTtc > 1:80525/1‑140 (MQ=255) tttCTGTCAAGCTCAGACATAATATTATTTAATGCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAgg < 1:167143/140‑1 (MQ=255) ttttGTCAAGCTCAGACATAATATTATTTAATGCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGa < 1:162804/137‑1 (MQ=255) aaaGCTCAGACATAATATTATTTAATGCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAAt < 1:278504/139‑1 (MQ=255) aGCTCAGACATAATATTATTTAATGCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTc < 1:186953/140‑1 (MQ=255) gaGACATAATATTATTTAATGCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGGAATTCTTTCCTTCACGATGCCTACCGTCACTTCATCCGGACCTAATTCACCa > 2:170178/2‑140 (MQ=255) attattTAATTCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCatat < 2:87487/140‑1 (MQ=255) aTGCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTTTTTTTTTTTCAGAAATTATTTCCTTAACGATTTCGGCAATCGTTTCATCAGGTACTAATTTGGCACGGTCCATTTaatttttt > 2:134805/1‑134 (MQ=255) tGCCTCAGCTTGCTCGATTGTGCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAg > 1:149494/1‑140 (MQ=255) cTTGCTCGATTGTTCTTGGGAGGCCAACTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCATAAATTCTTTCCTTAAGGATACCTCCAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCAAGGCCCATATAAGACGTAGCTTCTTTa > 2:170291/1‑140 (MQ=255) gCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCt > 1:111494/1‑140 (MQ=255) cTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTa < 1:234585/140‑1 (MQ=255) cTTGAGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATAGTCTTAAGAAATTCTTTCCTTAACGATTCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTCATTCGTCGCGGGACATATAAGACTTAACTTCTTAACATAATTCAGTttc > 2:11876/1‑140 (MQ=255) cgtCTAATAAAAAGCCTATTTTTTCATCGTCTTCAGAAAGTCTTTCCTGAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTtata > 2:26561/3‑140 (MQ=255) tCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGc < 2:80525/140‑1 (MQ=255) tCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATAGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTAACTTCATCAGGAACTAATTCGACACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGc > 2:98819/1‑140 (MQ=255) aTCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGAACATTTCCCCAGTTg > 1:143570/1‑140 (MQ=255) aTCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGAATTAGCTTATTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTTTGAACATGACACCAtttt > 1:232193/1‑139 (MQ=255) gAAATTCTTTTCTTAACGATGCCTACATTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGAACATGTCACCAGTTGAAATGTgggg < 1:121117/140‑1 (MQ=255) gAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCCCGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTAAACATGTCACCAGTTGAACTGTtggg > 1:56075/1‑140 (MQ=255) gAAATTCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGGACATGTCACCAGTTGAAATGTgggg > 2:282783/1‑140 (MQ=255) gAAATTCGTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTTAGCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGAACATGTCACCAGTTGAAATGTgggg < 1:257674/140‑1 (MQ=255) tCTTTCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGAACATGTCACCAGTTGAAATGTGGGGTATTg < 2:42184/140‑1 (MQ=255) cTTTCCTTAACGATGACTTCATTTTGTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGGCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGAACATGTCACCAGTTGAAATGTGGGGTATTgg > 2:206708/1‑140 (MQ=255) tttCCTTAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGAACATGTCACCAGTTGAAATGTGGGGTATTggg > 2:36974/1‑140 (MQ=255) tAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGAACATTTCACCAGTTGAAATTTGGGGTATTGGGAATTTc > 2:216763/1‑140 (MQ=255) tAACGATGCCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGAACATGTCACCAGTTGAAATGTGGGGTATTGGGAATTTc > 1:189761/1‑140 (MQ=255) | GATGACAGCATCAATGTTTCTGTCAAGCTCAGACATAATATTATTTAATGCCTCAGCTTGCTCGATTGTTCTTGGGAAGCCATCTAATAAAAAGCCTTTTTTTGCATCGTCTTCAGAAATTCTTTCCTTAACGATACCTACAGTCACTTCATCAGGAACTAATTCGCCACGGTCCATATAAGACTTAGCTTCTTTACCTAATTCAGTTTCTTCTTTTATAGCTTTTCTGAACATGTCACCAGTTGAAATGTGGGGTATTGGGAATTTC > USA300TCH1516_ALE/2360664‑2360931 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 12 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 41 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |